году «Боном Ришар» стал флагманом эскадры, в состав которой вошли фрегаты «Альянс» и «Палла», корвет «Венжанс», куттер «Серф» и два капера — «Месье» и «Гранвиль». Наилучшим среди них был американский фрегат «Альянс». Правда, командовал им француз Пьер Ланде, подозревавшийся в сумасшествии. Эскадра вышла с рейда Груа 14 августа 1779 г. и двинулась на север по большой дуге, стремясь обогнуть Ирландию и Шотландию. Оба капера, охотясь за призами, покинули её ещё в самом начале похода. У ирландских берегов от эскадры отбился куттер «Серф». «Альянс» и «Палла» тоже пропали из виду, однако в шотландских водах снова присоединились к «Боном Ришару». 31 августа в районе мыса Рат добычей Джонса стал английский капер «Юнион». Одновременно «Альянс» захватил английское торговое судно «Бегеи». Слухи о появлении в британских водах эскадры Джонса всполошили жителей прибрежных районов. 20 сентября газета «Лондон ивнинг пост» сообщала: «...не проходит и дня, чтобы мы не получили сообщений об опустошительных нападениях, которые совершает Пол Джонс и его эскадра на нашем побережье».

22 сентября американцы заметили паруса большого конвоя южнее города Скарборо — примерно в 20 милях от мыса Фламборо. В конвое было 44 торговых судна, находившихся под охраной 2 военных кораблей — 50-пушечного «Сераписа» и 20-пушечного «Каунтесс оф Скарборо». 23 сентября, заметив вражескую эскадру, капитан «Сераписа» Ричард Пирсон просигналил конвою сменить курс и идти под защиту замка Скарборо. Сам же вместе с капитаном Томасом Перси, командовавшим «Каунтесс оф Скарборо», изготовился к бою. «Боном Ришар» подошёл к «Серапису» на расстояние выстрела в семь часов вечера. Сражение между ними вошло в историю как первое значительное сражение на море между англичанами и американцами. Бой начался почти в полной темноте. Полчаса противники маневрировали на расстоянии пушечного выстрела, осыпая друг друга ядрами и картечью. «Скарборо» попытался приблизиться к ним в надежде помочь своему товарищу, но, не сумев разобраться, кто есть кто, ретировался. Когда из-за горизонта вынырнула луна, «Скарборо» был обнаружен «Альянсом» и обстрелян; затем, когда «Альянс» отступил, в игру вступила «Палла» — да так удачно, что через час «Скарборо» признал себя побеждённым и спустил флаг. Тем временем «Ришар» въехал бушпритом в ют «Сераписа» по правому борту. «Ваш корабль сдаётся?» — крикнул английский капитан. «Рано, — ответил Джонс. — Я ещё и не начал сражаться!» Корабли снова разошлись и продолжили маневрировать, обстреливая друг друга из всех видов огнестрельного оружия. Наконец Джонс ухитрился прижать «Ришара» к борту «Сераписа» и велел забросить на него абордажные крючья. В разгар боя начался пожар, который охватил оба корабля. Американские и английские моряки не знали, что им делать: продолжать бой, тушить пожар или спасаться с кораблей вплавь. Полагая, что «Ришар» обречён, капитан «Сераписа» вызвал на палубу абордажную партию, и вскоре морские пехотинцы начали прыгать на борт американского судна. Но у Пола Джонса было гораздо больше людей, и они встрелили англичан с такой отчаянной храбростью, что те вынуждены были отступить. Когда американцы начали теснить англичан, на сцене появился «Альянс». При виде его Джонс решил, что битва выиграна. Но, к его ужасу, полоумный Ланде, произведя залп по носу «Сераписа», угодил заодно и в корму «Ришара». Джонс окликнул француза, умоляя его не делать глупостей. В ответ, обойдя два сцепившихся в абордаже корабля, француз произвёл ещё один залп: он целил в корму английского фрегата, но поразил нос и шкафут своего флагмана. Решив, что он свой долг исполнил, Ланде вышел из боя и больше в нём не участвовал. «Ришар», получив множество пробоин ниже ватерлинии, начал погружаться в воду.

Переломный момент в сражении наступил тогда, когда матрос, сидевший на рее «Ришара», забросил гранату в люк на палубе «Сераписа» и взорвал порох на гандеке. Взрыв разворотил вражеский фрегат. Капитану Пирсону не оставалось ничего иного, как сдаться. Потери с обеих сторон были ужасными: у американцев из 322 человек более 150 были убиты или ранены; у англичан из 284 человек убитых или раненых насчитывалось более 130 человек. Пожар на корабле Джонса удалось потушить лишь к утру, однако вода в трюме продолжала прибывать. С восходом солнца моряки «Ришара» перебрались на «Серапис» и подошедшие корабли эскадры, и в 10 часов 30 минут флагман Джонса пошёл ко дну.

Пол Джонс отвёл свои призы в Голландию. 3 октября 1779 г. он стал на якорь у Тексела. Официальный мотив, выдвинутый Джонсом, — необходимость ремонта судов и лечение раненых. Здесь он обвинил Ланде в измене и взял на себя командование «Альянсом». Пока английский посол вручал местным властям протесты, требуя изгнания или выдачи «пирата» Джонса, сам пенитель морей посещал Гаагу и Амстердам, знакомясь с голландскими деятелями. Ему устраивали овации, о нём писали в газетах, в его честь слагали песни. Коммодор оставался в Нидерландах до 27 декабря, а затем до февраля 1780 г. крейсировал на «Альянсе» в Ла-Манше и Бискайском заливе. Вернувшись во Францию, он от имени США подарил Людовику XVI английские призы. Король принял Джонса в Версальском дворце и возвёл его в рыцари. На золотой шпаге, которую вручили капитану, было выгравировано по-латыни: «Победителю моря — Людовик XVI».

Пол Джонс вернулся в Америку в феврале 1781 г., где конгресс наградил его медалью Почёта.

Оказавшись не у дел, Джонс предложил свои услуги Франции. В декабре 1782 г. его зачислили волонтёром в эскадру маркиза де Водрейя, которая отплыла из Бостона в Вест-Индию, однако весной 1783 г. между Францией и Англией был подписан мир, и Джонс снова лишился возможности проявить себя на военном поприще. С ноября 1783 по 1786 г. он жил во Франции как агент по призам, в 1787 г. временно вернулся в США, чтобы получить золотую медаль от конгресса, а затем поехал в Данию, где решалась судьба двух призов. В это время Екатерина II как раз искала опытных моряков-иностранцев для службы в российском флоте, и Джонс получил соответствующее приглашение. Указом императрицы от 15 февраля 1788 г. Пол Джонс был зачислен на русскую службу «в чине флота капитана ранга генерал-майорского», а 4 апреля назначен контр-адмиралом.

Джонс приехал в Россию в апреле 1788 г. и был представлен Екатерине, которой он преподнёс в подарок экземпляр Конституции США. Из Петербурга «Павел Иванович Жонес» был отправлен на Украину в распоряжение генерал-фельдмаршала Потёмкина. В конце мая Джонс был уже в Екатеринославе, откуда отправился в Херсон. В Днепровско-Бугском лимане он возглавил парусную эскадру и поднял свой флаг на 24-пушечном корабле «Владимир». В результате успешных действий эскадры, которая взаимодействовала с гребной