В связи с тем, что собор – это усыпальница Дома Романовых, сложилась особая церковно-служебная жизнь храма: здесь отпевали и поминали усопших членов императорской семьи, а такие обычные требы, как крещение и венчание, не проводились. Соборяне принимали участие во всех церемониалах похорон монархов и поминальных службах. Иногда в соборе отпевали комендантов крепости, которых хоронили на Комендантском кладбище. К концу XIX в. установлен «Перечень церковно-служебной деятельности Петропавловских соборян» с обозначением регулярного проведения богослужений. В связи с расположением собора в центре Петропавловской крепости в обязанности причта входило отправление культовых обрядов для тех, кто составлял приход церкви: солдат крепостного гарнизона, арестантов, содержавшихся в крепости, работников Монетного двора. Накануне праздничных, воскресных и высокоторжественных дней служились всенощные, после каждой литургии поминались все особы, похороненные в Петропавловском соборе, начиная с Петра I.

Еще одна сторона деятельности причта собора – приведение к присяге работников Монетного двора и молодых солдат. Священнослужители собора преподавали закон Божий молодым солдатам крепостного бастиона и наблюдали за соблюдением епитимьи (наказания), наложенной на арестантов, солдат и офицеров крепостного гарнизона.

Храмовыми праздниками Петропавловского собора были: 29 июня – день покровителей собора первоверховных апостолов Петра и Павла; 24 ноября – святой великомученицы Екатерины в память святой покровительницы малого храма – Екатерининского придела; 30 августа (перенесение мощей в Петербург) и 23 ноября (погребение) – дни благоверного князя Александра Невского, которые стали отмечаться после освящения в честь этого святого Великокняжеской усыпальницы в 1908 г. Праздники посвящались и храмовым святыням, проводились крестные ходы.

После 1917 г. службы некоторое время продолжались, но прекратились, очевидно, в 1919 г., когда храм был закрыт по распоряжению коменданта крепости А. И. Поппеля, однако штат и получение доходов сохранялись до 1922 г., после чего штат распался.[676]

В 1922 г. Петропавловский собор и Великокняжеская усыпальница были приписаны как музейные объекты к Главнауке,[677] созданной при Наркомпросе. В 1924 г. Тюрьма Трубецкого бастиона, а в 1926 г. собор и усыпальница переданы Музею революции.[678] Новая страница истории открылась для Петропавловского собора в 1954 г., когда он поступил в ведение Гос. музея истории Ленинграда (с 1991 г. – Санкт-Петербурга).

Одним из первых и базовых юридических документов, инициирующих передачу верующим культовых ценностей в постсоветское время, стало Распоряжение Президента РФ от 23 апреля 1993 г., в котором на Правительство РФ возлагалось осуществление поэтапной передачи имущества религиозного назначения, находящегося в федеральной собственности, в собственность или пользование религиозным организациям. В 1997 г. министр культуры Е. Ю. Сидоров определил формы договорных отношений с церковью по поводу памятников: 1. Форма собственности (применяется редко); 2. Безвозмездное использование (применяется часто); 3. Совместное использование (применяется редко). К третьему виду пользования относятся такие памятники, как Московский Кремль, Петропавловский собор и др.

Патриаршая служба 12 июля 2009 г. в Петропавловском соборе

В начале 1990-х гг. было зарегистрировано два прихода: один – на Петропавловский собор, другой – на Великокняжескую усыпальницу с настоятелем протоиереем Борисом Глебовым. В 2001 г. зарегистрирован ныне действующий приход, председателем приходского совета (старостой) которого является Б. А. Алмазов, казначеем – Н. Н. Валуйский. Настоятель собора – игумен Александр (Федоров). Нового освящения Петропавловского собора в постсоветское время не было, после регистрации прихода перед празднованием храмового праздника 12 июля 2002 г. от митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира (Котлярова) выдан новый антиминс.

1992 г. можно считать началом возобновления служб, в основном поминального характера, это стало возможным после захоронения в Великокняжеской усыпальнице Владимира Кирилловича Романова. В 1997 г. в соборе прошла первая после революции всенощная литургия, годом позже, 17 июля 1998 г., отец Борис Глебов провел богослужение по невинноубиенным, приуроченное к годовщине расстрела семьи последнего российского императора и захоронению в Екатерининском приделе екатеринбургских останков. 12 июля 1999 г. в день апостолов Петра и Павла в Петропавловском соборе прошла первая всенощная и митрополичья литургия, которую проводил митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир. С этого времени службы становятся регулярными.

В 2007 г. Санкт-Петербургское епархиальное управление РПЦ обратилось к председателю Совета Федерации С. М. Миронову с просьбой возглавить Попечительский Совет Императорского Петропавловского собора, результатом стало подписание между епархией и музеем договора о совместном использовании собора и организации регулярных богослужений с начала 2008 г.

В ночь на 27 апреля 2008 г., впервые в постсоветский период, настоятель собора игумен Александр Федоров провел пасхальное богослужение, а 12 июля 2009 г. патриарх Кирилл совершил Божественную литургию в соборе, отметив, таким образом, именины города. Это было первое патриаршее богослужение за всю историю храма. Ранее, если патриархи и посещали собор, но богослужений не вели, о Российской империи в этом контексте говорить не приходится по причине отсутствия в ней института патриаршества. Патриарх преподнес в дар собору список с Казанской иконы Божьей Матери, который хранится ныне в центральном нефе на солее слева от Царских врат. Викарный епископ Амвросий от лица епархии преподнес в дар владыке икону апостолов Петра и Павла. Патриаршие богослужения стали новой традицией. 12 июля 2010 г. Предстоятель Русской православной церкви также отметил день апостолов Петра и Павла.

30 сентября 2009 г. между митрополией и музеем достигнуто историческое соглашение по службам, в соответствии с ним во время служб экскурсионная работа не ведется. Богослужения проходят по субботам – Всенощное бдение и по воскресеньям – литургия. Службами отмечены все главные двунадесятые праздники и Пасха, проводятся панихиды по усопшим императорам, некоторым императрицам и членам императорской семьи, традиционно отмечаются храмовые праздники: дни апостолов Петра и Павла, великомученицы Екатерины и святого благоверного князя Александра Невского.

В общем списке храмов Санкт-Петербургской митрополии собор значится как «Императорский мемориальный собор во имя святых апостолов Петра и Павла» под № 126.[679]