Из всех опрошенных только Михаил Нагой подтвердил версию царицы о том, что царевич Дмитрий был убит дьяком Битяговским и его людьми. Остальные сказали, что не знают подробностей случившегося, поскольку не были в это время во дворе. Более того, городской приказчик Русин Раков заявил, что Михаил также ничего не видел, поскольку прибежал уже с угличанами, да и был пьян. Тогда для допроса вызвали тех, кто видел, как погиб Дмитрий: В. Волохову, И. Тучкову и мальчиков-жильцов. Все они рассказали одно и то же: Дмитрий сам покололся свайкой во время приступа «падучей болезни», т. е. эпилепсии. В это время во дворе никого из посторонних не было.

Узнав о причине гибели царевича, члены комиссии стали выяснять обстоятельства восстания в Угличе и причину убийства государевых людей. Для этого вызвали 7 представителей местного духовенства, 47 жителей посада, 63 члена двора царевича и Нагих, 11 слуг дьяка Битяговского. Многих ставили «с очей на очи», и это позволяло вести допрос перекрестно. В итоге оказалось, что именно Нагие без всякого основания обвинили дьяка и его людей в смерти царевича, натравили на них горожан и спровоцировали восстание, которое завершилось разгромом дома Битяговского и Приказной избы — государственного учреждения.

Всего в ходе следствия было допрошено более 140 человек. Их показания были записаны и включены в состав особого дела, которое дошло до нас и хранится сейчас в Российском государственном архиве древних актов (РГАДА). В начале XX в. оно было опубликовано — «Угличское следственное дело о смерти царевича Дмитрия 15 мая 1591 г.» М., 1913.

Таким образом, комиссия официально установила, что царевич Дмитрий случайно покалечил себя сам и умер от потери крови. Его, как невольного самоубийцу, не имели права хоронить пышно и с почетом. Поэтому похороны царского сына состоялись 23 мая в местном соборе. К 30 мая следствие было завершено, и члены комиссии вернулись в Москву. Там 2 июня на заседании Боярской думы В. И. Шуйский доложил о результатах своей работы. После обсуждения его доклада бояре вынесли такое решение: признать виновными в смерти царевича Нагих, поскольку трагедия произошла из-за их «небрежения» к обязанностям оберегать Дмитрия; признать их виновными и в убийстве государевых людей, и в подстрекательстве угличан к восстанию.

За государственные преступления всех Нагих сурово наказали. Царицу Марию Федоровну насильно постригли в монастырь под именем Марфа и сослали в захудалую обитель на Белом озере. Ее братьев отправили в тюрьмы в небольшие приволжские городки, остальных родственников разослали на воеводство в отдаленные места.

Еще более суровому наказанию подвергли угличан. Многих из них казнили, остальных отправили в сибирский город Пелым. Центральный городской колокол был сброшен с колокольни, а остальные колокола лишены «языков». После этого некогда процветавший волжский город пришел в упадок.

Следует отметить, что Нагие отнюдь не смирились со своей участью. Через родственников они стали распространять по всей стране слухи о том, что царевич Дмитрий был убит по приказу Б. Ф. Годунова, стремящегося к власти. Этим они хотели отомстить царскому шурину за свои несбывшиеся надежды. Но царский шурин, судя по всему, никакого отношения к угличской драме не имел. Материалы следственного дела это наглядно подтверждают.

У современников возникли свои версии относительно смерти царевича Дмитрия. Одну из них зафиксировал в своем труде «История в память сущим» анонимный автор.

«Великого убо царя Феодора брата Дмитрия Ивановича, не единоматерья, отделиша всех началнейших велмож российских советом на Углеч, да в своем пространствии с материю си пребывает. Сему же царевичю Димитрею естеством возрастающу и братне царьство и величество слышащу, и от ближних си смущаему за еже не вкупе пребывания з братом, и часто в детьских глумлениих глаголет и действует нелепо о ближнейших брата си, паче же о сем Борисе. И врази сущее и ласкатели, великим бедам замышленицы, в десятерицу лжи составляющее, с сими подходят велмож, паче же сего Бориса, и от многия смуты ко греху низводят, его же, краснейшаго юношу, отсылают, не хотяща, в вечный покой. Память же его великою кровию неповинною во всей России торжествовася. Се первый грех да разумеется, та же по сем и другий: ни во что же положиша сю кровь неповинную вся Россия». (Сказание Авраамия Палицына. М., Л. 1955. С. 251.)

По мнению автора этой версии, в смерти Дмитрия был повинен Борис Годунов, но его на этот шаг толкнули некие злобные сплетники. Сначала они настроили против царского шурина царевича, потом сообщили Борису о негативном отношении к нему Дмитрия, и тот постарался расправиться с мальчиком. При этом русское общество отнеслось с полным равнодушием к событиям в Угличе.

Позднее враги Б. Ф. Годунова написали сочинения, в которых тот был представлен настоящим преступником, убившим не только царевича Дмитрия, но и царя Федора Ивановича и даже свою сестру царицу Ирину-Александру К тому же смерть царевича Дмитрия превратилась в «козырную карту» в руках многих политиков в Смутное время. Они ловко использовали ее при борьбе за власть.

Все это оказало большое влияние на многих историков, начиная с Н. М. Карамзина, и даже на A. C. Пушкина, обвинившего Бориса Годунова в «злодейском убийстве» в своей драме о Смутном времени.

В целом 14-летнее правление царя Федора было исключительно успешным. За несколько первых лет ему удалось вывести страну из экономического, социального и политического кризиса, в котором она находилась в конце царствования Ивана Грозного.

Самым неотложным мероприятием было усмирение бунтующих поволжских народов, которые намеривались вновь отделить Казанское ханство от Русского государства. Уже летом 1584 г. в Поволжье был отправлен полк под командованием князя Д. П. Елецкого, только что получившего окольничество. Осенью этого же года на помощь ему был отправлен отряд князя И. А. Ноготкова. Слаженные действия воевод привели к хорошим результатам. Бунтовщики смирились и вновь согласились служить царю. Успех был закреплен строительством городов-крепостей Уржума, Цивильска, Кокшайска, Самары и Уфы.

Летом этого же года царю Федору пришлось посылать полки для отражения набегов крымцев на юго-западные города: Белев, Козельск, Воротынск и Мещовск. Их возглавили думный дворянин М. А. Безнин, князья A. B. Трубецкой, А. Д. Хилков и Ф. М. Трубецкой.

В благодарность за успешную службу Федор Иванович наградил всех золотыми монетами — орденами того времени.

Одновременно царь начал реформу налоговой системы. Были отменены тарханы — привилегии церкви и монастырей и завершена перепись всех земель в центральных и северных районах. Она нашла отражение в Писцовых книгах, которые Федор Иванович лично изучал для решения вопроса о налогообложении. Кроме того, был создан особый Холопий приказ для регистрации документов о кабальном холопстве.

Для более четкого управления государством царь стал собирать каждую пятницу особый собор в Столовой палате. На его заседание приглашались митрополит, бояре, возглавлявшие приказы, и видные дьяки. Обычно присутствующие обсуждали какой-либо конкретный вопрос. Каждый высказывал свое мнение, которое записывали. Потом Федор просматривал записи и принимал окончательное решение.