Тогда великий князь и митрополит созвали в Москве собор из епископов, архимандритов, игуменов и других духовных лиц. Собору доложены были все обстоятельства явления мощей преподобного Макария, рассмотрена его святая жизнь и чудотворение как при жизни, так и по смерти, от его мощей. Собор постановил причислить преподобного Макария Колязинского к лику святых и установил местное празднование ему в день кончины 17 марта и открытие мощей 26 мая.

Нетленные мощи преподобного Макария вскоре из временной палатки перенесены были в старую деревянную церковь, а потом переложены в новую дубовую раку и торжественно поставлены открыто на правой стороне новой каменной церкви, построенной купцом Боронковым.

В Колязинском монастыре на обретение мощей стали петь службу, составленную Феодосием Тверитянином. Простота жизни Макария смущала некоторых и при его жизни, и заставляла сомневаться в святости его даже после открытия его мощей. Так, уже спустя десять лет по открытии мощей Макария, вельможный инок, старец Вассиан Патрикеев с укоризной говорил о простоте жизни Макария и называл его «мужиком сельским». Но митрополит Даниил на соборе заметил Вассиану, что если захочешь судить святых, так осудишь многих и в числе пророков, и Апостолов, и архиереев, и праведных, и преподобных; для Бога в деле святости важно не телесное, наружное благородие, а духовное, внутреннее315. На московском церковном соборе 1647 г. установлено было «петь и праздновать повсюду» в числе других и преподобному Макарию Колязинскому, причем он помещен в числе «великих чудотворцев»316.

При открытии мощей преподобного Макария было записано иноками Колязинского монастыря четырнадцать чудес. Приведем некоторые из них.

В странноприимнице или Богадельне монастырской жил убогий человек, по имени Иоанн: у него иссохли ноги, как дерево, и скорчились; он целых двенадцать лет только ползал, опираясь руками на маленькую клюку. Увидев однажды, что у гроба преподобного священники служат молебствие, с трудом подполз к ним и просил помолиться о нем Господу и Его угоднику. Священники, окропив его святою водою и открыв раку, хотели приподнять страдальца, чтобы он мог приложиться к святым мощам, но в это самое время ноги его выпрямились, он встал сам и смог приложиться к святым мощам, к изумлению и ужасу всех. С тех пор он стал совсем здоров.

Диакон Колязинского монастыря, по имени Андрей, долго страдавший от сильнейшей боли в костях, принесен был к мощам преподобного, и когда с верою приложился к ним, немедленно получил исцеление.

И другие лица получили исцеление от различных болезней: два монастырских крестьянина от умопомрачения; у одного странника, имевшего на правой руке три пальца пригнутыми и приросшие к ладони, скорченная рука разогнулась, когда он с молитвой прикоснулся ко гробу чудотворца. Одна женщина страдала опухолью, отеком всего тела, другая продолжительною глухотою и обе получили исцеление после усердной молитвы угоднику Божию. Некто юноша Григорий, неподвижно лежавший десять лет в расслаблении, был принесен на одре и положен при гробе преподобного; с умилением он смотрел на раку, плакал и молился об исцелении. Мало-помалу он стал чувствовать, что его ноги и руки начинают двигаться; собравшись с силами он встал с одра, чтобы припасть к святым мощам. Принесшие больного вместе с исцелившимся прославили Бога и Его угодника.

Однажды пришел в обитель некий человек, по имени Лаврентий, и рассказывал, что он два года страдал болезнью в ноге, а, когда дал обещание постричься в Колязином монастыре, то получил исцеление. Когда он шел в монастырь, то на него напали разбойники; израненный, он повернул в Москву. Здесь постигла его слепота. В недоумении и отчаянии он вспомнил о своем обещании постричься в обители Макария и – прозрел. Теперь он пришел в монастырь исполнить свое обещание.

Один знатный человек боярского рода, по имени Иоанн, пришел в Колязин монастырь и был встречен игуменом с подобающею честью. При возвращении домой игумен благословил богомольца иконою преподобного Макария. Боярин дома много рассказывал о чудесах преподобного. В числе его людей был расслабленный, Феодор по имени, шесть лет лежавший в постели без движения. Благочестивый господин его принес к нему икону преподобного и велел служить молебен с водосвятием. Когда больного окропили святою водою, он встал с постели здоровым к удивлению и утешению всех окружающих.

Некто Онуфрий, бесноватый, привезенный с трудом из Новгорода, никак не хотел приблизиться к раке чудотворца и произносил хульные речи, так что его родственники хотели уже везти его обратно и некоторые дерзнули даже укорять преподобного, что он не может исцелить больного. Напоследок, однако, они решились силою подвести его к чудотворной раке. Как только бесноватый коснулся раки, то с воплем упал на землю с пеною у рта; присутствовавшие думали, что он уже умирает, и окропили его святою водою. Но страдалец внезапно очнулся и стал с полным сознанием спрашивать, где он находится. Получив ответ, он благоговейно облобызал мощи преподобного, вознес благодарственную горячую молитву и, подав милостыню в обители, здоровым возвратился на родину.

Особенно много исцелений получили больные из соседних городов, где слава Макария распространялась как при жизни его, так и по смерти. Так получили исцеление Кашинские жители: инок Варсонофий, бывший архимандрит монастыря Димитриевского317, а теперь оставшийся до конца жизни в Колязинском монастыре; Кашинская инокиня Мария, долго страдавшая ногами; дьячёк обители Макариевой, по имени Тимофей, заболевший расслаблением в городе Дмитрове, и, наконец, другой инок по имени Симеон, внезапно заболевший на Волге тяжкою болезнью.

Предсмертные слова преподобного Макария оправдались: оставленная им обитель не оскудела, а распространилась: ее посещали Московские цари и делали в нее богатые вклады. Так в 1553 г. царь Иван Васильевич Грозный посетил обитель и пожаловал ей село Городище со всеми пустошами и 28 деревнями. В 1599 г. приезжал в Колязинский монастырь царь Борис Федорович Годунов с супругой и детьми, чтобы помолиться и испросить благословение угодника Божия на предполагавшийся брак царевны Ксении с датским принцем Иоанном. Посетители принесли в дар преподобному Макарию великолепную серебряную раку, в которую в их присутствии переложены были мощи угодника.

В смутное время самозванцев и царя Василия Ивановича Шуйского Колязин монастырь сделался средоточием важных событий и испытал великие бедствия. В 1609 г. находилась в монастыре главная квартира знаменитого вождя русских войск князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского, который 14 августа нанес здесь жестокое поражение Яну Сапеге с другими польскими вождями и русскими ворами или изменниками. Но в 1610 г. монастырь постигло тяжкое бедствие;