Маковский был арестован в декабре 1935 года. Следствие по его делу велось долго. Осужден он был в декабре 1937 года не за растрату, а за измену, шпионаж и участие в контрреволюционной организации. Приговорен к расстрелу. Роковую роль в его судьбе сыграло и то обстоятельство, что он поляком по национальности.

На пленуме ЦК ВКП(б) в феврале — марте рассматривался на закрытом заседании вопрос о вражеской деятельности в Наркомате внутренних дел. Главными врагами народа, пробравшимися в НКВД, докладчик Ежов назвал в первую очередь скрытых троцкистов и «агентов польского генштаба».

Присутствовавший на заседании Ягода пытался оправдаться, но подвергся сокрушительной, нет, не критике, а откровенной травле со стороны своры своих бывших подчиненных, теперь панически думающих только о спасении собственной шкуры. Чего только не наговорили с высокой трибуны Леонид Заковский, Яков Агранов, Всеволод Балицкий! Ефим Евдокимов предложил привлечь Ягоду к ответственности и снять с него звание генерального комиссара госбезопасности. Лев Миронов возложил на него вину за убийство Кирова.

Генрих Ягода был арестован 29 марта 1937 года Михаилом Фриновским по ордеру, подписанному наркомом НКВД Николаем Ежовым и начальником 2-го (Оперативного) отдела ГУГБ комиссаром третьего ранга Николаем Николаевым-Журидом.

А за десять дней до этого 18 марта состоялось собрание руководящих сотрудников наркомата. С докладом выступил, естественно, сам нарком, заявивший ни больше ни меньше, что все ключевые позиции в НКВД захватили шпионы. Одна фраза в докладе вызвала настоящий шок: Ежов от всех потребовал твердо усвоить, что сам Феликс Эдмундович Дзержинский колебался в 1925–1926 годах и проводил иногда колеблющуюся политику. Некий парадокс заключался в том, что в данном случае Ежов не так уж далеко уходил от истины: Дзержинский действительно с сомнением относился к некоторым решениям и указаниям Сталина. В известном письме к своему другу Валериану Куйбышеву он намекал на бонапартистские замашки некоего партийного вождя, рядившегося в революционные перья. Известно также, что после болезни и смерти Ленина Дзержинский делал регулярные доклады о деятельности ОГПУ преемнику его на посту Председателя Совнаркома Рыкову, а не генсеку Сталину. Но интересно другое: Ежов о «колебаниях» Дзержинского по своему тогдашнему положению в партии знать не мог. Значит, эту фразу в докладе ему продиктовал Сталин. Сам Ежов «лягнуть» покойного Дзержинского публично никогда бы не решился.

То была прямая угроза в адрес старых чекистов, пришедших в органы государственной безопасности при Дзержинском и еще не утративших чести и совести. Фактически Ежов предупредил их, что никакие прежние заслуги, длительный партийный и чекистский стаж, ордена не спасут в случае «колебаний»…

Артузов также был приглашен на собрание актива. Не по должности («научный сотрудник» никак не мог быть причислен к руководящим работникам НКВД), скорее по высокому званию и былому авторитету — так полагал Артур Христианович, не отрешившийся еще от своей уже не смешной, а опасной наивности. Его пригласили, чтобы сделать из него мальчика для битья в присутствии нового наркома.

Один за другим брали слово бывшие коллеги и товарищи Артузова по работе в КРО и ИНО и каких только гадостей ни наговорили в его адрес. Разумеется, ему припомнили и «польских шпионов», и отсутствие бдительности, и мягкотелость — все зависело от фантазии очередного оратора.

Надо было отвечать. Надо было честно, самокритично, но достойно высказать свою точку зрения на все происходящее. Артузов действительно поверил, что Сосновский, Илинич и другие сумели обмануть его. Неслучайно Фриновский по указанию Ежова «просветил» его на сей счет до собрания. Им нужно было, чтобы Артузов, несмотря на начавшуюся «смену поколений» в ГУГБ, пользовавшийся среди сотрудников большим авторитетом, покаялся в своих ошибках на активе не по казенному, с дежурными заверениями в преданности партии и ее великому вождю, но искренне, «не за страх, а за совесть» Артузов выступил. Действительно искренне. Но совсем не так, как ожидали и Ежов, и Фриновский. Он признал свою вину (как мы уже знаем — несуществующую), но вышло так, что на самом деле опроверг обвинения в адрес Сосновского и Илинича. Выводы же из допущенных им «промахов» сделал, как профессионал, совершенно правильные, какие и следует делать руководителю разведки из провалов, которые неизбежны в работе любых спецслужб.

Далее Артузов кается, что, как руководитель разведки, позволил в случае с Илиничем одурачить себя. Хотя опять неясно, каким успехом польская разведка компенсировала передачу нам действительно важнейшей информации. Покаяние выглядит слабо, неубедительно. Иначе и быть не могло, потому что в подсознании Артузов отторгал навязанное ему Фриновским «доказательство» измены Илинича, Сосновского и других поляков.

«Виноваты ли мы, что нас одурачили? — задавался вопросом Артузов и отвечал: — Конечно. И я в первую очередь, как тогдашний начальник. Я не говорил сперва о доле ответственности за это также т. Слуцкого и Бориса Бермана. А она имеется. Ведь на театре вербовок Илинича они имели возможность непосредственно наблюдать его работу — они видели его работу в Берлине, где они работали, а я сидел в Москве».

«Все знают о моих холодных отношениях с Ягодой, — признавал он, — но, уверяю вас, у меня не повернулся бы сейчас язык намекнуть вам, что Ягода был больше чем политически близорукий маленький человек. Для утверждения, что Ягода хотел вреда для Советской власти, ведь нет никаких пока оснований. Все знают, что он хороший хозяйственник, организатор, не его вина, а его беда, что он политически не дорос до своего высокого поста».

Это было смертельно опасное заявление, особенно в присутствии Ежова. Осознавал ли это сам Артузов? Трудно сказать… Но фактически этими словами он возложил вину за то, что столько лет органами государственной безопасности руководил человек, до этого поста не доросший, на Центральный Комитет ВКП(б) и лично его великого вождя!

Артузов продолжал: «Да, мы чуть-чуть не превратились в то, чего больше всего боялся наш первый чекист Феликс Дзержинский и против чего он нас неустанно предупреждал: "Будьте всегда прежде всего сынами нашей партии, пославшей нас на ответственный и почетный участок борьбы, бойтесь превратиться в простых техников аппарата внутреннего ведомства со всеми чиновными его недостатками, ставящими нас на одну доску с презренными охранками капиталистов. Помните, что, став на этот путь, вы погубите ЧК, партия будет права, если в этом случае разгонит нас".

Потому-то Дзержинский так боялся всякой лжи со стороны работников-чекистов, всякой провокации в агентурных методах работы, всякого замазывания ошибок и недостатков в работе.

А разве, товарищи, не было у нас признаков, показывающих, что при установившемся после смерти Менжинского фельдфебельском стиле руководства отдельные чекисты и даже звенья нашей организации вступили на опаснейший путь превращения в простых техников аппарата внутреннего ведомства?»

После партийного актива Артузов пишет письмо наркому Ежову, в котором кается и признает свою вину.

Переписка Артузова с наркомом (правда, односторонняя) на этом не прекратилась.