Последние годы Фатхи Шкаки укрывался вместе с женой и пятью детьми в Дамаске в районе лагеря беженцев аль-Ярмок. Вполне обоснованно опасаясь покушения со стороны агентов израильских спецслужб, Шкаки нигде не появлялся один. Несмотря на то что в Дамаске он находился под защитой сирийских спецслужб, рядом с ним двадцать четыре часа в сутки неотступно следовало большое количество личных телохранителей. Офис и дом, в котором проживала семья шейха Фатхи Шкаки, были оборудованы современными электронными системами защиты. Однако, претендуя на лидерство в палестинском движении исламского сопротивления, шейх Фатхи Шкаки не мог ограничить свою деятельность лишь руководством террористическими актами на территории Израиля и Ливана, не выходя из своего дамасского офиса. Как ни странно, но именно на территории Израиля палестинское население пользовалось гораздо большими правами, чем в соседних арабских странах, где их положение зачастую сводилось к униженному, рабскому существованию. Шейху Фатхи Шкаки иногда приходилось покидать пределы Сирии, прикрываясь фальшивыми заграничными паспортами, чтобы, используя свой огромный авторитет в арабской среде, выступать в роли защитника интересов палестинских беженцев.

В четверг 27 октября 1995 года, примерно в 11 часов утра, к парадному входу гостиницы «Дипломат», расположенной в курортном городке Сльема, недалеко от мальтийской столицы Валлетта, подъехал мотоцикл «YAMAHAXT» голубого цвета. Работники гостиницы потом рассказывали, что двое парней восточносредиземноморской внешности, примерно 23–28 лет, оставили мотоцикл в стороне и, не привлекая к себе внимание окружающих, стали кого-то ожидать у входа в вестибюль.

Спустя короткий промежуток времени в вестибюль гостиницы вошел мужчина лет сорока трех и, предъявив ливийский паспорт, зарегистрировался в гостинице под именем Ибрагима аль-Шаувиша. Человек, представившийся ливийским бизнесменом, был внесенный в черный список израильского «Моссада» лидер палестинской террористической организации «Палестинский Исламский Джихад» шейх Фатхи Шкаки. Какое-то время он находился в своем гостиничном номере, затем, примерно в 13:00, вышел из отеля, держа в руках пустую сумку, по всей видимости, чтобы сделать какие-то мелкие покупки. Заметив появившегося на пороге гостиницы шейха Фатхи Шкаки, один из киллеров вернулся к мотоциклу и завел мотор. Второй киллер, молодой человек среднего роста, примерно 23-х лет, одетый в черную футболку и синие джинсы, на глазах у десятков прохожих быстро приблизился к своей жертве. Окликнув Шкаки по имени, он молниеносно выхватил пистолет с глушителем и произвел пять выстрелов в голову. Три пули вошли в лоб, одна в шею, другая в висок. Затем вскочив на подъехавший к парадному входу мотоцикл, киллер скрылся вместе со своим сообщником в неизвестном направлении.

Все произошло настолько быстро, что никто не успел ничего понять. Менее двадцати секунд понадобилось нападавшим, чтобы «ливийский бизнесмен» упал на пороге отеля и забился в предсмертных конвульсиях. Из-под сбившегося парика обильно забила кровь. Шейх Фатхи Шкаки погиб на месте. Его не смогли спасти ни фальшивый ливийский паспорт, ни накладной парик, ни измененная до неузнаваемости внешность.

Мальтийская полиция объявила розыск двух молодых парней восточносредиземноморской внешности, 23–28 лет, роста 170–180 см. Был даже сделан фоторобот одного из подозреваемых, управлявшего мотоциклом, однако все попытки задержать киллеров оказались тщетными. В течение часа после покушения на шейха Фатхи Шкаки их уже не было на острове. Единственное, что смогла сделать мальтийская полиция, это обнаружить спустя несколько часов брошенный под мостом в центре Сльемы мотоцикл с фальшивыми местными номерами «Q-6904», на котором скрылись нападавшие, и два фальшивых паспорта, оставленных рядом с мотоциклом. Мальтийская полиция прокомментировала убийство как «высокопрофессиональное».

Шейх Фатхи Шкаки довольно часто останавливался в гостинице, регистрируясь под именем ливийского бизнесмена Ибрагима аль-Шаувиша. Насколько известно, Шкаки возвращался из Ливии, где у него была встреча с Муаммаром аль-Каддафи, которого он пытался убедить не депортировать палестинских беженцев с территории Ливии. Он сошел на берег Мальты с парома, следовавшего из Ливии, утром в день своей смерти – четверг 27 октября 1995 года – и планировал задержаться на острове не более суток, чтобы затем отправиться через Рим в Сирию. Он был вынужден совершать столь длинный и небезопасный путь, так как из-за наложенных на Ливию международных санкций авиасообщение с ней было невозможным.

Никто не взял на себя ответственность за ликвидацию Шкаки, однако «Палестинский Исламский Джихад» открыто обвинил агентов «Моссада» в убийстве своего лидера шейха Фатхи Шкаки. Израильская сторона заявила, что ей ничего не известно о происшедшем на Мальте, добавив, однако, что она не сильно огорчена смертью шейха Фатхи Шкаки.

После смерти шейха Фатхи Шкаки его преемником на посту лидера организации стал доктор Рамадан Абдалла Шалах, который провел последние годы во Флориде в США и переехал в Дамаск в начале 1996 года. У Шалаха не было ни той харизмы, ни интеллектуальных и организаторских способностей его предшественника, что почти сразу сказалось на активности организации и ее влиянии на палестинских территориях. Смерть шейха Фатхи Шкаки ослабила позиции «Палестинского Исламского Джихада», и другие террористические организации, включая ХАМАС, уже не считали его своим конкурентом. Тем не менее «Палестинский Исламский Джихад» продолжает проводить террористические акты на территории Израиля, хотя большую активность организация проявляет в Южном Ливане.

Стоит отметить еще один немаловажный факт, отрицательно повлиявший на активность организации. Основные денежные вливания в «Палестинский Исламский Джихад» поступали из иранских источников. В месяц только из Ирана поступало около 400 тысяч долларов США. Как правило, они оседали на личных счетах шейха Фатхи Шкаки в швейцарских и других европейских банках, поэтому после его смерти этими счетами никто не смог воспользоваться, так как не сохранилось никакой информации касательно этих счетов.

На сегодняшний день «Палестинский Исламский Джихад» продолжает оказывать значительное влияние и в секторе Газа, в основном в Исламском университете. Сторонники организации контролируют 24 мечети в секторе Газа. Через имамов и шейхов организация проводит постоянную агитационно-подстрекательскую работу, таким образом пополняя свои ряды. Боевое крыло организации действует мелкими, хорошо обученными группами добровольцев. С первых шагов создания организации шейх Фатхи Шкаки открыто заявлял о том, что не собирается превращать «Палестинский Исламский Джихад» в массовое движение. По его мнению, новая организация должна была стать «…наконечником стрелы, которая со временем приведет массы к исламскому перевороту и священному джихаду…». «Палестинский Исламский Джихад» намного малочисленнее других исламских террористических организаций, однако его члены наиболее идеологически подготовлены. Даже среди палестинцев бытует мнение, что члены организации «Палестинский Исламский Джихад» отличаются своей непримиримостью и крайней жестокостью.

За последние десять лет своего существования, находясь на полном обеспечении Ирана, «Палестинский Исламский Джихад» превратился в ближайшего союзника «Хизбаллы», получив свободный доступ к тренировочным лагерям проиранских террористических организаций. Существует также множество неоспоримых доказательств тесных контактов «Палестинского Исламского Джихада» и террористической организации «Аль-Каеда». Фактически «Палестинский Исламский Джихад» превратился в одно из отделений «Аль-Каеды» на Ближнем Востоке.