Перемены в религиозной политике СССР, осуществленные во второй период войны, которые на оккупированной территории страны были восприняты как «церковный НЭП»{1801}, заставили германские власти внести определенные коррективы в свою политику. Министерство «восточных территорий» и РСХА инициировали проведение в первой половине 1944 г. серии конференций украинских, белорусских и прибалтийских православных архиереев. Министерство «восточных территорий» также готовило выпуск книги «Правда о религии в России» («ответ на вышедшую в 1942 г. под таким же названием книгу Московского Патриархата»), которую планировалось издать в Женеве в сентябре 1944 г. тиражом 40 тыс. экз. Однако этот проект осуществлен не был{1802}. Религиозный фактор продолжал использоваться в пропаганде на оккупированной территории — например, в агитационных материалах, призывавших вступать в дивизию СС «Галиция» и другие коллаборационистские формирования, содержался призыв «За веру православную, за землю украинскую»{1803}, а также в пропаганде, направленной на запугивание населения приходом Красной Армии — так, в Западной Белоруссии оккупанты внушали местному населению, «что как только вернется советская власть… костелы будут закрыты»{1804}.

В то же время на оккупированной территории произошло углубление религиозного кризиса. Оно было связано, во-первых, с объективным обстоятельствами — потерей Рейхом захваченных территорий СССР (так, все основные территории с традиционно православным населением были утрачены уже в июле 1944 г.). По этой причине не были реализованы предложения о расширении борьбы с православием, — в частности, идея Г. Гиммлера о направлении германской секты «Исследователи Библии» («Свидетели Иеговы») на пропагандистскую работу на оккупированной территории СССР, для чего предлагалось освободить членов секты из концлагерей{1805}.

Предложения, исходившие от руководства РК «Украина», о создании единой православной церкви на оккупированных территориях СССР в качестве противовеса Московской Патриархии или о проведении общей конференции православных архиереев в Берлине были отвергнуты{1806} — возможно, из-за сохранившегося отрицательного отношения министра «восточных территорий» А. Розенберга к усилению православия. Этому способствовали и «общерусские» настроения некоторых православных иерархов. В мае 1944 г., несмотря на противодействие главы БЦР Р.К. Островского{1807}, митр. Пантелеймон (Рожновский), несмотря на свой антисоветский настрой{1808}, инициировал признание решений церковного собора, состоявшегося в августе 1942 г., о выходе Белорусской церкви из состава РПЦ недействительными. Экзарх Прибалтики митр. Сергий (Воскресенский) отказался признать неканоническим избрание Патриарха РПЦ, как этого требовали от него оккупанты. 29 апреля 1944 г. митр. Сергий был убит — его машина на шоссе Вильнюс — Каунас была расстреляна мотоциклистами в немецкой форме{1809}. Исследователи расходятся во мнении о том, кто стоял за этой акцией, так как митр. Сергий мог быть равно неугоден как германским властям, так и советскому руководству{1810}.

Углубление религиозного кризиса на оккупированной территории проявилось в усилении просоветских настроений и авторитета Московской Патриархии среди некоторых православных священнослужителей и верующих, даже ранее антисоветски настроенных. В частности, белорусский архиеп. Филофей (Нарко) через партизан пытался наладить контакты с Патриаршим Местоблюстителем, митр. Сергием (Страгородским), сообщив, что все решения, связанные с расколом православной церкви в Белоруссии, якобы «исходили не от него», и «заявив о готовности сотрудничать»{1811}. Рядовые священники, сохранившие верность РПЦ и признавшие легитимность вновь избранного Патриарха, подверглись преследованию со стороны германских властей{1812}. Об авторитете Московской Патриархии говорит тот факт, что после освобождения Риги, 13–14 октября 1944 г. в православных церквах города прошли молебны в честь освобождения от немецких оккупантов и «во славу русского оружия»{1813}.

Перед советским руководством в заключительный период Великой Отечественной войны остро встал вопрос о формах и методах религиозной политики на освобожденной территории СССР. Реализация этой политики должна была учитывать несколько факторов, первым из которых было существенное укрепление положения РПЦ. К началу 1944 г. епископат Церкви стал насчитывать 25 архиереев, значительно укрепилась ее материально-техническая база. Сотни священников были выпущены из тюрем и лагерей{1814}. К концу 1945 г. у РПЦ было 58 епархий, 10 547 церквей, три духовных учебных заведения, одно церковное периодическое издание{1815}, 61 архиерей в СССР, 17 архиереев за границей, 9254 священника, 30% из которых начали службу в годы войны{1816}. Положение РПЦ на освобожденной территории укрепилось еще и потому, что многие антисоветски настроенные священнослужители УАПЦ, УПЦ и Белорусского экзархата РПЦ ушли вместе с оккупантами{1817}.

Митр. Алексий (Симанский), который после кончины Патриарха Сергия 15 мая 1944 г. вступил в должность Патриаршего Местоблюстителя, продолжил политику укрепления государственно-церковного «конкордата», заявляя о лояльности РПЦ советской власти{1818}, которая подкреплялась продолжением материальной помощи государству. К 1 октября 1944 г. РПЦ пожертвовала на нужды обороны 150 млн. руб.{1819}, а к концу войны — 300 млн. руб. Проведенный в январе — феврале 1945 г. Поместный Собор РПЦ в «Послании к преосвященным архипастырям, пастырям и всем верным чадам Русской Православной Церкви» предписал делать все, «чтобы… Церковь, как и древле, сияла верою и благочестием, и служила опорой могущества и процветания нашей Родины»{1820}. Поместный Собор избрал митр. Алексия Патриархом Московским и всея Руси.

Советское государство, в свою очередь, выражало лояльное отношение к Церкви. На упомянутом выше Поместном Соборе председатель Совета по делам РПЦ Г.Г. Карпов заявил, что «ни в какой мере не вмешиваясь во внутреннюю жизнь Церкви, Совет способствует дальнейшей нормализации отношений между Церковью и государством, наблюдая за правильным и своевременным проведением в жизнь законов и постановлений правительства, относящихся к Православной Русской Церкви»{1821}. 28 января 1945 г. СНК СССР утвердил «Положение об управлении РПЦ», которое определило полномочия и функции Поместного Собора, Патриарха и Священного Синода. 10 апреля 1945 г. Патриарха Алексия приняли И.В. Сталин и В.М. Молотов{1822}.