В 1941 году немецко-фашистские захватчики видели роль населения России лишь в экономической поддержке оккупантов, в 1942 году стали создаваться охранные отряды, национальные и добровольческие легионы, куда призывались мирные жители и военнопленные. В 1943 году гитлеровцы предприняли попытку развязать на территории России новую гражданскую войну, для этого ими противопоставлялись народ и его руководство. На всем протяжении оккупации захватчики доказывали, что война, которую ведут Красная Армия и партизаны, есть борьба не за свободу отечества, а за сохранение сталинского режима.

Немецко-фашистские оккупационные службы, столкнувшись с активным сопротивлением советского народа, в конечном счете не смогли до конца реализовать ни одну свою акцию. В условиях провала плана молниеносной войны немецко-фашистские оккупанты сделали ставку на привлечение части населения на свою сторону. Начало коренного перелома в Великой Отечественной войне, наступившего после победы Красной Армии под Сталинградом, сорвало планы германского Министерства пропаганды, направленные на массовое создание вооруженных формирований из населения Советского Союза. Абвер и гестапо использовали весь свой мощный потенциал для подавления партизанской борьбы советского народа. Фашистская агентура на протяжении всей войны внедрялась в партизанские формирования. Все это требовало огромной работы органов государственной безопасности по противодействию спецслужбам противника.

Чекисты формировали партизанские отряды и оставляли их при отступлении Красной Армии на оккупированной противником территории, забрасывали в тыл врага диверсантов и оперативные группы ОМСБОН НКВД СССР. Многие из этих групп по приказу руководства либо исходя из оперативной обстановки становились партизанскими отрядами. За годы войны для выполнения особых заданий в тылу врага только на базе ОМСБОН НКВД-НКГБ СССР было подготовлено 212 специальных отрядов и групп общей численностью 7316 человек. Всего за линию фронта заброшено более 2000 оперативных групп.

Чекисты сыграли значительную роль в организации разведывательно-диверсионной деятельности партизан и подпольщиков на всех ее стадиях — от подготовки и обучения кадров до определения конкретных методов и приемов агентурной работы.

Войсковую разведку проводили разведывательные подразделения партизан (отделения, взводы, роты и даже отряды), предназначенные для получения данных о враге путем захвата пленных, различных документов, образцов военной техники, а также посредством наблюдения и опроса местного населения. Агентурная разведка велась с помощью агентов, которые внедрялись в различные органы, организации и учреждения противника, воинские формирования, на предприятия и транспорт. Непосредственную работу с агентурой вели в большинстве своем сотрудники органов государственной безопасности.

Необходимым условием успешной разведывательной деятельности партизан было наличие развитой и устойчивой системы связи, которая должна была обеспечить быструю и полную доставку полученной и обработанной информации. Для передачи разведывательных данных партизан широко использовались радиосвязь и авиация.

Однако имелись и существенные недостатки. Одним из них было отсутствие у партизанской разведки технического вооружения. Другим определенным недостатком было нарушение принципа строгой конспирации работы разведывательной агентуры. Крупнейшим недостатком также было отсутствие у разведывательных групп и резидентур портативных радиоаппаратов ближнего действия, по которым они могли бы, получая срочные и важные разведывательные сведения, передавать их в штаб отряда или бригады. Еще одним недостатком партизанской разведки явилось то, что она работала главным образом в интересах обеспечения боевых действий партизанских сил. Подавляющее большинство разведорганов недостаточно вело разведку для нужд Красной Армии.

Вместе с тем противнику было трудно досконально изучить разведывательные приемы советских партизан. Это видно из трофейного документа — «Особых распоряжений по борьбе с партизанским движением и шпионажем», изданного разведотделом Главного командования армейской группы 12 июля 1942 года. Судя по нему, гитлеровцы не располагали какими-либо документами, четкими представлениями о нашей разведке, а свалили в общую кучу кое-как собранные данные, пользуясь в основном единственным источником — допросами провалившихся разведчиков либо откровенных предателей.

Центральным органом разведки партизанских сил был разведывательный отдел ЦШПД, который оказывал всестороннюю помощь республиканским и областным штабам партизанского движения. Работающие представители органов государственной безопасности в ЦШПД помогали республиканским и областным штабам партизанского движения в дальнейшем усилении работы разведывательных отделов местных штабов партизанского движения. ЦШПД имел теснейшую связь с 4-м управлением НКВД-НКГБ СССР. Шел постоянный обмен разведывательной информацией, готовились совместные операции и т. д.

В годы Великой Отечественной войны одной из главных задач партизанского движения было нарушение работы транспорта противника, что выражалось в разрушении искусственных сооружений, путей и путевых обустройств, станций, пристаней, крушении поездов, подрывах автомашин и судов. Диверсии на железных дорогах осуществлялись бойцами оперативных групп органов госбезопасности и агентами, работавшими на станциях, крупных железнодорожных узлах, в железнодорожных депо, ремонтных мастерских и т. д.

В основе диверсионной деятельности партизанских формирований лежала боевая работа небольших по своей численности групп подрывников. Располагая взрывчатыми веществами, они выходили к местам предстоящих диверсий, которые определялись Центром с учетом рекомендаций командования Красной Армии. Следует отметить, что партизанские диверсии были одним из самых эффективных и дешевых видов нарушения работы тыла противника, особенно транспорта. Малые потери партизан при производстве крушений поездов и большие потери при этом противника обуславливались нанесением врагу потерь не боем, а с помощью мин замедленного действия, которые взрывались, когда диверсанты находились в недосягаемости, а также пониженной сопротивляемостью войск противника непосредственно после крушения, что давало возможность резко увеличить потери гитлеровцев нападением на них из засад.

Исключительно сильным было моральное воздействие крушений поездов на перевозимые войска, которые на себе испытывали диверсии партизан и видели валяющиеся на обочинах разбитые вагоны. Успешные диверсии партизан на транспорте и в промышленности, особенно если они не затрагивали интересов местного населения, способствовали вовлечению его в активную борьбу с оккупантами. Слова агитации и пропаганды подкреплялись делами.

Успешной деятельности штабов партизанского движения способствовало участие чекистов в их работе. В основной руководящий состав Центрального штаба партизанского движения входили в большинстве своем сотрудники органов государственной безопасности, имеющие опыт организации партизанского движения в первый год войны.

Создание Центрального штаба партизанского движения не в первые месяцы войны, а практически спустя год после ее начала говорит о том, что руководство страны не в полной мере понимало значение партизанской борьбы, хотя декларативно И.В. Сталин призвал к партизанским действиям в своей речи 3 июля 1941 года. Вопросами партизанской борьбы занимались разные ведомства, более того, за руководство в этой сфере стали соперничать нарком внутренних дел Л.П. Берия и первый секретарь ЦК ВКП(б) Белоруссии П.К. Пономаренко. Последний подготовил в декабре 1941 года на имя И.В. Сталина докладную записку, в которой предлагал создать центральный орган управления партизанским движением. Резко против выступил Л.П. Берия, который убедил Верховного Главнокомандующего в том, что органы государственной безопасности способны контролировать обстановку на оккупированной территории. Помимо этого у руководства страны в связи с контрнаступлением Красной Армии под Москвой настрой был гнать противника дальше и дальше, поэтому борьба с этим противником в его тылу, видимо, казалась малоактуальной. Создание 18 января 1942 года 4-го управления НКВД СССР вместо 2-го отдела было связано с тем, что Л.П. Берия намеренно поднял статус оперативного подразделения, которое ведало зафронтовой деятельностью.