В отчаянном положении Суворов предложил пробиваться к Гларису, следуя на северо-восток от Муттенской долины, через гору Брегель. По плану Суворова первой вступить в бой с французами следовало бригаде Ауфенберга, которая немедленно должна была занять гору Брегель, сбив неприятельские посты. Следующим утром в дело должны были вступить авангард Багратиона и дивизия Повало-Швейковского. Важная роль отводилась и арьергарду Розенберга и Ферстера, прикрывавшему смелый марш-маневр основных сил армии.

Бригада Ауфенберга успешно выполнила боевое задание, разбив батальон, оставленный Молитором у Брагельберга, и расположилась на ночлег не доходя до Клёнтальского озера. На рассвете 19 сентября выступили войска Багратиона и Повало-Швейковского, а за ними и основные силы Суворова. К 15 часам они спустились в долину. Молитор всё ещё преследовал отряд Линкена, но, узнав о продвижении Ауфенберга, вернулся к Брагельбергу. Утром французская дивизия Молитора атаковала войска Ауфенберга. Австрийская бригада отступила — и готовый капитулировать Ауфенберг уже вступил в переговоры с французами. Лишь завидев приближение войск Багратиона, он отбросил колебания и отказался от капитуляции. Багратион с марша бросил войска в бой: атаковал Молитора двумя батальонами с фронта, четырьмя — с правого фланга, а егерским полком — с левого. Атака утомлённым, ожесточённым солдатам Багратиона удалась на славу. Французы были отброшены, несли немалые потери.

Отступив, Молитор расположил войска на восточном берегу Клёнтальского озера. Он занял неприступную позицию по горному откосу, за каменной церковной оградой. Багратион несколько раз атаковал это укрепление, но опрокинуть войска Молитора до наступления темноты не удалось. Тогда Багратион предпринял обходной маневр, застрельщиком которого стал командовавший егерским полком граф Цукато. Ночью он с правого фланга обошёл позиции Молитора. За егерями шли шесть батальонов. С фронта атаковать Молитора были готовы оставшиеся силы авангарда. На рассвете французы заметили приближение противника и открыли огонь. Но энергичная атака с тыла и с фронта заставила Молитора отступить.

Новую позицию Молитор занял между рекой Линт и горной грядой, у деревни Нефельс. Быстрой атакой Багратион и здесь опрокинул войска Молитора, заняв Нефельс. Войска Молитора, усиленные подкреплением (к нему подоспели войска генерала Газана), вернулись к Нефельсу — и завязался упорный бой. К вечеру 20 сентября авангард Багратиона выполнил боевое задание: дивизия Молитора оттеснена на север, и Клёнтальская долина была открыта для армии. В Нефельсе продолжалось сражение, когда Суворов приказал Багратиону двигаться к Нетшталлю. По плану Суворова Молитора целесообразно было оставить в Нефельсе, а русские войска расположились в Нетшталле и Гларисе.

Что касается корпуса Римского-Корсакова, ему Суворов предписал двигаться к Линдау, куда и сам направлялся с боями. Разбитый Массеной генерал-лейтенант стремился загладить свою вину, стремился отличиться, хотя и был удалён от основных событий второй половины сентября, расположившись лагерем в Шафгаузене. У Констанца стоял трёхтысячный отряд принца Конде — армия французских эмигрантов-монархистов, подкреплённая австрийцами и русскими. Бои Корсакова и Конде проходили с переменным успехом. Основные события развернулись 26–27 сентября. Римский-Корсаков намеревался соединиться с Конде, заняв Констанц. Его корпус выдвинулся в поход, дважды сталкиваясь с французскими отрядами, предупреждая их наступление на Шафгаузен — 26 сентября у деревень Шлат и Диренгоф. У Шлата пехота Римского-Корсакова стремительно атаковала дивизию Менара, отбросив французов до Андельфингена. Массена подкрепил Менара резервами, и им удалось контратакой выбить Римского-Корсакова из Шлата, после чего русские дважды отражали атаки французов на укрепления возле моста. Массена отступил, а Римский-Корсаков продолжил наступление. Как писал Суворов в реляции императору, стремясь всё-таки создать более-менее благоприятное впечатление о действиях генерала, который вот-вот попадёт в заслуженную опалу, — неприятель «наконец был разбит и прогнан до реки Тур. Урон его состоит: убитыми более тысячи, но пленных только пятьдесят и отбито две пушки. С нашей стороны убито мушкетёрских полков графа Разумовского полковник Нечаев, Тучкова — порутчик Перцов, гренадерского Сакена — подпорутчик Пивоварович и Воинова кирасирского — корнет Богуш; нижних чинов 266, ранено обер-офицеров 17, нижних чинов 477». В руках Римского-Корсакова и после Цюриха оставались значительные силы — а как нужны были эти люди в Муттенской долине, где за поредевшими походными колоннами Суворова плелись обозы и раненые, где каждая пара солдатских рук была на счету. Атаковали французы и позиции принца Конде в Констанце. Суворов сообщал в Петербург: «Принц Конде извещает меня, что 27 сентября атакован он был французами в Констансе, где против превосходного вдвое неприятеля держался 7 часов и напоследок принуждён был уступить, потеряв убитыми до 200 человек, да без вести пропавшими за 50 и 4-х офицеров; ранено у него до 500 человек; сам у неприятеля убил более 300 и пленил при 2-х офицерах 30 рядовых и отбил одно знамя». Суворов чувствовал приязнь к Конде не только из-за прославленной фамилии, об истории которой наш полководец, несомненно, читал и в детские годы. К французам-роялистам Суворов вообще относился сочувственно, как к попавшим в беду, как к аристократам, преданным собственным народом. Боевые же качества французов — что противников, что союзников — у Суворова вызывали прочное уважение.

19 и 20 сентября, когда авангард Багратиона сражался в Клёнтальской долине, корпус Розенберга вёл арьергардные бои в Муттенской долине. Семитысячный корпус Розенберга принял бой с пятнадцатитысячным отрядом во главе с самим Массеной. В этом бою Розенберг, уже прошедший суворовскую школу, переиграет французов диспозицией и прикажет действовать штыком, не теряя времени на пальбу. Первый удар французов принял на себя полк Белецкого, который, отбиваясь, отступил к левому флангу, заманивая неприятеля в долину, где его встретили построенные в боевом порядке войска Розенберга. Широкой линией русские бросились в штыковую атаку. Суворов писал об этом в общей реляции императору о Швейцарском походе: «Полки: Ферстера, Белецкого, Мансурова и егерский Кашкина на бегу не преставали поражать его, а баталион Ферча, усмотря оное, також бросился вслед и продолжал делать то же». 19 сентября русские войска отбили несколько атак Массены, отбросили французов к самому Швицу. Русские дрались храбро, а французский генерал опрометчиво не побеспокоился о контроле над высотами долины. В рядах полка Мансурова сражался герой недавних боёв за Сен-Готард и Чёртов мост полковник Трубников. Он был смертельно ранен. Героями двухдневного боя были генералы Ребиндер и Милорадович. 19 сентября, отбивая атаки французов, азовцы Ребиндера браво кололи врага и забирали пленных. На них наступала дивизия Мортье — будущего наполеоновского маршала и военного губернатора Москвы. На следующий день Массена предпринял решительную контратаку, лично возглавив наступление, но корпус Розенберга снова выстоял и мощной ответной контратакой разбил противника. Отменно командовал штыковыми атаками Милорадович. 5 орудий и 1000 пленных захватил Розенберг в этих боях — включая одного генерала и пятнадцать офицеров. Солдаты захватили богатую добычу: съестное, деньги, ценности. Главной добычей был генерал… Лакур. Розенберг в реляции Суворову назвал его Лакургом. А в реляциях Суворова Лакург превратился в Лекурба — так было привычнее, имя знаменитого генерала вертелось на языке, а в пылу сражений ошибку не заметили. Вот и заговорили историки и комментаторы о пленении знаменитого французского генерала, не раз бившего австрийцев — и до Альп, и после.