В мае 1897 г. скончался Мораис, а вскоре после него умер и президент совета попечителей Джозеф Блюменталь. Исполняющим обязанности президента стал Адольфус С. Соломоне, известный житель Вашингтона, который почти все свое время проводил в Нью-Йорке. Именно Соломоне привлек внимание Шиффа к необходимости укрепить семинарию. Поскольку до тех пор семинарию поддерживала ассоциация, основанная на добровольных взносах и подписках, а управлял ею совет попечителей, состав которого менялся произвольно, решено было учредить корпорацию и своего рода трастовый фонд, который разумно распоряжался бы средствами. Поэтому в 1901 г., после переписки, дома у Шиффа состоялось совещание, на котором он предложил учредить постоянный фонд для пожертвований и внес туда первый взнос в размере 100 тыс. долларов. Леонард Девисон предложил выделить на те же цели 50 тыс. долларов. Мейер Салзбергер предложил подарить семинарии свою библиотеку. На следующий день Даниэл Гуггенхайм и его братья дали в фонд 50 тыс. долларов. С таким ядром вновь основанная корпорация почувствовала себя достаточно сильной, чтобы предложить слияние предыдущей ассоциации. Так возникла нынешняя Еврейская теологическая семинария Америки.

Реорганизация учебного заведения заняла несколько лет. В числе прочего попечители пригласили деканом Соломона Шехтера, тогда преподавателя средневекового варианта древнееврейского языка в Кембриджском университете в Англии. Шехтер был блестящим ученым и выдающейся личностью, и создатели семинарии возлагали на него большие надежды. В 1899 г. Шифф предложил выделить особые средства с целью привлечения на работу Шехтера. Последний прибыл в Нью-Йорк весной 1902 г.; в его честь Шифф устроил у себя дома торжественный прием. Между ними возникли прочные узы дружбы и привязанности, что не мешало им часто спорить, поскольку оба привыкли откровенно выражать свои взгляды.

Сделав первый дар, Шифф предпринимал другие шаги, доказывающие его внимание к учреждению, с которым он был неразрывно связан, так как его выбрали «пожизненным директором». Он купил участок на Сто двадцать третьей улице, и там за его счет построили здание. Он счел необходимым увеличить ассигнования до 500 тыс. долларов и лично предложил добавить 175 тыс. долларов, которых не хватало до нужной суммы, при условии, что данную сумму можно будет собрать в оговоренный им срок. Сумма была собрана.

Он не ограничивался тем, что предоставлял средства, но постоянно поощрял и стимулировал тех, кто был занят реорганизацией семинарии. Постройка здания требовала его пристального внимания. В переписке с архитектором он призывал не экономить, написав: «Не желаю ничего делать наполовину».

О его почтении к ученым свидетельствует история с приобретением книг и рукописей д-ра Моритца Штейншнейдера в 1898 г. Шифф понял, что Штейншнейдеру, которому шел 83-й год, можно было бы жить гораздо комфортнее при наличии постоянного дохода. Поэтому он договорился купить у Штейншнейдера библиотеку на том условии, что последний будет по-прежнему владеть ею при жизни, а он, Шифф, вступит во владение библиотекой после его смерти. Обсуждая подробности сделки, Шифф 5 октября 1898 г. писал Штейншней-деру: «Поскольку все мы в руках Божиих и может статься, что Вы переживете меня, я предпочел бы решить вопрос как можно скорее».

Он позаботился о следующем условии: какая бы библиотека ни получила собрание книг Штейншнейдера, она должна называться «Коллекцией Штейншнейдера». Именно в таком виде коллекция сейчас входит в библиотеку Еврейской теологической семинарии. В 1914 г. Шифф договорился о покупке большой библиотеки барона Гюнцбурга из Санкт-Петербурга, но начало войны помешало доставке книг, и позже они попали в другие руки.

На свое семидесятилетие, 10 января 1917 г., Шифф раздал ряд щедрых денежных пожертвований. Среди них был дар в 100 тыс. долларов Еврейской теологической семинарии. В то время Шифф писал: «Хотя я предпочел особо не оговаривать этот взнос, должен заявить, что в первую очередь мною двигало желание предоставить семинарии возможность платить сравнительно разумное жалованье профессорско-преподавательскому составу».

Он заботился не только о благосостоянии семинарии в целом: он высоко ценил тех, кто там работал, а с некоторыми преподавателями завязал тесные дружеские отношения. Его очень привлекал Когут и та задача, которую он возложил на себя: редакция и издание современной версии «Аруха», лексикона Талмуда, созданного Натаном бен-Иехиэлем Римским в XI в. Этот труд Когут расширил до шести томов, дополнив его современным филологическим аппаратом. В своей автобиографии «Мое приданое» Ребекка Когут вспоминает много любопытных случаев, связанных с трудом ее выдающегося мужа. Помимо материальной помощи, Шифф оказывал Когуту, упорно работавшему несмотря на нездоровье и многочисленные дела, большую моральную поддержку. В 1889 г., когда рукопись была завершена, устроили трехдневный праздник. На третий день в доме Когута собрались друзья. Среди прочих речь произнес и Шифф. Он не только дал деньги на публикацию, но и стал казначеем фонда и лично собирал средства по подписке.

Шифф и Шехтер часто ходили друг к другу в гости и вели дискуссии по многим вопросам. Вопреки обыкновению, Шифф в 1910 г. согласился принять посвящение на двухтомном труде Шехтера о еврейских сектантах.

Он поздравил Шехтера с получением степени доктора литературы в Гарвардском университете; в том же письме он пишет о других интересных вопросах:

«Кёнигштайн/Таунус, 28 июня 1911 г.

Дорогой доктор Шехтер!

Получил Ваше письмо от 7 июня и рад узнать, что Гарвард присвоил Вам степень доктора литературы. В данном случае честь оказана и получателю, и подателю, и я особенно рад, что Вы стали доктором именно в Гарварде, потому что, как Вы прекрасно знаете, Гарвардский университет особенно близок мне, и я согласился стать председателем его Семитской комиссии.

В прошлое воскресенье, когда мы проезжали через Мюнхен, я показал Ваше письмо моему зятю, Джеймсу Лёбу. Он очень рад той чести, какую оказала Вам его альма-матер, как и мой брат Филипп, которого мы встретили здесь вчера и который также хранит о Вас самые теплые воспоминания…

Около трех недель назад, находясь в Берлине, я провел несколько совещаний по еврейским делам с друзьями; осенью, когда мы снова встретимся, если Богу будет угодно, я расскажу Вам о них подробнее. Меня удостоил аудиенции кайзер, что было весьма интересно; во время беседы мы коснулись многих вопросов; осенью я и об этом расскажу Вам подробнее…

Искренне Ваш,

Джейкоб Г. Шифф».

Шифф всегда заботился о благосостоянии студентов; почти с самого начала существования Еврейской теологической семинарии по его инициативе был создан внушительный ссудный фонд. Ирвинг Леман, тогда молодой адвокат, а теперь судья апелляционного суда в Олбани, стал самым молодым членом совета директоров, и Шифф вызвался передать фонд в руки Лемана, если тот представит ему четкий план по использованию средств на благо студентов.

Его интерес к семинарии проявлялся во многих мелочах. Он часто приезжал туда с визитами. Кроме того, он с готовностью поддержал традицию домашних ужинов, которую ввел Шехтер в надежде, что когда-нибудь у семинарии появится общежитие и студенты и даже преподаватели будут, по английской университетской традиции, питаться «в общем зале». Шифф всегда присутствовал на церемониях присвоения ученых степеней и вручения дипломов, кроме тех случаев, когда находился за границей, и время от времени произносил речи. Хотя дипломы обычно вручались в июне, когда Шифф с семьей переезжал в Си-Брайт, он, даже будучи в преклонном возрасте, ехал в Нью-Йорк и возвращался обратно в ту же ночь. Встречи совета директоров проводились у него дома, за большим столом в его кабинете, который был свидетелем многих важных встреч, посвященных филантропии и образованию. Своих гостей он всегда принимал очень радушно и окружал удобствами.