В июне 2004 года при условии, что им будут обеспечены меры защиты, дать показания на процессе по делу Лимая согласились двое свидетелей. Когда один из защищаемых свидетелей, которого условно называли В2, шел по улице маленькой косовской деревни Штиме, к нему подошел Башким Бекай. Бекай подстерег свидетеля В2 возле ресторана и обвинил его в том, что тот отправил в тюрьму его дядю, Исака Муслиу. Ссора привлекла внимание прохожих. Свидетель В2 вошел в дом Бекая, и отец Башкима, Бека Бекай извинился за поведение сына. Бека Бекай сказал свидетелю В2, что Муслиу шесть раз звонил им из Гааги и требовал, чтобы они отомстили за его арест.[51]

В начале сентября 2004 года, за два месяца до начала процесса по делу Лимая и других обвиняемых, Бека Бекая обратился к родственнику другого защищаемого свидетеля, В1. Этот свидетель подвергался пыткам и дважды чуть не был убит. Во время резни погиб его отец. Бекай просил передать свидетелю В1 сообщение о том, что Исак Муслиу готов подарить ему землю, если тот откажется от показаний, данных во время следствия. 27 сентября 2004 года Бека Бекай дважды просил родственника свидетеля В1 передать, что он выступает от имени Фатмира Лимая и Исака Муслиу, и что они хотят, чтобы свидетель отказался от своих показаний и срочно вернулся в Косово для переговоров с адвокатами Лимая. 6 октября 2004 года полиция перехватила телефонный разговор, во время которого Бекай просил В1 «приехать и сделать для нас одно заявление… приехать и сказать, что вы ничего не знаете о Фатмире Лимае и Исаке [Муслиу]». Во время этой беседы Бекай признался, что разговаривал с братом Фатмира Лимая, Демиром Лимаем. Бекай просил свидетеля В1 встретиться с адвокатами Лимая и Муслиу в Приштине и уверял, что с ним ничего не случится. Во время другого разговора, перехваченного 13 октября 2004 года, Бекай снова просил свидетеля В1 срочно вернуться в Косово и встретиться с адвокатами и братом Лимая, чтобы сделать заявление об отказе от показаний.

Защищать свидетелей в тех регионах, где не господствует закон, очень сложно. Судебная палата признала Бекая виновным в неподчинении суду, но только по тем случаям, которые были подтверждены телефонными перехватами. Каков был приговор? Четыре месяца тюрьмы. В стране, где сербы когда-то месяцами удерживали албанцев в заключении, а свидетелей по уголовным делам расстреливают прямо на улице, трудно кого-то напугать судебным преследованием. Во время процесса Лимая свидетели обвинения не раз говорили прокурорам о том, что им угрожают. Кому-то присылали письма с угрозами. Другим звонили. Третьи слышали во дворе собственных домов автоматные очереди. Некоторые свидетели сообщали о том, что местные полицейские следят за их домами и детьми. Один человек заметил на лице своей жены красную точку лазерного прицела. Юристы прокурорской службы постоянно ездили в Косово с вооруженной охраной. Они приходили домой к потенциальным свидетелям и пытались убедить их дать показания. Юристы старались уговорить местных лидеров. Они говорили, что, если лидеры сделают шаг вперед, то за ними последуют и остальные, и тогда на их родине воцарится диктатура закона. Но как только один из свидетелей дал показания, его машину обстреляли из автоматов, а потом он сам и его 14-летний сын таинственным образом исчезли. Машина другого свидетеля взлетела на воздух, а сам он лишился ноги. Позже трибуналу удалось перевезти его в третью страну.

13 ноября 2005 года судебная палата оправдала Фатмира Лимая и Исака Муслиу и признала третьего обвиняемого, Харадина Балу, виновным в пытках, жестоком отношении и убийстве. Объясняя оправдание Лимая, судьи заметили, что показания, данные в зале суда рядом бывших членов АОК, вызванных в качестве свидетелей обвинения, разительным образом отличались от их же показаний, данных в ходе следствия. Судьи постановили, что за семь лет, прошедших с момента инцидентов, описываемых в обвинительном заключении, свидетели могли многое забыть. По мнению судей, изменение их показаний было связано с тем, что во время суда им задавали вопросы, которые отличались от вопросов, заданных во время следствия. Судьи отметили также, что некоторые свидетели объяснили расхождение в показаниях. В то же время суд был готов принять возможность того, что ряд расхождений останется без объяснений:

Иногда, принимая во внимание поведение свидетелей и данные ими разъяснения различий, судебной палате ясно, что устные показания некоторых из них были сознательно изменены, и это сделало их менее благоприятными для обвинения, чем раньше. После выслушивания показаний бывших членов АОК у судебной палаты сложилось твердое убеждение в том, что на них явно повлияло сильное чувство причастности к АОК в целом… Похоже, что подавляющая лояльность повлияла на готовность ряда свидетелей сообщить суду правду по определенным вопросам. Невозможно оспаривать то, что понятия чести и другие групповые ценности играют важную роль в жизни свидетелей албанского происхождения в Косово.

В подкрепление своих оценок судьи даже привели выдержку из доклада эксперта:

Албанское представление о чести управляет всеми отношениями, выходящими за границы кровного родства… Солидарность с теми, кто обладает той же «кровью», воспринимается как должное, но верность группе или делу, выходящему за пределы семейных, является ритуальной. Честь понимается как идеальная модель поведения. Честь для мужчины — это способность защитить цельность своей семьи или более широкой референтной группы (клана или политической партии) от нападений извне… [Клятва верности, или besa] требует абсолютной верности и полного подчинения семейным и групповым ценностям в целом. В то же время считается совершенно нормальным убить тех членов группы, которые нарушат этот кодекс чести… Однако… члены группы могут предпочесть [sic!] ненасильственный путь. Реакция на конфликт, оскорбление, предательство или иные нарушения групповых норм зависит от того, как члены группы истолкуют данные факты. Такая реакция может сильно разниться.

Судьи обратили внимание на то, что значительное количество свидетелей просили обеспечить им защиту на суде и проявляли беспокойство за собственную жизнь и жизнь членов своих семей. Тем не менее судебная палата сумела добиться прежних показаний от двух свидетелей, бывших членов АОК, Шукри Буя и Рамадана Бехлули. Оба признали, что Фатмир Лимай на момент совершения преступлений, перечисленных в обвинительном заключении, был командиром. Впрочем, во время суда оба свидетеля заявили, что показания, данные во время предварительных бесед со следователями обвинения, были ошибочными. Оба они на суде утверждали, что Фатмир Лимай принял командование позже того срока, который они назвали на предварительном следствии. Обстоятельства и характер показаний этих людей позволяют предположить, что такая частичная «забывчивость» явилась результатом того, что можно назвать чувством верности свидетелей АОК в целом и Фатмиру Лимаю в частности. В результате оснований для обвинения по данному делу не осталось. Обвинение было вынуждено заявить, что судебная палата не должна доверять показаниям, данным этими свидетелями в суде, а принять их ранние показания, данные во время бесед со следователями обвинения. Судебная палата заявила, что не может быть убеждена в истинности и надежности более ранних показаний, поскольку на суде каждый из двух свидетелей их опроверг. Единственное, чего удалось добиться обвинению, это нейтрализации показаний Шукри Буя и Рамадана Бехлули относительно командной роли Лимая.