Президентом Синода Петр оставил престарелого местоблюстителя патриаршего престола Стефана Яворского, уже неспособного оказывать влияние на работу учреждения, к тому же через год он умер. Фактическим руководителем Синода был его вице-президент Феофан Прокопович – правая рука царя в церковных преобразованиях. Прокопович сочинил регламент Синода – Духовный регламент, а также участвовал в составлении важнейших указов, относившихся к церковным и монастырским делам.

Духовный регламент приравнивал членов Синода к чиновникам прочих светских учреждений. Они, как и все чиновники, приносили присягу на верность государю и обязывались безоговорочно выполнять все его предписания. Церковным иерархам предписывалось «в мирские дела и обряды не входить ни для чего». Церковь, таким образом, была полностью подчинена светской власти. Ради «государственного интереса» нарушалась тайна исповеди. Синодский указ 1722 года в соответствии с устным повелением Петра обязывал всех священников, выяснивших намерение исповедовавшегося совершить «измену или бунт», немедленно доносить об этом властям.

Первоначально все президенты коллегий являлись одновременно и сенаторами. Выходило, что Сенат состоял из президентов коллегий, деятельность которых он должен был направлять и контролировать. С другой стороны, выполнение обязанностей сенатора президентом коллегии отвлекло его от непосредственных забот по делам коллегий. В 1722 году Петр признал, что «сие сначала не осмотри учинено» было, и исправил ошибку, оставив сенаторами лишь президентов трех «первейших» коллегий. Впрочем, реализовать собственный указ царю не удалось. Оказалось, что заполнить вакантные места в Сенате было некем, и спустя несколько месяцев он возвращается к прежнему порядку: «Которые в Сенате из президентов коллегий и уволены для управления своих коллегий, ныне надлежит им, для малолюдства в Сенате, сидеть равно с другими, только два дни меньше в неделе». Здесь Петр встретился с теми же трудностями, которые ему довелось преодолевать на начальном этапе Северной войны: тогда недоставало военных специалистов, теперь он испытывал недостаток в помощниках по гражданским делам.

С давних времен Петра занимала мысль о контроле за работой государственных учреждений. Поиски форм контроля велись много лет. Мы видели, как поначалу царь пользовался услугами фискалов. Но фискалы выступали всего лишь регистраторами нарушений указов. Они действовали за стенами учреждений и, следовательно, не могли оказывать влияния на их работу. Перед Петром встала задача дополнить негласный контроль контролем явным, бюрократическим в своей основе. В 1715 году Сенат получает указ: «Объявляется Василий Зотов чином генерального ревизора, или надзирателя указов». Главная его задача – следить за своевременным исполнением сенатских указов. Позже эту обязанность стал выполнять обер-секретарь Сената и гвардейские офицеры, действовавшие по поручению царя.

Иностранные наблюдатели единодушно отмечали широкие полномочия таких офицеров, приводивших в трепет не только представителей областной администрации, но и сенаторов. Офицеры стимулировали энергию и исправность воевод тем, что держали их в цепи и в железах немалое время. По свидетельству французского резидента, «царь неоднократно выражал гвардейским офицерам исключительное доверие и поручал комиссиям из них важнейшие государственные дела. Удивительно видеть, что члены Сената встают со своих мест перед поручиком и относятся к нему с подобострастием». Резидент нисколько не преувеличивал. В указе Петра гвардейским офицерам, дежурившим в Сенате, читаем: «Ежели того чинить не будут, то три раза напомянуть. А буде по третьем слове кто не будет чинить, тотчас итить к нам или писать». И далее: «А ежели кто станет бранитца или невежливо поступать, такого арестовать и отвесть в крепость, и нам потом дать знать».

Подобный контроль носил черты чрезвычайности и не мог быть действенным, ибо обер-секретарь находился в подчинении у Сената, а гвардейские офицеры хотя и пользовались большими полномочиями, но вследствие сменяемости через месяц не могли придать своей должности необходимого авторитета. Практика и изучение иностранного опыта подсказали, что такого рода обязанности могло отправлять лишь должностное лицо, наделенное большой властью и не зависимое от контролируемых учреждений. В итоге в 1722 году был создан институт прокуратуры во главе с генерал-прокурором Сената, в подчинении которого должны были находиться прокуроры центральных учреждений. Первым генерал-прокурором Сената Петр назначил Павла Ивановича Ягужинского.

Восемнадцатилетнего сына литовского органиста, переехавшего в Москву, Петр встретил в 1701 году. Он сразу же обратил внимание на живой ум Ягужинского и его умение четко и ясно выражать свои мысли. Ягужинский был зачислен в гвардию, а затем стал денщиком царя и с тех пор постоянно сопровождал его во всех походах и поездках, неоднократно выполнял различные дипломатические поручения. Перед назначением генерал-прокурором Сената Ягужинский имел генеральский чин и большой опыт административной деятельности.

Сохранилось шесть редакций инструкции генерал-прокурору, из них четыре со следами правки и дополнений Петра. Генерал-прокурор, как сказано в указе о его должности, был «оком государевым», которому поручалось «накрепко смотреть, чтобы Сенат свою должность ревностно отправлял». Генерал-прокурору подчинялась сенатская канцелярия, а сам он был независим от Сената и мог быть судим только императором. Задача генерал-прокурора состояла не столько в регистрации нарушений закона, сколько в их предупреждении. Поэтому генерал-прокурору и прокурорам коллегий было предоставлено право вмешиваться в обсуждение того или иного вопроса, указывать на незаконность принятого решения и необходимость его пересмотра. Ему было предоставлено даже право приостанавливать решение Сената. Генерал-прокурор, таким образом, в чиновной иерархии занимал самую верхнюю ступень. Облеченный огромной властью, он должен был пользоваться полнейшим личным доверием царя. Именно таким генерал-прокурором был Ягужинский, человек весьма энергичный и властный, умевший придать этой должности высокий престиж. Петр высоко ценил способности Ягужинского, его прямоту, остроумие и веселый нрав. Рассказывают, что царь однажды велел Ягужинскому написать указ: если кто украдет столько, что на эту сумму можно купить веревку, то будет повешен. Генерал-прокурор возразил: «Мы все воруем, только один более и приметнее, чем другой». Петр расхохотался и отменил приказание.

Организация новых учреждений – лишь половина дела. Коллегии надо было вооружить уставами, регламентами, наставлениями, определявшими каждый шаг чиновника любого ранга. Петр принимает в их составлении живейшее участие. Одни из них он составлял сам, другие тщательно редактировал, вносил дополнения либо сокращал текст. Этой работой он временами занимался по 14 часов в сутки.

Работу над воинским и морским уставами Петр начал еще в 1715 году. «Устав воинский» он закончил в 1716 году, а затем в занятиях над составлением уставов и peгламентов наступил двухлетний перерыв. Возобновление работы над Морским уставом в 1718 году отмечено в записной книжке. Петр сделал для себя заметку, кому поручить группировку пунктов уставов зарубежных стран, а 4 апреля того же года был издан указ. Конону Зотову надлежало из иностранных уставов сделать выписки «о каждой материи». В основу должен был быть положен английский регламент, дополненный текстами соответствующих пунктов из французского, датского, шведского и голландского регламентов. Сохранились черновые наброски плана Морского устава, составленные Петром. В январе 1720 года устав был готов. В предисловии к нему Петр написал, что он составлен «из пяти морских регламентов и к тому довольную часть прибавили, что потребно», и все это, заявил царь, «чрез собственный наш труд учинено и совершено».