Реввоенсовета Республики по руководству Красным Флотом. Здесь он встретился с Василием Михайловичем Альтфатером, с которым уже работал в первые месяцы после Октября, когда Раскольников был комиссаром Морского генерального штаба, а Альтфатер — помощником начальника. В те дни он оценил опыт и знания этого человека, познававшего основы военно-морского дела еще в баталиях русско-японской войны, прошедшего школу штабной работы. Теперь бывшему мичману и бывшему контр-адмиралу предстояло совместно разработать новую структуру управления флотом.

19 декабря 1918 года Совет Народных Комиссаров под председательством Ленина рассмотрел вопрос о реорганизации центральных управлений морского ведомства. Проект, составленный на основе докладов Альтфатера и Раскольникова, был одобрен. Коллегия Наркомата по морским делам упразднялась, а вместо нее создавался Морской отдел Реввоенсовета Республики из двух человек — командующего всеми Морскими Силами Республики Альтфатера и политического комиссара Раскольникова.

Однако управленческими делами в Москве Раскольников занимался недолго — его в срочном порядке направили на Балтийский флот для проведения операции, задуманной председателем РВСР Л. Д. Троцким, которому стало известно, что в Финском заливе в районе Ревеля появились английские военные корабли. Троцкий считал необходимым срочно нанести по ним удар. Причем он настаивал, чтобы Раскольников принял в операции непосредственное участие. Набег на Ревель готовился в спешном порядке, в конечном счете, если не считать кораблей обеспечения, в нем приняли участие лишь два эсминца — «Спартак» и «Автроил». Они вышли в Финский залив, а после полудня 27 декабря всякая радиосвязь с ними была потеряна. Оба корабля не вернулись на базу. В тот же день на заседании Реввоенсовета Республики была создана Особая комиссия для выяснения судьбы посланных кораблей. Уже тогда, что называется по горячим следам, был сделан вывод: «план был недостаточно разработан, вся операция рисуется очень рискованной».

Вскоре от перешедших фронт местных жителей стало известно, что оба эсминца взяты в плен. Но как могло такое случиться — об этом приходилось только гадать. В начале февраля 1919 года в Совнарком неожиданно поступила телеграмма из Лондона от самого Раскольникова, в которой сообщалось, что он захвачен англичанами и содержится как заложник вместе с комиссаром «Автроила» Нынюком. После переговоров, проведенных Советским правительством через нейтральные страны, было достигнуто соглашение, и 27 мая на советско-финляндской границе у станции Белоостров состоялся обмен Раскольникова и Нынюка на 19 попавших в плен английских офицеров.

История неудачного рейда двух эсминцев в район Ревеля достаточно полно раскрыта в опубликованных документах и воспоминаниях очевидцев. Операция осуществлялась без должной подготовки, при крайней нехватке топлива и некомплекте команд. «Спартак», не дождавшись «Автроила», в одиночку ушел к Ревелю, где был встречен пятью легкими английскими крейсерами, каждый из которых превосходил его силой огня. Отстреливаясь, эсминец стал отходить, но напоролся на подводную каменную гряду, обломал лопасти винтов и полностью потерял ход. Окруженный английскими крейсерами, корабль сдался.

В историю военно-морского флота России была вписана далеко не лучшая ее страница. Впрочем, комиссия, расследовавшая обстоятельства провала операции, не предъявила никаких обвинений Раскольникову по поводу сдачи кораблей в плен.

Через две недели после возвращения в Советскую Республику Раскольников назначен командующим Астрахано-Каспийской флотилией в крайне тяжелое для нее время. Весною 1919 года Волга была перерезана неприятелем в нескольких местах и, по образному выражению одного из участников событий, «превратилась прямо в слоеный пирог». Неспокойно было и в самой Астрахани, где размещалась главная база флотилии. В марте белогвардейцы подняли в городе мятеж, попытавшись захватить боевые корабли, но военные моряки подавили его. В мае войска Деникина вышли к Царицыну и на дальние подступы к Астрахани. С другой стороны на город нацелилась отдельная Уральская армия, а с Каспия угрожали корабли вражеского флота. 21 мая в Тюб-Караганском заливе суда противника внезапно напали на группу кораблей флотилии, стоявших на рейде у форта Александровский, и почти всю ее уничтожили. С этого времени начались частые бомбежки Астрахани вражескими самолетами, вылетавшими с острова Чечень, где англичане оборудовали авиабазу.

Ленин был очень обеспокоен положением дел в Астраханском крае. Командированному туда чрезвычайному уполномоченному Совета Труда и Обороны А. И. Рыкову он сообщал: «На днях Раскольников и специальная комиссия выедет в Астрахань для обследования позорно-трусливого или преступного бездействия и поведения. Абсолютно все меры, чтобы не сдать Астрахань, должны быть приняты».

Командующему Морскими Силами Республики Е. А. Беренсу прибывший в Астрахань Раскольников докладывал: «Принял флотилию в расстроенном состоянии… Принимаются все меры для приведения всей флотилии в состояние боевой готовности». И действительно, реорганизация наличных сил была проведена в кратчайшие сроки. По предложению Раскольникова все корабли, действовавшие на Волге и Каспии, приказом Реввоенсовета Республики были объединены в составе образованной Волжско-Каспийской военной флотилии, в которую в августе входило 122 боевых судна, разделенных на пять отрядов. Каждый из них выполнял намеченные командующим флотилией задачи. Особенно тяжелые испытания выпали на долю Верхнеастраханского отряда, оказавшегося в осаде у Черного Яра. Эта группа кораблей под командой бывшего офицера царского флота А. К. Векмана надежно прикрыла Черный Яр артиллерийским огнем, срывая день за днем атаки белогвардейских войск.

Отличился в боях на сухопутном фронте и отряд моряков под командой И. К. Кожанова, который остановил в 20 верстах от Астрахани наступавшие части Уральско-Астраханского корпуса генерала Тетруева, а позже в отчаянной схватке захватил основную базу белоказаков на северном побережье Каспия — село Ганюшкино, где была взята в плен пятитысячная группировка противника со всей артиллерией, шестью гидросамолетами и большими обозами.

Слаженные действия всех сил флотилии, умелое руководство Раскольникова, героизм моряков помогли 11-й армии удержать охваченную эпидемией, испытывающую резкую нехватку продовольствия, медикаментов, боеприпасов, горящую от воздушных бомбежек Астрахань. В эти трудные месяцы непрерывных сражений родилась и окрепла дружба Раскольникова с Сергеем Мироновичем Кировым, возглавлявшим оборону города.

Весной 1920 года, после того как на всем своем протяжении Волга была очищена от белогвардейских войск, почти все корабли Волжско-Каспийской флотилии сосредоточились в Астрахани. Раскольников стал готовиться к выполнению новых задач — на этот раз уже целиком на морском театре действий. Но не забывает он и о своих обязанностях члена Реввоенсовета Республики, о решениях проблем по восстановлению Военно-Морских Сил страны. В РВСР рассмотрена его записка, в которой Раскольников анализирует сложившуюся ситуацию. Он справедливо полагает, что руководители белогвардейского движения, столкнувшись с перспективой ухода из всех портов на Черноморском побережье, либо потопят, либо уведут корабли за границу. В таких условиях базой для воссоздания Военно-Морских Сил страны должен стать Балтийский флот, и на восстановление его следует направить все силы и средства. По рекомендации Раскольникова командующим всеми морскими силами решено было назначить Александра Васильевича Немитца — бывшего контр-адмирала, который летом 1917 года сменил Колчака на