Успешная работа над «Кратким курсом истории ВКП(б)» к осени 1938 года делает Жданова руководящим авторитетом в теоретических и практических вопросах господствующей идеологии — в этой сфере другие сталинские соратники ближнего круга не были ему соперниками. С конца 1938 года Жданов в политбюро становится ответственным «за органы печати и дачу указаний редакторам» — курирует все средства массовой информации СССР.

Отныне Жданов — первый заместитель Сталина по идеологии, пропаганде, науке и культуре. Его текущую работу во главе УПА хорошо иллюстрируют разбирательства с ленинградскими биологами и литературными журналами летом — осенью 1939 года.

В июне 1939 года группа ленинградских биологов направила письмо Жданову, в котором просила его разрешить проведение новой дискуссии между сторонниками и противниками академика Лысенко. Фамилия этого напористого сына украинского крестьянина, «босоногого профессора», как писала о нём в 1920-е годы газета «Правда», в последние десятилетия стала одиозной не менее, чем фамилия нашего героя. Не будем вдаваться в научные тонкости былых споров «чистых генетиков» и представителей «школы Лысенко», отметим лишь, что Трофим Денисович, будучи человеком властным и амбициозным, отнюдь не был, как это представляется в антисоветских мифах, ни циничным шарлатаном, ни ужасным монстром и губителем биологической науки.

Особенностью «школы Лысенко» была его практическая работа в крайне жёстких условиях тех лет — голодная и бедная страна требовала реального результата «здесь и сейчас», причём недорогими и простыми методами. Лысенко дал именно такие рецепты для сельского хозяйства 1930-х годов — за это его и ценила столь высоко сталинская власть. Но эти «сельские» лысенковские методы естественным образом вступали в противоречие с фундаментальной наукой, не ориентированной на быстрый практический результат.

Жданову не раз придётся столкнуться с Трофимом Лысенко. Вопреки стереотипам, наш герой — «гонитель интеллигенции» — в отношении этой самой интеллигенции, по меньшей мере её научной части, проявлял как руководитель компетентность и взвешенность. Жданов был далёк от тонкостей науки, но вспомним, что он не только был внуком первого русского критика Дарвина. В его биографии были и сельскохозяйственная академия в Москве, и профессиональная работа по решению проблем сельского хозяйства Нижегородского края, и любительское увлечение биологией, а естественно-научные книги составляли заметную часть его личной библиотеки. Сын нашего героя Юрий в конце 1930-х годов, будучи студентом химического факультета МГУ, специализировался на органической химии, тесно связанной с биологией. Позднее Юрий Андреевич, среди прочего, поделится одним интересным воспоминанием: «Отношение А.А. Жданова к Лысенко было более чем скептическое. Надо сказать, после мимолётных встреч с ним он говорил о низкой внутренней культуре Лысенко, об отсутствии в нём интеллигентности…»

Итак, 28 июня 1939 года наш герой внимательно прочитал письмо ленинградских биологов. Значительная часть противников Лысенко из «старой» научной школы базировалась на исследованиях Всесоюзного института растениеводства[9], возглавляемого ещё неарестованным Николаем Вавиловым. Ленинградские учёные писали Жданову не только как начальнику соответствующего управления ЦК, но и как главе города на Неве.

В письме Жданов подчеркнул отдельные фразы и целые абзацы карандашом, сделал ряд отметок на полях — они показывают, какие аргументы авторов привлекли его особое внимание. Одним из главных были практикуемые сторонниками Лысенко «административные методы» научного соперничества. Жданов также подчеркнул пророчески звучащую для наших дней фразу о том, что «генетика даёт действительные возможности переделки наследственной основы организмов, буквально по заказу».

Не будучи научным специалистом, Жданов тем не менее быстро ухватил суть заумных теорий и споров в этой среде. Он подготовил резолюцию, которую вместе с оригиналом письма направил по кругу «на голосование» двум остальным секретарям ЦК — Маленкову и Андрееву. Все согласились с проектом Жданова. Уже на следующий день Центральный комитет поручил редакции журнала «Под знаменем марксизма» провести совещание по существу поднятых в письме ленинградских профессоров проблем и выработанные предложения внести в ЦК.

Здесь показателен механизм работы партийного руководства с подобными вопросами — журнал «Под знаменем марксизма» в 1920—1940-е годы являлся центральным философским изданием СССР, освещавшим вопросы фундаментального научного развития страны во всех сферах. И редакторы журнала, члены его редколлегии, зачастую выступали экспертами и арбитрами в принципиальных научных спорах. Постановление ЦК вместе с копиями письма учёных было послано Марку Митину, члену ЦК, главному редактору журнала «Под знаменем марксизма» и директору Института Маркса — Энгельса — Ленина, старому товарищу Жданова Петру Поспелову, также члену ЦК, главному редактору «Правды» и заместителю Жданова на посту начальника Управления пропаганды и агитации. В итоге административные методы Лысенко были подвергнуты жёсткой критике.

В начале ноября 1939 года Жданов вновь получает письмо от группы работников Всесоюзного института растениеводства. На этот раз ленинградские учёные жаловались на решение Лысенко, который, как президент Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук, не включил своих научных соперников в новый список членов учёного совета Института растениеводства. Жданов поддержал этот протест ленинградских профессоров против самоуправства Лысенко, заявив, что он «всячески не советует разрешать научные споры административным путём». В декабре 1939 года, когда мысли и действия нашего героя уже были заняты исключительно тем, как войти в Финляндию через линию Маннергейма, научные противники Лысенко вошли в учёный совет Института растениеводства.

Естественно, Управление пропаганды и агитации ЦК занималось не только и не столько наукой. 19 августа 1939 года заместитель начальника управления Пётр Поспелов направил Жданову докладную записку: «Просмотр ряда литературно-художественных журналов за 1939 год показывает, что руководство журналами поставлено неудовлетворительно… журналы явно отстают от жизни… в течение шести месяцев не дали ни одного более-менее крупного художественного произведения, изображающего современную действительность Советской страны».

Бывший товарищ Жданова по кружку тверских социал-демократических подпольщиков и Московской сельхозакадемии обвинил центральные литературные журналы «Красная новь», «Октябрь», «Звезда» и другие в том, что на их страницах «почти отсутствует освещение вопросов коммунистического воспитания, коммунистической морали, борьбы против пережитков капитализма в сознании людей, вопросы советского патриотизма, не освещаются в публицистических статьях такие проблемы, как задачи догнать и перегнать передовые капиталистические страны в экономическом отношении, и другие проблемы, выдвинутые в исторических решениях XVIII съезда ВКП(б)». Впрочем, этот кондовый политический вывод подкреплялся вполне практическими указаниями на реальные недостатки в работе и содержании «толстых» журналов. Причиной таких идеологических провалов Поспелов назвал то, что «фактически многими журналами руководят беспартийные сотрудники, зачастую политически непроверенные», а «пребывание в составе редакционной коллегии рассматривается писателями как некая почётная, но необязывающая работать должность».