У могилы основателя Санкт-Петербурга можно постоянно видеть живые цветы, их приносят посетители музея.

Императорские захоронения XVIII в. находятся в южном нефе собора перед иконостасом, где помещена в киоте икона апостола Петра. Они расположены в два ряда. В первом ряду кроме Петра I и его второй супруги императрицы Екатерины I, упокоилась их дочь императрица Елизавета Петровна. Во втором ряду погребены императрица Анна Иоанновна, император Петр III и императрица Екатерина II. Таким образом, Петр I Великий и его внук Петр III захоронены перед иконой своего святого покровителя апостола Петра.

Императорские захоронения в северном нефе Петропавловского собора

В северном нефе в иконостасе представлена икона с изображением апостола Павла, перед ней похоронены император Павел I, его жена императрица Мария Федоровна, их старший сын император Александр I и его жена императрица Елизавета Федоровна. В первом ряду располагаются три могилы: императора Николая I, его жены императрицы Александры Федоровны и старшей дочери Петра I цесаревны Анны Петровны, герцогини Шлезвиг-Голштейн-Готторпской – матери Петра III. В северном нефе в одном ряду с императором Александром II и его женой императрицей Марией Александровной покоится их сын император Александр III. 28 сентября 2006 г. в Петропавловском соборе было произведено перезахоронение императрицы Марии Федоровны (урожд. Марии-Софии-Фредерики-Дагмар Шлезвиг-Голштейн-Зондербург-Глюксбурской, 14.11.1867–13.10.1928) рядом с ее супругом императором Александром III. Мария Федоровна скончалась в Дании и была погребена в Роскильском соборе под Копенгагеном.

Все надгробия в Петропавловском соборы сделаны из белого каррарского мрамора, кроме двух, созданных из камней-самоцветов. Захоронение Александра II оформлено надгробием из алтайской яшмы зеленого цвета, вес его около 5,5 т. Над могилой его супруги императрицы Марии Александровны установлено надгробие из родонита, весом около 6,5 т. Эти великолепные монолитные надгробия выполнены по проекту А. Л. Гуна на Петергофской гранильной фабрике под Петербургом и установлены в 1906 г., когда отмечалось 25-летие со дня смерти царя-освободителя, отменившего крепостное право, и царя-мученика, погибшего от бомбы народовольцев после многократных покушений.

Кроме императоров и императриц в соборе хоронили и членов семей: в начале XVIII в. здесь были похоронены родственники Петра I, с 1831 г. стали появляться могилы великих князей.

В. Рейнгардт. Петропавловский собор. Северный неф. Так выглядели могилы императора Александра II и императрицы Марии Александровны до замены их в 1906 г.

В 1939 г. по просьбе греческого правительства в присутствии представителей музея, обоих правительств и духовенства была вскрыта могила урожденной греческой принцессы Александры Георгиевны, супруги сына Александра II великого князя Павла Александровича. Ее останки были отправлены для перезахоронения на родину. В 1994 г. было эксгумировано тело цесаревича Георгия Александровича для идентификации останков его брата Николая II. После необходимых исследований Георгий Александрович был захоронен в том же гробу и склепе в присутствии священнослужителей, была отслужена панихида.

В ходе восстановительных работ в соборе после пожара 1756 г. была сооружена стена, отделившая от главного зала храма три помещения, находящиеся под колокольней: притвор, через который прихожане входят в храм, ризницу и придел, освященный во имя святой великомученицы Екатерины. После этого основное помещение собора часто именовали «Главным храмом», а Екатерининский придел – «Малым храмом». Здесь проводили отдельные богослужения.

17 июля 1998 г. в Екатерининском приделе Петропавловского собора были преданы земле останки членов семьи императора Николая II, слуги и доктора, расстрелянных в Екатеринбурге 17 июля 1918 г. Надгробная плита выполнена из трех сортов итальянского мрамора, надгробие – из каррарского белого мрамора. Под ним – двухъярусный склеп, на нижнем ярусе которого похоронены: доктор Е. С. Боткин, горничная А. С. Демидова, лакей А. Е. Трупп, повар И. М. Харитонов.

На верхнем ярусе склепа находятся гробы с останками императора Николая II, его жены императрицы Александры Федоровны и трех дочерей: Ольги, Татьяны и Анастасии. Мемориальные доски на стенах Малого храма содержат информацию обо всех членах семьи, но для великой княжны Марии и цесаревича Алексея Николаевичей, чьи останки найдены не были, нет указания на место погребения. В похоронах участвовали: президент Российской Федерации Б. Н. Ельцин, представители иностранных государств, большое количество приглашенных. Делегацию семьи Романовых, состоявшую из 52 человек, возглавлял праправнук Николая I Николай Романович Романов. Более 1000 корреспондентов освещали в средствах массовой информации это событие. Заупокойная панихида была отслужена клириками Санкт-Петербургской епархии во главе с настоятелем собора протоиереем Борисом Глебовым. При захоронении произведено 19 выстрелов.

Священный синод Русской православной церкви считает, что «…Решение, об идентификации останков, как принадлежащих семье Императора Николая II, вызвало серьезные сомнения и даже противостояния в Церкви и обществе. В связи с этим Священный Синод высказывается в пользу безотлагательного погребения этих останков в символической могиле-памятнике».

В августе 2000 г. Русская православная церковь канонизировала членов семьи Николая II, но отношение к захоронению в Екатерининском приделе не изменила.

С момента освящения каменного Петропавловского собора церковно-служебная жизнь в значительной мере определялась использованием его в качестве императорской усыпальницы. С течением времени заупокойные службы по особам царствующего дома стали главными в деятельности причта. Здесь никогда не отправлялись таинства крещения и венчания.

В мае 1919 г. по распоряжению коменданта крепости собор был закрыт. С начала 1990-х гг. здесь возобновлены богослужения.

Накануне революции большая романовская семья насчитывала более 60 человек. 18 из них погибли в годы революционного террора (четверо были расстреляны в январе 1919 г. в Петропавловской крепости). Остальным удалось покинуть Родину. По-разному складывалась их жизнь в эмиграции. Сейчас Романовы живут во многих странах мира, имеют разные профессии. Во время своих визитов в нашу страну и Санкт-Петербург потомки императоров посещают могилы предков в Петропавловском соборе, чтобы поклониться их памяти.

Великокняжеская усыпальница

К концу XIX в. в соборе практически уже не оставалось места для новых захоронений, поэтому рядом с ним было возведено здание Великокняжеской усыпальницы по проекту архитектора Д. И. Гримма, при участии А. О. Томишко и Л. Н. Бенуа.