Алексей Михайлович уделял садам столь же большое внимание, как и его отец. Он также выписывал из-за границы растения. Так, в 1654 году «августа 22 пришли… на голландском корабле иноземцы гость Андрей Виниюс да Иван Марсов и сказали воеводе Борису Пушкину, что де по царскому указу купили они на государев обиход заморем в Голландии… девятнадцать дерев садовых заморских овощей: 2 дерева оранжевых яблок (апельсинов. — Л.Ч.), 2 дерева лимонных, 2 дерева винных ягод (шелковицы. — Л.Ч.), 4 дерева перзиковых слив, 2 дерева априкозовых яблок, 3 дерева шпанских вишен мореллен, 2 дерева миндальных ядер, 2 дерева больших сливы».

Во времена Тишайшего кремлевские сады уже не могли конкурировать с загородными усадебными, располагавшимися в царских резиденциях, в особенности в Измайлове, но Федор Алексеевич снова стал уделять им много внимания. Со стороны набережной Москвы-реки сады защищала каменная стена с окнами, с внутренней стороны была построена каменная же решетка. По углам Верхнего сада стояли большие беседки, в которых можно было «прохлаждаться», любуясь окрестными видами на реку и Замоскворечье. В 1681 году был выкопан пруд, дно и стенки которого выложили свинцовыми плитами. Этот водоем стал первым «морем» для будущего императора Петра I, который в раннем детстве плавал по нему в потешных карбасах и шнявах. При Федоре Алексеевиче в Верхнем и Нижнем набережных садах помимо плодовых деревьев и кустарников (яблонь, груш, вишен, смородины и пр.) выращивались лекарственные травы (гвоздика, анис, шалфей, тимьян) и цветы, в том числе розы. Так, по описи 1702 года в Верхнем набережном саду насчитывалось 130 яблоневых деревьев, 25 грушевых, восемь кустов винограда, куст барбариса, 23 куста шиповника, 410 кустов смородины, шесть кустов красных пионов, девять ящиков гвоздики. Тогда же в Нижнем набережном саду росло шесть виноградных лоз, 25 кустов шиповника, десять кустов красной смородины и 20 черной, десять кустов малины, тысяча «тюльпанов цветных» и три тысячи средних и мелких, 70 нарциссов, 82 лилии, пять ящиков гвоздики и пр. Тюльпаны привозились из Голландии и стоили очень дорого.

Садовники царя Федора продолжили опыты по выращиванию южных растений, начатые еще при деде и отце государя. В кремлевских садах были разбиты виноградники и бахчи с арбузами и дынями. Для вызревания плодов теплолюбивых растений впоследствии были устроены 12 оранжерейных палат (по шесть в каждом из набережных садов), отапливаемых изразцовыми печами. В летнее время сады защищались от птиц сетями из медной проволоки. Построенная в 1687 году Водовзводная башня доставляла воду для полива растений.

Примечательно, что обустройство Нижнего набережного сада включало и картины «преоспективного письма», которыми художник Петр Энглес, когда-то создававший декорации для постановок в придворном театре Алексея Михайловича, украсил стены, беседки, столбы и решетки.

Практически возле каждого жилого помещения Кремлевского дворца существовали маленькие садики, называемые «красными» — по мнению И. Е. Забелина, за красоту оформления; современный исследователь В. Д. Черный считает, что этим названием подчеркивалась их функция парадного объекта. Эти сады именовались также верховыми, поскольку и сами хоромы царя и членов его семьи находились на втором и третьем этажах Кремлевского дворца, а сады были устроены на каменных сводах над палатами и погребами, что дало исследователям основание называть их также «висячими». Известно, что садовник Назар Иванов в 1623 году при устройстве верхового сада выбирал по всем садам Москвы лучшие яблони и груши и высадил в него из собственного сада «три яблони большие наливу да грушу царскую». В 1635 году садовники Иван Телятевский и Тит Андреев «строили сады в Верху и на Цареборисовском дворе», а садовник Никита Родионов «поднес царю Михаилу и сыну его царевичу Алексею в их сады яблони и груши». Особенно любили висячие сады царицы и царевны, вынужденные почти всё время проводить во дворце. В этих «домашних» садиках росло всего по несколько деревьев и кустарников (в основном яблони и груши), цвели цветы, висели шелковые клетки с певчими птицами…

Самым большим из них был Верхний государев сад, находившийся возле Столовой избы, напротив царской Постельной палаты. По предположению И. Е. Забелина, он существовал уже при Иване Грозном. При Алексее Михайловиче в 1657 году по образцу «аптекарского сада» там были посеяны и высажены «розные цветы» лекарственного назначения, поскольку сделать это повелевалось «дохтуру», а не садовнику. В 1665 году по указу царя был разбит и «верхний новый сад»; столбы и решетки в нем были расписаны красками (в основном красной свинцовой — суриком). Для отдыха государя в нем было устроено деревянное царское место, расписанное красками иконописцем Ф. Евтифеевым. Сверху кресло украшал позолоченный двуглавый орел с короной, внутри оно было обито красным сукном, а лежавшая на нем подушка набита «бумагою хлопчатою». В 1667 году этот сад получил имя собственное: «Красный сад, что на сенях». Там висели клетки с соловьями, обтянутые зеленой тканью.

При Федоре Алексеевиче, из-за больных ног иногда неделями не выходившем из покоев, комнатный сад стал играть особо значимую роль. Еще до восшествия на престол у него был свой верхний сад, про который известно только, что в нем были расписные перила и двери. Уже будучи царем, в 1679 году Федор указал создать новый верховой висячий сад возле Екатерининской церкви в сторону Патриаршего двора; для него были сделаны деревянная резная и расписная беседка, 15 решеток, десять больших дверей, 100 круглых столбов и столько же капителей, «базов» и «маковиц», 37 четырехугольных столбов с прописанными «дорожниками». Сад был большим, в нем росли плодовые деревья, кустарники и цветы; из дворца в него вели каменные переходы с окнами, балясинами и решетками, а из покоев царя — отдельная лестница.

В 1681 году Федор Алексеевич приказал разобрать Столовую избу и верховой государев сад своего отца, сделать на том месте площадь, а садовые строения перенести в Нижний набережный сад.

Сады не стали страстью юного Петра Алексеевича. Он интересовался не комнатным садом своей матери, а Потешной площадкой, устроенной около его комнат. Вместо яблонь и груш у его хором располагались потешный шатер, изба, рундук с колодами для деревянных пушек с ядрами, обшитыми кожей, и другие предметы военного быта. В садах же его привлекали только пруды, на которых можно было потренироваться в вождении малых судов и поиграть в морские сражения.

У цариц были собственные комнатные сады, а у царевен — один общий, в который выходили окна их хором и который тянулся узкой полосой в 23 аршина (16,5 метра). Он представлял собой несколько квадратов гряд и цветников, между которыми прокладывали доски для прогулок Выращивали там, по мнению И. Е. Забелина, только цветы: пионы, тюльпаны, лилии, нарциссы, розы, гвоздики, фиалки, а также «цветы касатис» (ирисы), «мымрис», «орлик» (аквилегию), «девичью красу» (фуксию), «коруны» («венцы») и др.

Известно, что в 1685 году был перестроен сад около хором вдовой царицы Натальи Кирилловны: его основание перекрыли свинцовыми досками, чтобы подвести воду и сделать небольшой пруд; насыпали земли и сделали гряды и ящики для цветов, посадили 24 яблони и восемь груш, грецкие орехи и «цареградский орех» (бук), кусты «сереборинника» (шиповника). Этот сад принадлежал впоследствии сыну Петра Великого Алексею и просуществовал до пожара 1737 года. Так же, как и в мужских комнатных садах, в верховых садах цариц и царевен на лето вывешивались клетки с соловьями, канарейками, перепелками и попугаями.