После того как все три канонерские лодки Азовской военной флотилии были выведены противником из строя, темпы продвижения немцев на правом фланге резко увеличились. Как докладывал 15 ноября штаб ЧФ, «противник за день потеснил правый фланг фронта оборонительного района до высоты 164,5. Правый фланг не имел поддержки с моря от кораблей АВФ, так как три канонерских лодки вышли из строя». На левом фланге немцев удавалось сдерживать на линии Митридата.

Продвигаться дальше им мешал огонь монитора «Железняков». Чтобы отогнать монитор от берега, немцы ночью установили полевую батарею на берегу в районе Керченской крепости и открыли огонь прямой наводкой. Подавить батарею не удалось. Монитор получил повреждения, несколько человек из его команды было ранено. Также батарее удалось добиться попаданий в транспорт «Шахтер», осуществлявший эвакуацию с полуострова. На нем тоже были раненые. Пристани Керченского порта уже простреливались минометным и даже пулеметным огнем. Поэтому в основном эвакуация осуществлялась с мыса Еникале, который был менее доступен для вражеского огня и обстреливался только артиллерией.

Контроль над переправой Еникале, ввиду ее особой важности, несколько раз переходил в руки различных ведомств. И флот, и армия хотели иметь ее в своих руках, чтобы вывезти в первую очередь наибольшее количество своих бойцов, техники и материальных ценностей.

Сначала переправу контролировало командование Керченской военно-морской базы, затем отряд моряков вытеснила оперативная группа 51-й армии, возглавляемая батальонным комиссаром Ковелем. Флот обжаловал это решение и добился возвращения контроля над переправой ему. При этом флот захватил контроль и над Керченской переправой, осуществлявшейся с причалов завода им. Войкова, вообще оставив армию без собственных переправ.

Переправу осуществляли пароходы «Енисей», «Чкалов», «Красный моряк», сейнера и плавсостав Азовской и Дунайской флотилий. Всего в ней принимали участие более 150 катеров, боевых кораблей и гражданских судов.

Так как решение об эвакуации, несмотря на отсутствие прямой санкции Ставки, было принято своевременно, эвакуацию удалось провести в практически полном объеме. Артиллерия и большая часть транспорта были вывезены на Таманский полуостров. Орудия крупного калибра заняли свое место в системе обороны Таманского полуострова.

Несмотря на уменьшившуюся поддержку боевых кораблей, постоянно обстреливаемые немецкой артиллерией обескровленные части 51-й армии в течение всего дня продолжали удерживать оборонительный периметр. Прорваться в порт немцы так и не смогли.

К вечеру 15 ноября материальная часть 9-го корпуса была перевезена через пролив, и в ночь на 16 ноября началась эвакуация боевых частей. Отход прикрывали подразделения 106-й стрелковой дивизии, понесшие наименьшие потери. Считается, что последние эшелоны обороняющихся уходили с участка, прикрываемого дивизией, непосредственно с берега пролива и с мыса Еникале, прикрываемые бронекатерами Дунайской военной флотилии. По иронии судьбы эвакуация советских войск из Керчи завершилась в тот же самый день, в который 21 год назад Керчь покинули последние части Белой армии. Но на самом деле эвакуация с Керченского полуострова завершилась значительно позже. Некоторые части прикрытия отошли на север, где корабли Азовской флотилии снимали их до 23 ноября.

Утром 16 ноября западный берег Керченского пролива был занят противником, а на косах Тузла и Чушка заняли позиции части Красной армии. Корабли обеих флотилий несли дежурство у восточного побережья Таманского полуострова, на случай возможных попыток противника форсировать пролив.

В этот же день в штаб войск Крыма пришла телеграмма Шапошникова, утверждающая план вывода артиллерии и другой тяжелой техники с Керченского полуострова, предложенный 13 ноября и отклоненный 14-го. Фактически она санкционировала то, что было уже сделано без формального разрешения Ставки. Однако в самой Ставке, особенно во время последовавших за сдачей Керчи судебных процессов, об этом распоряжении предпочитали не вспоминать.

На следующий день после эвакуации окончательно решилась судьба Дунайской флотилии, которую включили в состав Азовской. Керченская же военно-морская база, как это ни странно, расформирована не была. Она была оставлена «на прежнем штате», а ее штаб развернули в Анапе, включив город в состав базы. Подобное решение Верховного командования говорило всем о том, что борьба за Керчь далеко не окончена. Впрочем, не окончена была не только борьба за город. В Ставке болезненно переживали сдачу Керчи и собирались строго спросить с виновных.

19 ноября директивой Ставки ВГК № 004973 командование войсками Крыма было упразднено, несмотря на то что бои за Крым еще продолжались. Смысл этого демарша был в том, чтобы освободить Левченко от занимаемой должности. Сгоряча той же директивой Левченко был освобожден и от командования 51-й отдельной армией, хотя распоряжений о его назначении командующим армией не было и приказы он подписывал только в качестве командующего войсками Крыма. Впрочем, этим дело не ограничилось, и в конце ноября Левченко за сдачу Керчи отдали под суд. Под суд угодил и представитель Ставки ВГК маршал Кулик.

Командующим 51-й армией был назначен бывший заместитель Левченко по сухопутным войскам генерал-лейтенант Батов, а начальником штаба — генерал майор Шишенин, ранее занимавший должность начштаба войск Крыма. Основная задача армии осталась прежней: «не допустить форсирования противником на плавучих средствах и по льду Керченского пролива и высадки им десантов на Азовском и Черноморском побережьях». Так как от армии, кроме техники и вооружения, практически ничего не осталось, то свежеиспеченному командующему 51-й Отдельной армией предписывалось принять срочные меры по «восстановлению дивизий, понесших потери в Крыму». О простом пополнении этих дивизий речь уже не шла (ЦАМО РФ, ф. 148а, оп. 3763, д. 96, л. 89–91).

Севастопольский оборонительный район непосредственно подчинялся Ставке. Со сдачей Керчи борьба за Крым не прекратилась, она только начиналась. И борьбе этой суждено было продолжаться в течение более двух лет. Но это уже тема других книг.

Несмотря на быстрое ухудшение обстановки в Крыму, центральная печать по-прежнему старалась делать вид, что никакого прорыва советской обороны нет. Тон в официальной оценке обстановки в Крыму традиционно задавала «Красная звезда».

28 октября член Военного совета 51-й армии корпусной комиссар Николаев выступил на ее страницах с большой статьей «Что происходит в Крыму?», в которой доказывал, что ничего страшного на самом деле не происходит.

Николаев напомнил, что немецкое командование уже два раза меняло сроки взятия Крыма: «в последние дни даже официальные пропагандисты все чаще поговаривают, что кампания затянется», и попробовал рассказать о развитии событий за последний месяц.

Единственным реальным фактом, приведенным корпусным комиссаром, был тот, что первое немецкое наступление началось 24 сентября. По словам Николаева, в нем приняли участие 60 танков, а основным методом ведения боевых действий явились «психические атаки». Их он описал особенно красочно: «Пьяные эсэсовцы шли в полный рост с диким улюлюканьем и беспорядочной стрельбой». При этом Николаев совершенно серьезно называл этот придуманный им способ боя одной из основных причин неудач советских войск: «Во время этого наступления многие наши бойцы еще не успели получить настоящего боевого крещения. „Психические атаки“ немцев явились для них своего рода новинкой».