1 апреля 1225 г. папа Александр IV передал госпитальерам монастырь на горе Фавор. Это важное пожалование, которое сопровождалось дарованием прав на владение обширными земельными владениями, вызвало явное неприятие в королевстве. 15 января 1256 г. папа пожаловал ордену монастырь Святого Лазаря в Вифании. Госпитальеры были предельно честны, объяснив, почему они стремились его приобрести: земельные владения монастыря могли значительно улучшить благосостояние ордена; это было время, когда он отчаянно нуждался в деньгах. Видимо, рассказывая о бедственном положении монастыря, о том, что он был почти полностью разрушен и захвачен сарацинами, госпитальеры сгустили краски. Орден приобрел его со всеми правами, привилегиями и иммунитетом и должен был содержать аббатису и монахинь; предполагалось, что по мере того, как они будут умирать, их места постепенно займут сестры Госпиталя, несмотря на то что права епископата на монастырь сохранялись. Процедура дарения, вероятно, заняла некоторое время, возможно, из-за противодействия патриарха Иерусалимского. Впоследствии монастырь перевели в Акру.

В апреле 1255 г. латинским патриархом Иерусалима стал Жак Панталеон, епископ Вердена. Он прибыл в Палестину только в июне 1256 г., поскольку его назначению упорно противились некоторые круги церкви на Востоке. За прошедшее после поставления время он упрочил свое положение при поддержке папы. Из регистрационных журналов папы Александра IV, а позднее и папы Урбана IV, в прошлом латинского патриарха Жака Панталеона, явствует, насколько ответственно он занимался делами Иерусалимской епархии, настойчиво отстаивая свои права. В октябре 1255 г. папа Александр IV даровал духовно-рыцарским орденам право оставлять в своем распоряжении денежные суммы, полученные от реституций, и определенную часть завещанного в пользу Святой земли наследства стоимостью до 2 тысяч серебряных марок. Этот шаг был предпринят ради того, чтобы они могли рассчитаться, хотя и не в полной мере, со своими долгами. Однако в декабре папа был вынужден обещать новому патриарху, что эта уступка, сделанная орденским братьям, не затронет его прав. В феврале 1256 г. папа Александр подтвердил, что патриарх не может отлучать госпитальеров от церкви; однако в этом же самом месяце папа повелел членам духовно-рыцарских орденов во всем слушаться патриарха, но при этом предыдущее распоряжение об отлучении оставалось в силе.

3 июня патриарх Жак прибыл в Акру, где шла Война Святого Саввы. Он принял сторону венецианцев в их противостоянии генуэзцам и госпитальерам и приступил к пересмотру совершенного ранее дарения монастыря Святого Лазаря, который прежде всегда находился в юрисдикции Иерусалимской епархии. Он полагал, что подчинение монастыря независимому от власти епископа ордену вредило интересам его епархии. Он прекрасно понимал, что госпитальеры значительно преувеличивают свои беды. В 1258 г. патриарх отлучил их от церкви, причина этого осталась неизвестной. Папа немедленно отменил это решение. В 1259 г. патриарх отправился в Италию, чтобы представить папе две жалобы. Первая касалась поведения епископа Вифлеемского, апостолического легата; вторая – дарения Госпиталю монастыря Святого Лазаря. Указывая на то, что этот дар негативно скажется на интересах Иерусалимской церкви и ничего не даст самому монастырю, патриарх обвинил госпитальеров в намеренном игнорировании одних вопросов и преувеличении значимости других. Так, неизбежной угрозы со стороны сарацин, о которой говорили госпитальеры, по его мнению, не существовало, не верил он и в бедственное положение монастыря. Он указал на то, что в подобном «печальном состоянии» аббатиса и более пятидесяти монахинь живут уже давно без особых трудностей. После того как обе стороны, патриарх и представитель Госпиталя, изложили свои аргументы, папа обнадежил Жака, что он отменит это пожалование. Однако он скончался прежде, чем было выполнено это решение. А патриарх сам стал папой Урбаном IV.

Папа показал себя на троне справедливым понтификом. Это качество было присуще ему и прежде. И хотя существуют примеры, когда он одаривал госпитальеров привилегиями, одновременно выказывая расположение и к тамплиерам, все же он не испытывал особой симпатии к ордену Святого Иоанна. Подобное отношение вряд ли удивительно, принимая во внимание, что прежде папа был патриархом Иерусалимским. 17 сентября 1261 г., меньше чем через месяц после интронизации, он отменил акт дарения монастыря госпитальерам. Всю ту монастырскую собственность, которой они обладали на день дарения, полагалось вернуть монахиням, которые переходили в подчинение Иерусалимской церкви. Папа вывел приоров монастыря, зависимых от Конвента госпитальеров в Сирии, из-под власти местных епископов и сделал их подотчетными только Иерусалимской церкви. Папа сразу же после этого отправил послание аббатисе, извещая ее об отзыве дарения и прося ее и сестер молиться о нем. Нет сомнения, что они выполнили его просьбу.

Первая открытая полемика Госпиталя с сирийским епископатом была вызвана вопросом об уплате десятины. В 1125 г. обе стороны изложили свои претензии комиссии, учрежденной Святым престолом. В нее вошли архиепископ Кесарии, настоятель монастыря Святого Самуила в

Акре и архидиакон Назарета. Триполийская церковь заявила о своем праве на десятину, взимаемую с «крестьянских хозяйств, земельных владений и другой недвижимости, имеющейся в собственности магистра и братьев в диоцезе Триполи». Орден тем временем пришел к соглашению с епископом после того, как тот ознакомился со списком привилегий ордена, полученных ими от его предшественников – епископов Герберта и Понса, а также дарованных графом Раймундом I. В 1259 г. Госпиталю снова пришлось защищать свое право не платить десятину церкви Триполи. Вновь была представлена грамота о заключенном ранее соглашении в качестве свидетельства освобождения от уплаты десятины.

В конце XII в. опять возник еще один спорный вопрос о церкви в Нефине, которую, по мнению церкви Триполи, госпитальеры захватили незаконно. Снова последовало обращение к Риму, и дело было передано на рассмотрение Папской курии. В 1198 г. госпитальерам было предписано отдать церковь; они лишались десятины и крестьянских хозяйств, ей принадлежавших.

Нигде больше в королевстве, как в Акре, госпитальеры и епископы не относились столь ревниво к своим церковным правам. В 1175 г. существовало соглашение между епископом и орденом, в котором были оговорены права кафедрального собора и приходских церквей, с одной стороны, и права городского дома госпитальеров – с другой. Епископ обещал, что он рукоположит священников для ордена, если к нему обратятся с подобной просьбой; от кандидатов требовалось только представить рекомендательные письма от своих епископов. Могли быть рукоположены также те братья, кто достойно показал себя во время служения в орденском доме. Епископ также поставлял в субдиаконы молодых членов ордена, родившихся или воспитывавшихся в Госпитале. В Святое Воскресение он выдавал ордену освященное масло для помазания больных братьев и собратьев, которые не могли быть переведены в другой монашеский орден, и тех, кто завещал Госпиталю все, что имел, после своей смерти. В противном случае без специального разрешения орденские братья могли помазывать только пилигримов, проживавших в Госпитале. Те прихожане Акры, которые пожелали, чтобы их хоронили братья ордена, должны были испрашивать на то согласие епископа. Епископ обещал, что он или его викарий примут во внимание подобную просьбу, если только она не противоречит правилам, принятым в той или иной приходской церкви. Каждый раз, когда настоятель кафедрального собора Святого Креста посещал больных, будь то горожан или пилигримов, он обычно требовал от них подавать милостыню Госпиталю, и в этом он имел поддержку своего епископа. Священник Госпиталя поступал точно так же, только пожертвования шли в данном случае для нужд кафедрального собора. Епископ давал обещание не препятствовать орденским братьям в обучении детей. Что касается обряда очищения женщин, то он не мог проходить в Госпитале без разрешения епископа; женщины были обязаны совершать его в приходской церкви, в той, где были крещены их дети. Если они посещали церкви, которые не подчинялись кафедральному собору, то обряд должен был совершать епископ, не нарушая при этом прав госпитальеров. Если любой прихожанин Акры желал исповедоваться священнику церкви госпитальеров во время Великого поста, последний был обязан предупредить его, что он должен посетить своего приходского священника для совершения таинства исповеди. Если прихожанин все же обращался к священнику ордена, ему могла грозить епитимия. Во время поста госпитальеры могли хоронить прихожан на городском кладбище. Если больной человек составлял завещание в пользу церкви Акры, а затем оказывался в орденском госпитале и умирал в пределах семи дней, его завещание оставалось в силе; но любые изменения, внесенные в него в течение этих семи дней, также имели силу.