Бабкин начал знакомиться с личными делами сотрудников и был потрясён своим открытием: «При проверке выяснилась засорённость и концентрация большого количества лиц, скомпрометированных в политическом отношении».

15 научных сотрудников, по мнению Бабкина, представляют особую опасность. Среди них: «№ 11. Зельдович Яков Борисович 1914 г. рождения, нач. теоретического отдела. Родители его матери и сестра матери живут в Париже. Сестра отца, Фрумкина Р. Н., в 1936 г. арестована. В настоящее время Зельдович категорически отказывается работать в институте и добился зачисления в штат лаборатории Ю. Харитона. Допуск № 1515/8068 от 18.11.1946 года».

Уполномоченный СМ СССР был глубоко убеждён: им найдено «гнездо потенциальных шпионов и предателей», так как у них была не только «сомнительная» национальность, но и глубокие связи на Западе. В своём письме «наверх» (а точнее, традиционном для того времени доносе) Бабкин не мог удержаться, чтобы не высказать своё мнение и о руководителях института, хотя ему было поручено проверить только рядовых научных сотрудников: «Кроме перечисленных лиц, как Вам известно, в институте работают заведующими лабораториями Лейпунский Овсей Ильич, имеющий в Америке родных отца. Брат Лейпунского был арестован органами НКВД, и (…) – быв. активный троцкист, осужденный в 1936 г. и прибывший из заключения в 1943 г.».

Бабкин был уверен: ему удалось раскрыть преступную группу, допускать к секретным работам никого из них нельзя… Он не сомневался, что будут приняты какие-то меры против этих научных сотрудников.

Однако ничего не произошло. А письмо Бабкина подшито «в дело». Оно тайно будет храниться в документах «Атомного проекта СССР» почти полвека. Ни Зельдович, ни Лейпунский, ни их коллеги по институту так и не узнают об этом письме, которое могло сыграть свою роковую роль, если бы в августе 1949-го испытания первой атомной бомбы закончились неудачей.

Впрочем, Яков Борисович Зельдович прекрасно понимал, какую цену ему приходится платить за свою причастность к «Атомному проекту». Прежде всего это было испытание молчанием. И лишь однажды он как бы невзначай заметил: «Меня поразила трава. Была удивительная тишина, и вдруг я вижу, как трава легла – это пришла ударная волна. Тишина и поникшая трава – главное впечатление от ядерного взрыва…». Остаётся лишь догадываться, какие кошмары могли мучить этого гения по ночам, при условии, что он, как никто другой, понимал, чем грозит человечеству атомная бомба. И только спустя много лет в документах «Атомного проекта СССР» была найдена записка Якова Борисовича о событиях августа 1949 г., когда была взорвана наша первая атомная бомба. Написана она от руки в единственном экземпляре: «В момент «Ч» была видна яркая вспышка в виде конуса, опирающегося на землю; через полсекунды свет был закрыт клубами пыли или дыма; ещё через 1 секунду сквозь поднимающиеся клубы дыма вырвался ещё один большой язык пламени неправильной формы. После этого мной были сняты очки; без очков отчётливо наблюдался широкий столб дыма, который, клубясь, поднимался вверх и вскоре достиг и пересёк облака; позже этот столб начал медленно сдвигаться под влиянием ветра, а на земле начались пожары».

Среди всех участников «Атомного проекта» Зельдович был, пожалуй, самым «нестандартным» учёным, доставлявшим хлопоты всем властителям – от Сталина до Горбачёва.

Его участие в создании атомного оружия отражалось на его груди. Изредка он надевал все свои награды – специально, чтобы шокировать окружающих! И было чем… На его пиджаке сияло три звезды Героя Соцтруда, медаль лауреата Ленинской премии и три – Государственной. А орденов не счесть. Про некоторые из них Яков Борисович забывал, куда именно положил… Однако он неизменно подчёркивал, что не прочь получить очередную награду, если уж заслужил… И даже друзья не всегда различали, шутит Яков Борисович или нет.

Ситуация с присуждением второй Ленинской премии Зельдовичу остаётся в архивах «Атомного проекта СССР» одной из самых загадочных. Тогда Н.С. Хрущёву пришлось вмешаться в конфликт, который возник из-за позиции самого Зельдовича…

Ленинская премия присуждалась только один раз. Однако в списке соискателей в 1959 г. вновь появились знакомые фамилии – Харитон, Сахаров и Зельдович. Было создано принципиально новое «изделие», и эти трое учёных (плюс ещё трое учёных из Арзамаса-16) были среди её основных создателей. Харитон и Сахаров попросили убрать их из списка, так как раньше уже получили Ленинские премии, а Зельдович этого делать не стал. Комитет по Ленинским премиям исключил Зельдовича из авторского коллектива, мотивируя тем, что второй раз её присуждать нельзя. Яков Борисович возмутился: по какому праву «его лишают той работы, которую он сделал?»

Министр Е.П. Славский и И.В. Курчатов решили не ссориться с Зельдовичем и заявили президенту Академии наук и председателю Комитета по премиям А. Н. Несмеянову, что Ленинская премия академику Зельдовичу может быть присуждена второй раз «в порядке исключения». Теперь уже в тупиковой ситуации оказался президент АН СССР. Он обратился к М.А. Суслову, который по линии ЦК партии курировал академию: можно ли сделать исключение для академика? Отдел науки ЦК и все секретари ЦК были против, но решающее слово было за Хрущёвым. Говорят, он лично позвонил Якову Борисовичу, разговаривал о разных проблемах, а затем упомянул и о второй Ленинской премии… Зельдович потом не раз с улыбкой рассказывал о том, что «сам себя лишил ещё одной премии…».

Однако в ЦК партии не забыли о строптивом учёном и при каждом удобном случае старались «уколоть» его. Теперь пришла очередь М.С. Горбачёва, в 1980 г. он был секретарём ЦК и курировал Академию наук.

В 1979 г. Зельдовича избирают иностранным членом Академии наук США и Лондонского королевского общества. В ЦК партии посчитали, что учёный не должен принимать эти звания, так как «на фоне оголтелой антисоветской кампании, поддерживаемой руководством АН США, эти предложения вызывают сомнения». Такая резолюция принадлежит Горбачёву. СССР тогда начал войну в Афганистане, весь мир осуждал её, и ЦК партии пытался любыми способами защититься от мирового общественного мнения.

Но Яков Борисович не стал отказываться от почётных званий. Ни Горбачёв, ни Отдел науки ЦК партии уже ничего не могли предпринять. История с академиком Сахаровым, грубое вмешательство власти и партии в науку и судьбу учёных, огромный авторитет президента АН СССР, личная дружба с Брежневым – всё это помогало Анатолию Петровичу Александрову принимать верные решения и делало его самым независимым от власти президентом за всю историю академии. В Институте прикладной математики им. Келдыша он вручил Зельдовичу диплом Лондонского королевского общества и значок Национальной академии наук США.

Многочисленные открытия Якова Зельдовича связаны с теорией горения, воспламенения и распространения пламени, теорий зажигания накаленной поверхностью, теплового распространения ламинарного пламени в газах, пределов распространения пламени, горения конденсированных веществ. Он описал распространение ударных и детонационных волн, газодинамику взрыва. Независимо друг от друга Я.Б. Зельдович в СССР, Джон фон Нейман в США и Вернер Деринг в Германии создали модель распространения детонационной волны, названную впоследствии моделью Зельдовича – Неймана – Деринга (ZND). Они установили, что при распространении детонации вещество сначала нагревается при прохождении фронта ударной волны, а химические реакции начинаются в веществе спустя некоторое время, равное задержке самовоспламенения. В ходе химических реакций выделяется тепло, которое приводит к дополнительному расширению продуктов и увеличению скорости их движения. Таким образом, зона химических реакций выступает в роли своего рода поршня, толкающего ведущую ударную волну и обеспечивающего ее устойчивость. От этих тем Зельдович перешел к изучению условий стационарного деления урана в энергетических установках и его взрывного деления.