Есть сведения, что примерно в 1286 г. Хубилай-хан собирался напасть на Индию и Непал через Тибет. Находившийся в Индии тибетский йог Ургьен Сенге послал хану длинную религиозную поэму, призывая отказаться от похода. Так или иначе, на Индию и Непал Хубилай не пошел. В те же годы против центральной власти Тибета взбунтовался один местный правитель. Бунт был подавлен без участия монголов.

Итак, Китай стал неотъемлемой частью государства Юань, которое, в свою очередь, было частью Великой Монгольской империи — самой большой страны, когда-либо существовавшей в мире. Она простиралась от Тихого океана до Европы. Тибет не стал такой же ее частью, как завоеванные или принесшие вассальную присягу страны. Его нет в официальном перечне территорий империи Юань. Соответственно, на Тибет не распространялась административно-территориальная система, принятая в ней.

Очевидно, отношения с религией у юаньских императоров были другими, чем у императоров китайских. Идеал таких отношений описан в монгольской хронике «Десять достойных похвалы законов». Там приводится теория «двух порядков», которая, очевидно, отражает взгляды Пагпа-ламы на мирскую власть. Все мирские существа стремятся к мирскому и духовному спасению. Духовное спасение состоит в полном освобождении от страданий, мирское — в благополучии. Оба зависят от двух порядков: религиозного и мирского. Религиозный основан на сутрах и дхарани, мирской — на мире и спокойствии. Религиозным порядком ведает Лама, мирским — Правитель. Таким образом, религия и государство зависят друг от друга. Главы религии и государства равны, но у каждого свои функции. Лама соответствует Будде, Правитель — Чакравартину. Такие достоинства появляются лишь однажды в каждый период истории. В XIII в. это были Пагпа-лама и Хубилай-хан. В точности этот порядок, конечно, не соблюдался. Тем не менее, юаньские императоры старались ему следовать.

По разработанной Пагпа-ламой теории, монгольские императоры рассматривались как наследники всемирных буддийских императоров, а не какой-либо китайской династии. И Чингис-хан, и Хубилай-хан были приравнены к Чакравартинам Индии и святым тибетским царям. Параллельно китайские ученые разрабатывали схему, позволяющую Хубилаю и его потомкам вписаться в череду легитимных династий, правивших Китаем (подробнее см. в главе 11).

При Хубилае была разработана система административного управления, которая очень слабо изменилась до последних дней Юаньской империи. Наиболее разработанными были административные органы, управлявшие метрополией — Монголией, тогда как органы для других территорий были менее эффективными, их функции часто дублировались и т.д. В связи с тем, что управление империей было слабо централизовано, местные органы на отдаленных землях монголы контролировали лишь «по факту». Религиями ведало Бюро имперских культов. В его ведении было большинство культовых учреждений. В пяти провинциях были его канцелярии. Для Тибета учредили специальное управление Цзуньчжиюань, первым главой которого стал Пагпа-лама. В 1284 г. управление было переименовано в Сюаньчжунъюань (Бюро буддийских дел). Оно было приравнено к высшим органам власти в империи: управлениям гражданскими делами, армии и контрольной власти. Половину уполномоченных этого бюро составляли миряне, а половину — монахи. Бюро тибетских и буддийских дел возникло в результате слияния в 1329 г. двух разных органов: одного для Тибета (находившегося в руках Сакья) и Комиссии по буддийским делам Южного Китая.

Еще при Хубилае началась работа по административному делению империи Юань. Завершилась она намного позже, в 1321 г. Согласно хронике «Новая история Юань», империю разделили на 12 провинций. Помимо территорий Китая и государства Цзинь, в провинции были включены земли Монголии (в две провинции), Тангутской империи, Амдо, части Южной Сибири, а также вся Корея.

Хотя Тибет не был включен в них, еще раньше его поделили на несколько «дорог» (областей). Верховная власть над ним была у главы Сакья. При нем состоял чиновник — пончен, ведавший гражданскими и военными делами. Этот чиновник находился также под контролем монгольского Бюро по умиротворению. Согласно тибетским данным, «он правит по приказу ламы и мандату императора. Он защищает два закона (религии и гражданский) и ответственен за спокойствие (страны) и процветание (религии)».

В 1264 г. Кам и Амдо (где становилось все больше монголов) были выведены из-под административного управления Центрального Тибета. Эти земли плохо контролировались, непокорные племена приходилось часто «умиротворять». Монголы могли сделать это наиболее эффективно. С 1256 по 1355 г. они посылали туда войска 21 раз. У, Цанг и Нгари-Корсум остались в прямом подчинении Пагпа-ламе. В них монголы образовали управления более низкого ранга, которые занимались не столько администрированием, сколько надзором. Владения Сакья были разделены на 13 районов, в основном возглавлявшихся монастырями. Тем не менее, в рамках отношений «наставник — покровитель» власть главы Сакья признавали все тибетцы.

Необоснованны предположения некоторых авторов, будто Хубилай-хан установил свой «сюзеренитет» или «центральную администрацию» в Тибете. Контроль монголов, осуществлявшийся через Бюро по умиротворению, представлял только помощь в поддержании спокойствия в стране. Тибет был страной, зависимой от Монгольской империи, а от Китая вообще не зависел. Защита территории, направление чиновников в помощь, разработка законов, ямская служба и т.д. — это обязанности монгольского императора как покровителя по отношению к тибетскому ламе как наставнику, а не китайское правление.

В 1267 г. монголы провели перепись тибетского населения (в период Юань было еще две переписи — в 1287 и 1334 г.). Для этого прислали специальных эмиссаров, имевших «мандат» — золотую пайцзу. Результатом стало разделение всех податных людей на лха-де и ми-де — соответственно: данников буддийской церкви и тибетских феодалов. В дальнейшем имела место тенденция постепенного увеличения числа лха-де за счет ми-де. Установили систему налогов, военно-административное деление по 10 тыс. и тысяче дворов. Как и в империи, учредили систему ямов (почтовых станций) — от нынешней провинции Таньсу до области Сакья. Для своего времени это была самая передовая в мире почтовая система. Гонец скакал до почтовой станции, менял лошадь на свежую, скакал до следующей станции и т.д. Ямы обеспечивали также лошадьми тибетских и монгольских чиновников. При отправке почты на большие расстояния гонец на станции передавал эстафету следующему гонцу. Эта транспортная повинность (ула) просуществовала в Тибете до 1956 г. Насколько слабо монголы контролировали эту службу, говорит несанкционированное использование казенных лошадей монахами. В 1311 г. вышло даже имперское предписание, запрещавшее это делать.

Вначале XIVв. имперские власти часто выпускали заключенных в честь праздников тибетского буддизма, а вскоре этот обычай распространился и на китайской Новый год. Через какое-то время властям пришлось опять вмешаться — амнистии стали слишком большими. Есть сведения, что не только в самом Тибете, но и за его пределами буддийские монахи из Тибета получили преимущества перед китайскими. С другой стороны, поддержку получал и китайский буддизм. Так, многие культовые помещения, которые были отданы мирянам или даосам в китайском государстве Сун, после его падения были переданы обратно. Некоторых даосов сделали буддийскими монахами.