Уже в начале июня 1946 года состоялся разбор «дела Жукова» на заседании Высшего Военного Совета, в котором приняли участие все члены Политбюро и высший генералитет страны. Обвинения против главкома сухопутных войск поддержали ряд членов Политбюро, в том числе В. М. Молотов, Г. М. Маленков и А. А. Жданов, и особо активно начальник Главного Управления кадров и заместитель главы военного ведомства страны генерал-полковник Ф. И. Голиков. Однако целый ряд видных советских полководцев, в том числе маршалы Советского Союза Александр Михайлович Василевский, Константин Константинович Рокоссовский, Иван Степанович Конев, Василий Данилович Соколовский и особенно маршал бронетанковых войск Павел Семенович Рыбалко, отметив личные недостатки и тяжелый характер маршала Г. К. Жукова, а также крупные ошибки в его работе, твердо заявили, что он является настоящим советским патриотом и не может быть организатором мифического «военного заговора». Тем не менее по итогам заседания маршал Г. К. Жуков, вполне правомерно обвиненный в потере личной скромности, моральном разложении, а также непомерных амбициях, был снят со своих высоких постов и назначен с явно показательным понижением командующим Одесским военным округом.　

Однако на этом злоключения опального маршала не закончились. Напротив, вскоре Министерство госбезопасности СССР стало расследовать новые дела, связанные с работой Г. К. Жукова и его окружения в Германии. Многие авторы (Б. В. Соколов, В. О. Дайнес, С. Ю. Рыбас, В. Г. Краснов, А. А. Самсонов[40]) традиционно говорят о том, что за организацией «Трофейного дела» лично стоял давний жуковский недоброжелатель генерал-полковник В. С. Абакумов, который, выполняя сталинское поручение, буквально «носом рыл землю», добывая компромат на Г. К. Жукова. Однако их оппоненты (Р. Г. Пихоя[41]) полагают, что вся организационная работа по этому делу проводилась под непосредственным руководством новоиспеченного секретаря ЦК, куратора МГБ А. А. Кузнецова и председателя Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП(б) М. Ф. Шкирятова. При этом, как считал сам Г. К. Жуков, против него «орудовал» Н. А. Булганин, который еще в начале марта 1946 года занял пост первого заместителя министра Вооруженных сил СССР[42].　

Следует сказать, что вопрос о реальной подоплеке «Трофейного дела» давно стал предметом очень острых дискуссий в современной историографии. Ряд историков (А. В. Пыжиков, А. А. Данилов, А. Н. Волынец[43]) пытаются связать гонения на Г. К. Жукова и его «генеральскую команду» с общей борьбой за власть, в частности с ударом по позициям Г. М. Маленкова, который в годы войны был наиболее близок с опальным маршалом. Другие авторы (Р. Г. Пихоя, А. И. Вдовин[44]) полагают, что опала Г. К. Жукова была связана с горячим желанием вождя поставить на место зарвавшийся генералитет, который, пребывая в ореоле спасителей Отечества, мог составить реальную угрозу его единовластию. Неслучайно еще 9 февраля 1946 года в своей знаменитой речи перед избирателями в Верховный Совет СССР И. В. Сталин прямо заявил: «Говорят, что победителей не судят, что их не следует критиковать, не следует проверять. Это неверно. Победителей можно и нужно судить, можно и нужно критиковать и проверять. Это полезно не только для дела, но и для самих победителей, меньше будет зазнайства, больше будет скромности». Наконец, еще одна группа авторов (Ю. Н. Жуков, Б. В. Соколов, А. А. Самсонов[45]) утверждает, что опала Г. К. Жукова носила вполне оправданный характер и имела своей главной целью «воспитательное воздействие» на не в меру амбициозного маршала, который возомнил себя единственным спасителем всего Отечества и стал банальным барахольщиком, вывезя с территории поверженной Германии огромное количество дорогой мебели, ковров, картин, мехов, столового серебра и другого трофейного имущества.　

Как уже говорилось выше, в мае 1946 года в связи с «Делом авиаторов» опросом членов ЦК Г. М. Маленков был выведен из состава Секретариата ЦК и заменен членом Оргбюро и главой Организационно-инструкторского отдела ЦК Николаем Семеновичем Патоличевым — прямой креатурой А. А. Жданова, с которым он был знаком еще со времен своей нижегородской комсомольской юности[46]. Однако главное состояло все же не этом, а в том, что H. С. Патоличев, будучи с начала января 1942 года Первым секретарем Челябинского обкома ВКП(б), сыграл выдающуюся роль в создании и работе легендарного «Танкограда», за что в годы войны был удостоен трех орденов Ленина. При этом надо сказать, что причины столь неожиданного ослабления позиций Г. М. Маленкова остаются до сих пор невыясненными. Более того, существует чисто умозрительное представление М. Я. Геллера, А. М. Некрича и других[47], что именно тогда он был якобы переведен на работу в далекий Ташкент. Однако, как считают многие историки (Р. Г. Пихоя, Ю. Н. Жуков[48]), эти представления не находят подтверждения в архивах, в том числе в его персональном фонде РГАСПИ (Ф. 83. Oп. 1). Более того, в личных бумагах Г. М. Маленкова, хранящихся в фондах Секретариата и Политбюро ЦК, нет никаких упоминаний о его командировке в Узбекистан, хотя неясностей о месте его реального пребывания в указанный период остается предостаточно. При этом есть косвенные данные, в частности характер рассылки документов Совмина СССР и ЦК ВКП(б), позволяющие утверждать, что с мая по октябрь 1946 года Г. М. Маленкова действительно не было в Москве, куда он вернулся только спустя пять месяцев, поскольку уже 5 октября 1946 года начал работать его личный секретариат в Совете Министров СССР. При этом существует версия, что именно в эти месяцы Г. М. Маленков непосредственно занимался организацией всей работы Спецкомитета № 2 по реактивному вооружению, который был создан специальным Постановлением Совета Министров СССР от 13 мая 1946 года № 1017-419сс[49]. Причем, судя по оригиналу источника, фамилию Г. М. Маленкова как руководителя Спецкомитета синим карандашом вписал лично И. В. Сталин, поскольку фамилии всех остальных его членов, в том числе Д. Ф. Устинова, И. Г. Зубовича, Н. Д. Яковлева, И. А. Серова, А. И. Берга и других, были уже напечатаны на машинке.　

Тем временем 8 июля 1946 года по инициативе А. А. Жданова принимается еще одно Постановление ЦК «О росте партии и мерах по усилению партийно-организационной и партийно-политической работы с вновь вступившими в ВКП(б)», которое предусматривало проведение обязательных экзаменов по проверке теоретических знаний всех без исключения членов партии. Конечно, А. А. Жданов, памятуя сталинские слова о том, что партия давно «превратилась в хор псаломщиков и отряд аллилуйщиков», был глубоко убежден, что «без теоретической подготовки партработник ничто»[50], а посему придавал этому