Тем не менее дела в главном научном штабе страны шли не лучшим образом. Это и было отмечено в дневниковых записях Вернадского от 1 мая 1941 года: «В Президиуме, который завален работой с плохим, почти негодным аппаратом, не справляются с делами… Комаров… в ссоре со Шмидтом… Шмидт его явный враг». Разумеется, до бесконечности такое положение продолжаться не могло.

Великая Отечественная война 1941–1945 годов внесла свои коррективы в работу Академии наук. 23 июня 1941 года на выступлении в особняке академии в Нескучном саду Шмидт заявил: «…На повестке дня один вопрос – война, нападение фашистской Германии на нашу страну… В эти трагические дни, когда земля заливается все новыми потоками человеческой крови, Академия наук обращается ко всем ученым мира, ко всем друзьям науки и прогресса с призывом: сплотить все силы для защиты человеческой культуры от гитлеровских варваров… Эта решительная борьба будет концом фашизма, его крахом» (Матвеева, 2006, с. 187).

2 июля 1941 года он был назначен уполномоченным Совета по эвакуации Академии наук СССР, а уже 16 июля состоялось правительственное решение о переезде Академии наук в Казань, которая была выбрана в значительной мере из-за развитой промышленной базы. Это позволило бы сократить путь научных разработок от академических институтов в производство. 19 июля, отдав необходимые распоряжения (буквально за несколько дней до первой бомбежки Москвы немецкой авиацией), Шмидт вылетел в Казань с целью начать прием первых эвакуированных на месте будущей «дислокации». В обстановке тех дней подобная работа становилась очень непростым делом.

«В современной сложной обстановке предположения и директивы о переводе частей академии несколько раз менялись, – информировал президента Комарова его ближайший помощник, – вследствие чего мои телеграфные донесения заключали в себе немало противоречий. В конце концов положение определилось… Сюда переведены пока около 1100 сотрудников вместе с членами их семей – около 2800 человек. Это количество удается разместить, но с каждым прибывающим эшелоном размещение становится все более и более трудным… Одной из таких забот был прием эшелонов с людьми таким образом, чтобы ни одного дня люди не оставались без крова. Мне пришлось закупить первоначально более 1500 кроватей с матрацами и расставить их в аудиториях университета, которые служили у нас своеобразным эвакопунктом для расселения сотрудников по общежитиям и квартирам» (Архив АН СССР, ф. 277, оп. 4, д. 1615, л. 5–7). А еще надо было заботиться об элементарном обеспечении питания в условиях карточной системы, о налаживании бытовых условий, включая санитарию и гигиену, – чтобы не возникло эпидемий, хорошо знакомых Шмидту по годам Гражданской войны. Со стороны эта прозаическая деятельность недавнего героя Арктики порой производила на непосвященного странное впечатление, особенно в редкие минуты отдыха и необходимого уединения. «Ночью во дворе здания университета большими шагами, сутулый и высокий, в сером как ночь плаще, точно измеряя длину двора, ходил Отто Юльевич Шмидт. Временами он взглядывал на небо, усеянное звездами, и тогда мысль его о переживаниях, связанных с событиями Отечественной войны, перекидывалась на вопросы больших научных обобщений», – ссылается Матвеева (2006, с. 189) на воспоминания одного из участников событий.

В более позднем документе Шмидт приводит целый ряд деталей, характеризующих коллизии, с которыми ему приходилось считаться: «В первую очередь СНК поручил вывезти институты физические, химические, механические, назначив местом эвакуации г. Казань. Туда же по решению правительства должны были бы отправиться академики и члены-корреспонденты. В.Л. Комаров отказался выехать в Казань, решив остаться в Москве. Спустя некоторое время он собрался в курорт Боровое, но по дороге внезапно оказался в Свердловске и решил там поселиться. Создалось очень неясное положение в АН. Аппарат президиума находился в Москве. Мы предлагали оставить президиум в Москве, но т. Шверник указал нам: в Казани должна быть АН. Неожиданное переселение Комарова в Свердловск очень нас беспокоило, я написал ряд писем и телеграмм с просьбой переехать в Казань, но Комаров стоял на своем и получил, наконец, разрешение правительства остаться в Свердловске. С разрешения СНК и согласия Комарова в конце сентября в Казани был созван пленум президиума. Комаров не приехал. Пришлось нам, вице-президентам, целиком взять руководство на себя. В это время развернулась работа АН – “все для фронта”. Коллектив ученых работал с громадным подъемом» (Архив АН СССР, ф. 496, оп. 2, д. 352, л. 1). Свердловск с его промышленной базой к тому времени становился центром танкостроения, не случайно там обосновался виднейший теоретик и практик металлургии академик Бардин, и, видимо, это обстоятельство учитывалось престарелым президентом Комаровым. Он считал, что путь от науки к практике легче осуществлять в Свердловске. Вместе с тем его научный штаб во главе со Шмидтом остался в Казани, и такое раздвоение не могло не сказаться на работе Академии наук.

Биографы Шмидта единодушно отмечают его вклад в будущее торжество нашего оружия, задолго до победного мая 45-го. «Все науки… работали для фронта. И дали замечательное оружие, исключительные приборы, новое сырье» (Петров, 1959, с. 150). «В начале Великой Отечественной войны Шмидт… фактически руководил эвакуацией важнейшего для страны и ее обороны научного центра. Объем организационной работы у вице-президента возрос во много раз. Политическая ответственность за спасение и дальнейшее быстрое развитие работ научного центра – огромная. В памяти встают первые дни эвакуации в Казани – всех разместить, согреть, накормить. Отто Юльевич проявляет заботу о каждом человеке, интересуется всем, вплоть до мелочей. Вести с фронта шли все тревожнее и тревожнее – враг подходил к Москве, наступили тревожные дни октября 1941 года Именно в это время теплота Отто Юльевича по отношению к людям, готовность помочь, внимание к их нуждам, в сочетании со спокойствием и выдержкой, поразительно хорошо влияли на окружающих, поддерживали их бодрость и надежды» (Яницкий, 1959, с. 42).

Не случайно официальное советское издание высоко оценило роль Академии наук на начальном этапе войны: «В решении важнейших проблем перестройки экономики и создания слаженного военного хозяйства внесли достойный вклад учреждения Академии наук СССР, союзных и отраслевых академий, научно-исследовательские институты и высшие учебные заведения. Силы ученых сосредоточились на выполнении работ, связанных с обороной, на разработке новых проблем, обеспечивающих совершенствование вооружения и боевой техники, на оказание помощи промышленности в организации и расширении военного производства, на изыскании и использовании новых сырьевых ресурсов страны. Новые планы деятельности Академии, составленные в августе – сентябре 1941 года, включали более 200 тем, связанных с военной тематикой. Крупнейшие ученые страны, такие как А.А. Байков, А.И. Берг, С.И. Вавилов, Б.Е. Веденеев, А.Ф. Иоффе, П.Л. Капица, М.В. Келдыш, В.Л. Комаров, Г.М. Кржижановский, И.В. Курчатов, А.Н. Несмеянов, В.Н. Образцов, Д.Н. Прянишников, А.М. Терпигорев, А.Е. Ферсман, Е.А. Чудаков, О.Ю. Шмидт и другие, с началом войны выполняли ответственные задания…» (История Второй мировой войны, т. 5, с. 159).

Опираясь на сведения о наличии природных ресурсов, необходимых в военной индустрии, в распоряжении противника, академик А.Е. Ферсман оценил возможности фашистской Германии к активному сопротивлению лишь на протяжении четырех лет, что полностью подтвердилось. Подобный прогноз в ту тревожную и неясную пору наряду с данными разведки, которыми руководство страны не всегда адекватно пользовалось, стоил многого. В мирное и военное время наука оставалась тем, чем и должна быть, – разведкой общества, поставляя необходимую информацию для тех, кто хотел видеть и слушать, не закрывая глаза и уши на происходящее в стране и мире.