западных славян продолжал один только Мефодий с группою своих ближайших сотрудников. С этого же года специальной буллой римского папы Адриана (867–872) славянский язык впервые был санкционирован для западных славян в качестве языка культа. Одновременно с этим, по представлению Коцела и личному докладу Мефодия, римской курией была восстановлена в Среме епископская кафедра, упразднённая в 582 г., когда Срем был захвачен аварами. Карл Великий, освободив Паннонию от аваров, включил эту кафедру в состав солноградского архиепископства, т. е. подчинил её ведению франкского церковного управления. Вместе с восстановлением сремской кафедры создавался церковный центр обширной паннонско-моравской области; другими словами, Великоморавия получала собственное, независимое от немецкого духовенства церковное управление во главе с Мефодием, в качестве епископа, и с подчинением его непосредственно римской курии. Таким путём упрочивалось политическое положение Великоморавии, которая в борьбе с франками становилась тем самым под протекторат Рима.

Как и следовало ожидать, создание независимой славянской церкви на границе баварской державы вызвало протест со стороны баварского епископа. Пасауское епископство питало виды на Моравию, а солноградское архиепископство — на Паннонию. Эти «виды» разгорелись ещё больше с тех пор, когда из рук баварского епископата уплыли столь лакомые куски, как Моравия с Паннонией. Пока был жив Коцел, он ревностно поддерживал Мефодия в его организационной работе. Но после его смерти, около 874 г., положение вещей изменилось к худшему. Часть Нижней Паннонии, простиравшейся вплоть до Блатенского озера, с городом Петовией (слав. Птуй), как центром, отходила к сыну Карломана Арнульфу как Дудлебское графство, в связи с чем эта часть паннонско-моравской епархии отходила в ведение солноградского архиепископа. Что же касается верхней и восточной Паннонии, то после смерти Коцела эти области отошли в ведение князя Нитры Святополка (871–894), который в союзе с Карломаном баварским сверг с Великоморавского престола своего дядю Ростислава и осенью 870 г. выдал его франкам, где он был ослеплен и осужден на пожизненное заключение в монастырь. Однако уже в 871 г. Святополк изменил франкам и, нанеся им поражение, завладел Моравией и утвердился на Великоморавском престоле, признав верховную власть франков. Это, впрочем, не спасло его от мести франков. В том же 871 г. он был арестован франками, увезён из Моравии в г. Регенсбург и предан суду, а франки в это время, захватив Моравию, предавали страну опустошению, чем вызвали восстание мораван против немецкой оккупации. Регенсбургский суд оправдал Святополка, и баварское правительство поручило ему усмирение восставшего народа, пообещав в награду за это вернуть ему его прежние княжеские права. Но Свято-полк, явившись в Моравию, стал на сторону восставших, разбил немцев и затем в течение ряда лет, вплоть до 874 г., вёл с ними в союзе с чехами и полабскими славянами войну, в результате чего, по миру, заключённому с немцами в 874 г. в Форхгейме, был признан независимым князем Моравии.

В правление Святополка Моравия достигает значительных успехов, и имя Святополка приобретает широкую популярность не только в Моравии, но и за её пределами у всех соседних славянских народов. Вторая половина правления Святополка проходит в атмосфере обостренных отношений с немцами, которые несколько раз опустошают Моравию в ответ на опустошительные вторжения Святополка во владения Арнульфа (Нижняя Паннония). Кроме того, правление Святополка отмечено появлением на территории Моравии большого числа немецких колонистов и усилением немецкого влияния. Возможно, что в связи с этою «немецкой» политикой Святополка стоит и его поддержка латинского духовенства, а в связи с этим и неприязненные отношения к Мефодию, который не пользовался его поддержкой и был предоставлен моравским князем собственным силам в обострившейся борьбе с латинским (немецким) духовенством и его притязаниями на моравскую епархию.

Против беззащитного старика Мефодия поднялась ожесточённая травля со стороны латинского духовенства, и в конце концов без всяких оснований он был арестован немецкими епископами и сослан в Свабы, где провёл в заключении 2,5 года в тяжёлой обстановке всевозможных лишений и истязаний. Святополк оставался безучастным к судьбе Мефодия. Попытки Мефодия лично связаться с Римом парализовались его врагами, и только случайно узнав из сообщения какого-то Лазаря (предположительно — ученика Мефодия) о судьбе, постигшей Мефодия, папа Иоанн VIII привлёк к ответственности епископов, учинивших своевольную расправу над Мефодием. Благодаря вмешательству папы Мефодий был освобожден из заключения, доставлен в Моравию к Святополку, и с этого времени начинается его широкая организационная работа в Моравии и за её пределами. В 874 г., по сообщению чешского летописца Козьмы, Мефодий обратил в христианство чешского (богемского) князя Боривоя и его жену Людмилу. К этому же времени относятся сношения Мефодия с каким-то повислянским князем-язычником, который «силен вельмн, седя в Висле, ругдшеся хрнстндном и пакости деяше».

Между тем преследования Мефодия со стороны франков не прекращались. Они обвиняли теперь Мефодия в ереси, а также в совершении богослужения на славянском языке. Они сфабриковали подложное письмо от папы, требовавшее отстранения Мефодия от дел, но Мефодий настойчиво продолжал свою деятельность, а в 880 г. после поездки в Рим и личного доклада папе по возбуждённым против него клеветническим обвинениям папа Иоанн VIII утвердил Мефодия в должности архиепископа Моравского и вновь санкционировал славянский язык как язык культа для славян, о чём в специальном послании папа ставил в известность Святополка. Святополк, однако, и после этого продолжал занимать враждебные позиции против Мефодия, что сказалось, в частности, в его выдвижении на должность нитранского епископа некоего Вихинга, злейшего врага Мефодия и славянского культа. Опираясь на Святополка и сильную немецкую партию, Вихинг с момента своего назначения на пост нитранского епископа, вместо сотрудничества с Мефодием, повёл против него ожесточённую клеветническую кампанию. После смерти в 882 г. доброжелательно настроенного к Мефодию папы Ионна VIII Мефодий предпринял трудное путешествие в Константинополь, где имел встречу с императором Василием (867–886). Предполагают, что во время этой поездки он имел встречу также и с болгарским князем Борисом и в обоих случаях знакомил своих собеседников со славянскими книгами, что отвечало интересам вновь присоединённой тогда к Византии болгарской церкви. Имеется также предположение, высказываемое на основании одного из источников (болгарская легенда), о том, что крещение болгарского князя Бориса было произведено Мефодием. В это же время славянские книги проникли и к хорватам, ближайшим соседям паннонских славян, и быстро приобрели здесь широкую популярность.

Последние годы своей жизни в Моравии Мефодий был занят главным образом широкой литературно-переводческой работой. Умер Мефодий 6 апреля 885 г., назначив накануне смерти своим преемником одного из ближайших своих учеников и сотрудников