Первый матч в рамках турнира Английской Футбольной лиги (второй дивизион) сезона 1893/1894 «Ливерпуль» провел 02.09.1893 на выезде против клуба «Мидлсбро Айронополис» (этому коллективу мерсисайдцы в прошлом сезоне проиграли товарищеский матч со счетом 0:5) и одержал победу со счетом 2:0. Первый официальный лиговый гол «Ливерпуля» под эгидой Футбольной Ассоциации забил Джо Маккуи, один мяч на счету Малкольма Маквина (некоторые источники считают его автором первого гола).

Свой первый лиговый матч мерсисайдцы провели в таком составе: Билли Макоуэн, Эндрю Ханна, Дункан Маклин, Джо Маккуи, Джеймс Макбрайд, Хью Маккуинн, Мэтт Маккуинн, Патрик Гордон (играл за «Рентон» и «Эвертон»), Джеймс Хендерсон («Аннбанк»), англичанин Джеймс («Джимми») Стотт («Саут-Банк ФК» и Мидлсбро»), Малкольм Маквин.

Чемпионат дебютанты завершили на первом месте, одержав в 28-и поединках 22 победы и не проиграв ни одного матча! 77 голов было забито в ворота соперников, а в свои мерсисайдцы пропустили только 18. В тестовом матче «Ливерпуль» со счетом 2:0 победил «Ньютон Хит» (с 1902 – «Манчестер Юнайтед») и получил право перейти в первый дивизион. Лучшим бомбардиром клуба стал Джеймс Стотт, забивший 14 голов в 15-ти матчах. Уже в следующем году он покинул клуб и перешел в «Грисби Таун», а позже стал капитаном «Ньюкасла».

В основной сетке розыгрыша Кубка Англии команда дебютировала 27.01.1894, и в первом раунде обыграла «Гримсби Таун» со счетом 3:0. «Дубль» оформил дебютант из клуба «Нортвич Виктория» англичанин Томас Брэдшоу, прошедший школу «Эвертона», один гол на счету Малкольма Маккуи. Во втором туре был побежден «Престон Норт Энд» (3:2), а в третьем мерсисайдцы проиграли «Болтону» со счетом 0:3.

Перед началом первого сезона среди сильнейших команд Англии коллектив покинули Билли Макоуэн («Блэкпул»), Джимми Стотт, Патрик Гордон («Блэкберн Роверс»), Джим Макбрайд («Манчестер Сити») и еще несколько человек. Их были призваны заменить дебютанты: Фрэнк Бектон и Джимми Росс, которых купили у «Престон Норт Энд», заплатив за первого 100 фунтов, а за второго – 75, Нил Керр («Рейнджерс»), Джон Драммонд («Шеффилд Юнайтед»), Джон Карран («Селтик»), Хью Хендерсон («Тирд Ланарк»), Дэвид Ханна («Сандерленд»), Билли Данлоп («Аберкорн») и другие футболисты.

Свой первый матч в элитном дивизионе «Ливерпуль» провел 01.09.1894 и сыграл вничью (1:1) с клубом «Блэкберн Роверс». В составе мерсисайдцев на 25-й минуте отличился Томас Брэдшоу, который в этом сезоне стал лучшим бомбардиром клуба (18 голов в 34-х матчах).

Вот, кто защищал цвета «Ливерпуля в стартовом поединке первого дивизиона: Билл Макканн, Джон Макккартни, Эндрю Ханна, Дункан Маклин, Джо Маккуи, Джон Драммонд, Мэтт Маккуинн, Томас Брэдшоу, Патрик Гордон, Джон Гивенс, Малкольм Маквин.

Не смог победить «Ливерпуль» и в следующих восьми матчах (5 поражений и 3 ничьи) и лишь 20.10.1894 смог забить два безответных мяча в ворота «Сток Сити» (дважды отличился Джеймс Росс 75 фунтов Престон Норт Энд 12 27). В итоге, заняв последнее, 22-е место (+7=8–15, мячи 51–70), «Ливерпуль» был вынужден вернуться во второй дивизион. Уже через год мерсисайдцы смогли вернуться в компанию сильнейших команд Англии.

В конце июля 1896 года Джон Маккенна (в 1909–1924 годах он возглавлял правление «Ливерпуля», а кроме того, в 1910 году был избран на пост президента Футбольной Лиги, который занимал до самой своей смерти в 1936 году) оставил пост менеджера команды, а его место занял бывший наставник «Сандерленда», 37-летний уроженец Ньюкасла Том Уотсон, который, в итоге, проработал с коллективом до июня 1915 года. В сезоне 1896/1897 «Ливерпуль» занял в первом дивизионе 5-е место и, победив «Бертон Свифтс» (4:3), «Вест Бромвич Альбион» (2:1) и «Ноттингем Форест» (1:1, 1:0), впервые пробился в полуфинал Кубка Англии, где 20.03.1897 проиграл «Астон Вилле» со счетом 0:3. Лучшим бомбардиром команды в этом сезоне стал Джордж Аллан («Лит Атлетик» и «Селтик»), забивший 17 голов в чемпионате и два в Кубке ФА. Шесть мячей провел Фрэнк Бектон, пять – Томас Брэдшоу, который в феврале 1897 года стал первым игроком «Ливерпуля», надевшим футболку сборной Англии.

Еще через два года, в сезоне 1898/1899 «Ливерпуль» впервые становится вице-чемпионом Англии, всего два очка уступив «Астон Вилле», у которой, при равном количестве побед, оказалось на два поражения меньше. От третьего призера – «Бернли», мерсисайдцы оторвались на 4 очка. Очень удачно сыграл «Ливерпуль» в обороне собственных ворот – всего 33 пропущенных мяча (лучший результат чемпионата).

Оборону мерсисайдцев тогда цементировал шотландец Алекс Рэйзбек, который начал свою профессиональную карьеру в клубе «Хайберниан». В сезоне 1897/1898 он перешел в английский «Сток Сити», где провел всего 8 матчей, а уже в мае 1898 года Том Уотсон пригласил его в «Ливерпуль». Этот трансфер обошелся мерсисайдцам в 350 фунтов, а получал шотландец максимально возможные 4 фунта в неделю – очень приличные для футболиста тех лет деньги. Рэйзбек провел на «Энфилде» 11 сезонов, в течении которых превратился в одного из лучших защитников своего поколения (официально он играл на позиции центрального полузащитника). Он считается одной из первых звезд «Ливерпуля».

В защите «Ливерпуля» также выступали соотечественники Рэйзбека – Билли Данлоп и воспитанник «Клайда» Арчи Голди (его брат Билл играл в полузащите вместе с Рэбби Хауэллом, которого купили за 200 фунтов в «Шеффилде Юнайтед). Основным голкипером был Гарри Сторер, который пришел из «Вулвич Арсенала» в декабре 1895 года. Ему на замену в марте 1899 года у «Лутон Тауна» за 200 фунтов купили Билла Перкинса. Что характерно – оба англичанина.

В этом же сезоне мерсисайдцы вновь дошли до полуфинала Кубка Англии, где в упорнейшем трехматчевом поединке уступили «Шеффилду Юнайтед» (2:2, 4:4, 0:1). Больше всех голов в этом сезоне забили купленный в прошлом году у «Сент-Миррена» за 200 фунтов Хью Морган (13 в 38-и матчах), Томми Робертсон из «Хартса» (он обошелся мерсисайдцам в 175 фунтов) и Джордж Аллан (оба – по 11).

В следующем году «Ливерпуль» занял в чемпионате только 10-е место, а уже в сезоне 1900/1901 впервые стал чемпионом Англии. Занявший второе место «Сандерленд» отстал от победителей на два очка, а «Ноттс Каунти» – на пять. Команда 19 матчей выиграла, 8 проиграла и 7 завершила вничью. Соотношение мячей: 59–35. Кроме того, мерсисайдцы стали самой результативной командой в чемпионате. Пришедший в коллектив из «Нью Брайтон Тауэр» в январе 1900 года Сэмьюэл («Сэм») Фрэнсис Рэйбоулд (его трансфер обошелся в 250 фунтов) в списке лучших бомбардиров чемпионата занял 2-е место – 17 голов в 31-м матче.

В составе чемпионов играли: Билл Перкинс (34 матча), Джон («Джек») Томас Кокс (32 матча, 10 голов; его купили в «Блэкпуле» за 150 фунтов в декабре 1897 года, провел 3 матча за сборную Англии), Билли Данлоп (32), Билл Голди (34/2), Том Робертсон (34/9), Сэм Рэйбоулд (31/17), Алекс Рэйзбек (31/1), Джон Уокер (29/6), Джек Робертсон (25), Чарли Уилсон (25/1), Чарльз Саттервейт (22/5), Энди Макгиган (13/4), Джон Гловер (11), Джон Хантер (8/3), Морис Пэрри (8, пришел из «Брайтон Юнайтед»), Рэбби Хауэлл (2), Томас Джон Хантер (2), Джон Дэвис (1).

Сезон 1901/1902 «Ливерпуль» завершил на 11-м месте, потом был пятым (Сэм Рэйбоулд в этом сезоне, первым среди игроков «красных», стал лучшим бомбардиром элитного дивизиона, забив 31 гол в 33-х матчах; этот результат оставался клубным рекордом на протяжении без малого 30 лет и был побит Гордоном Ходжсоном только в 1931 году), а в сезоне 1903/1904 – семнадцатым (предпоследнее место). Так бывшие чемпионы в третий раз оказались во втором дивизионе. Правда, всего на один сезон.