Чем была вызвана эта перестройка, Иван Антонович знал из газет. В августе прошла спешно организованная сессия ВАСХНИЛ — Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук им. Ленина. Инициировал внеочередную сессию её президент Трофим Денисович Лысенко. Его доклад «О положении в сельскохозяйственной науке» вызвал возмущение учёных, но Сталин поддержал Лысенко. Генетики — последователи Николая Ивановича Вавилова — были переведены в разряд «вредителей». Раздавались призывы изгнать из науки всех представителей лженауки — генетики. Под косу попадали все несогласные с «народным академиком».

После сессии ВАСХНИЛ последовало расширенное заседание президиума Академии наук, где обсуждалась работа биоотделения. Неожиданные изменения должны были коснуться и ПИНа. Президиум постановил: институтам ОБН пересмотреть направления научно-исследовательской работы, исключить из планов все «антинаучные» темы. Многие лаборатории и даже целые институты закрывались, сотрудники попадали под репрессии или просто оставались без работы.

Ефремов представлял, что должны переживать работники ПИНа. Орлов не мог написать коллеге деталей: в письме обо всём не напишешь. Вернее, не обо всём напишешь…

«Экспедиция моя возвратилась с победой, — писал он в ноябре Быстрову, — более 50 тонн первоклассных находок уже лежат в институте и на складе, но должен признаться, у меня нет совсем настроения победителя. Более того, нахожусь в какой-то глубокой печали, жаль как-то всех моих друзей, и нет энергии на развязывание завязавшихся за время моего отсутствия узелков…

Тому причиной, я думаю, обычная встреча с цивилизацией и со всеми её оборотными сторонами после великого простора и покоя безлюдных пустынь, после долгой борьбы с природой, с ясными целями и очень определёнными задачами… Кроме того, пожалуй, усталость и некоторое разочарование в дальнейшем научном пути, неизбежное после того, как посмотрел своими глазами реальную обстановку».[193]

В «Дороге ветров» он рисует картину эволюции жизни на Земле и, имея в виду опыты Лысенко, пишет: «Убогими и наивными кажутся перед этой величественной картиной религиозные легенды о мгновенном сотворении человека и животных. Однако не менее наивны и предположения современных «учёных»-метафизиков о быстром, внезапном появлении разных видов, возникающих по мановению ока из совершенно других организмов».

Ивана Антоновича продолжают тревожить боли в сердце и невралгия правой руки. Пока он был в Монголии, умерла Варвара Александровна, его мать. Уход родного человека заставлял думать о том, насколько краток срок, отпущенный людям на Земле.

Он занимается отчётами, пишет научные статьи, разбирает материалы — и практически сразу начинает подготовку к новой экспедиции. Решение о ней затягивается, но Ефремову не к кому обратиться за поддержкой: в президиуме Академии наук всё новые лица, им неизвестна предыстория вопроса, практических шансов на поддержку нет. К тому же вышло распоряжение Совмина о запрещении увеличения научных штатов в 1949 году, значит, новых сотрудников в экспедицию пригласить не получится.

1 декабря 1948 года Президиум АН СССР заслушал вопрос о научной деятельности, состоянии и подготовке кадров ПИНа. В постановлении отмечался основной недостаток его деятельности — низкий уровень теоретических работ, связанный с терпимостью по отношению к теоретическим разработкам западных палеонтологов, и отсутствие борьбы за развитие советского дарвинизма. (Реплика насчёт западных палеонтологов напрямую относилась к Ефремову, который ещё с довоенных времён вёл переписку с зарубежными учёными.) Пересмотреть теоретическую направленность работ и годовые планы! Перекроить распределение сотрудников между отделами и лабораториями!

31 марта 1949 года был арестован А. Г. Вологдин, недолгое время бывший директором ПИНа, а потом заведовавший лабораторией древних организмов. Даже звание члена-корреспондента Академии наук не спасло. Осуждён на 25 лет лагерей, отправлен на Колыму.

Положение дел в институте при проверках, подкручивании гаек и выискивании антинаучных тем было таково, что Иван Антонович не знал, каким он застанет ПИН по возвращении из новой экспедиции. Да, ощущение полной неустойчивости не способствует целеустремлённости в полевой работе. Только долг перед наукой — тот самый долг — заставлял его во многом автоматически вести уже отлаженный механизм подготовки к экспедиции.

Его не утешало даже то, что вот-вот должна была выйти из типографии долгожданная «Тафономия»: слишком неприятными были воспоминания о волоките с редактурой, слишком затянутым оказался процесс издания.

Мысли возвращались к дому. С наступлением лета Елена Дометьевна, взяв с собой Аллана и несколько сотрудников ПИНа, должна была отправиться в экспедицию по местам, где Иван Антонович путешествовал 22 года назад. Кажется, не два десятилетия, а два столетия миновало с тех пор! Шарженьга, Анданга, Ветлуга. Деревни Вахнево, Зубовское, Большая Слудка — знакомые местонахождения. Иван Антонович подробно описал жене, как найти обнажения, наказал найти дома, где он останавливался, передать привет хозяевам, сфотографировать, как выглядят эти места сейчас. Как далеко он сейчас от Русского Севера!

Воздух над майским Улан-Батором был наполнен запахом свежей полыни. Гоби звала в дорогу, но Ефремов, отправив вперёд отряд Рождественского, был вынужден задержаться. При перелёте из жаркой Москвы через холодную Сибирь пришлось приземляться для дозаправки, и разница температур сказалась прострелом в пояснице.

Состав научных сотрудников и рабочих в основном был тот же самый: люди, несмотря на труднейшие условия, хотели работать под руководством Ефремова.

Новым человеком в экспедиции был кинооператор Н. Л. Прозоровский, который снимал фильм о работе палеонтологов.

21 июня отряд из трёх машин под предводительством Ивана Антоновича выступил на запад. Экспедиция должна была дойти до озёр Хиргиснур и Хара-усу, что на самом западе Монголии, попутно исследуя местность и проверяя данные геологов. Выяснив самое перспективное местонахождение, исследовать его более детально.

За два предыдущих года экспедиции ещё не приходилось проезжать по северным склонам Хангайских гор, и внимание Ефремова обострено. Свежим взглядом он смотрит на природу, характер местности, растительность и животных. Делая записи, он постоянно отмечает, как переводятся на русский язык монгольские названия, и они очаровывают, как свежая мелодия: «Белый брод», «Вихревая Гоби», «Эфедровая котловина», «Милостивый Богатырь»… Не раз приходят ему на память картины Рериха с их ясными линиями, чистотой и силой красок.

В 1948 году в предгорьях Хангая начала работу советская археологическая экспедиция в Монголии. В 1949 году работы продолжились. Велись раскопки средневековой столицы Каракорума и Хар-Балгаса — древней столицы Уйгурского каганата. Руководил археологами Сергей Владимирович Киселёв — энергичный и лёгкий на подъём человек, на три года старше Ивана Антоновича. Его неизменным помощником и заместителем была Лидия Алексеевна Евтюхова.