За стенами Кремля на противоположном берегу Москвы-реки еще со времен Ивана III (1462–1505) существовал большой Государев сад, созданный после страшного пожара 1493 года. Его схематичное изображение можно найти на планах Москвы конца XVI–XVII века. Государев сад в Замоскворечье имел вытянутую форму неправильного прямоугольника, в длину простиравшегося примерно на то же расстояние, что и кремлевские стены вдоль Москвы-реки. На наиболее подробных планах — М. Мериана (1643) и А. Олеария (1656) — видны ряды деревьев (два вдоль восточной стены сада, один вдоль южной стены и шесть в центре), отмечены квадратные участки-куртины (шесть в западной стороне сада и 12 в восточной), каждая делилась пересекающимися крест-накрест аллеями, образовывая четыре квадрата с центральной круглой клумбой. На плане Олеария впервые обозначена церковь Святой Софии, находившаяся в центре сада; неподалеку от нее нарисована одна большая грядка, а еще шесть прямоугольных гряд изображены в северо-восточном углу сада. По наблюдениям историков, замоскворецкий Государев сад к 1661 году был уже частично потеснен городской застройкой вдоль реки, что отразил план А. Мейерберга, датируемый этим годом. На планах Москвы последующего времени этого сада уже нет, что объясняется, скорее всего, постепенным его исчезновением. По всей видимости, интерес царской семьи к нему угас, хотя, как видно из плана Олеария, в середине века сад был в полном порядке и даже в расцвете. Должно быть, Алексей Михайлович любил с высоты кремлевских стен и башен озирать окрестности и наслаждаться видом своего сада за рекой. Но позднее, когда началось активное создание садов в загородных царских усадьбах, где можно было развернуться во всю мощь, царь, видимо, перестал уделять внимание замоскворецкому Государеву саду.

Существовали и другие царские сады за пределами Кремля, имевшие хозяйственное или лекарственное назначение. Из переписи дворцовых садов 1701 года известно, что «аптекарский сад» занимал участок в 140 квадратных саженей (300 квадратных метров) от реки Неглинки до «воловьего двора»; Васильевский сад находился в Белом городе и отличался от других тем, что его садовники не получали жалованья и выращивали «про себя сверх садового строенья и на продажу капусту, огурцы и иной всякой летний овощ».

Во времена первых Романовых, в особенности при Алексее Михайловиче, сады в подмосковных царских вотчинах стали предметом не только хозяйственного, но и художественного интереса. В каждой загородной усадьбе — Коломенском, Воробьеве, Рубцове-Покровском, Острове, Воскресенском, Алексеевском, Преображенском, Измайлове — наряду с большими имелись малые «красные» сады. В 1663 году царь приступил к реализации своего проекта создания образцового хозяйства в Измайлове, в который помимо пашен, лугов, «аптекарского огорода», пчельников, прудов для разведения рыбы и водоплавающей птицы, зверинцев, полотняного, стекольного, чугунолитейного производств были включены и сады разных видов, размеров и местоположения.

Эти сады органично вписываются в ряд новомодных «потех» и «прохлаждений» Алексея Михайловича. Они создавались не по традиционным древнерусским образцам, а по ренессансным и барочным европейским стандартам приехавшими из Европы специалистами. В Измайлове царь приказал разбить несколько замечательных садов. В 1667 году были построены обводной канал и несколько запруд на реке Серебрянке, что позволило окружить территорию Государева двора водой и таким образом создать искусственный остров. Уже тогда на спуске к воде существовал террасный сад, с юга к острову примыкали роща и часть лесного массива.

Ближайшим к усадьбе был квадратный Виноградный сад, располагавшийся за прудом севернее острова, самый большой по площади (он занимал 16 десятин, то есть более 16 гектаров). В его центре на квадратных участках высевали гречку, рожь, овес, коноплю, ячмень, пшеницу; высаживали мак, «немецкие цветы и травы», смородину, малину, яблони, грецкие орехи и др. По краям на четырех круглых куртинах должны были расти груши, сливы и вишни. Свое название сад получил благодаря винограду, из которого царь, по словам голландского дипломата Конрада фан Кленка, «для курьеза велит делать вино». Центральная часть (10–12 метров), между делянками пшеницы и смородины была покрыта алыми маками.

Для любования садом в дождливую погоду были сооружены гульбища — крытые галереи с четырьмя шатровыми резными воротами — и увеселительные расписные терема «со всходы и красными окнами, кругом их перила; около теремов пути, меж путей столбцы точеные», с большими окнами, сквозь которые можно было любоваться великолепием планировки и цветового решения сада.

Второй по величине и значимости измайловский сад — «аптекарский огород» — был на итальянский лад круглым (диаметром 280 метров), делился дорожками на три концентрических кольца и радиально на десять секторов, которые заполнялись деревьями, кустарниками, цветами и травами. В конце каждой дорожки живописец Петр Энглес установил иллюзорные перспективные картины. В «аптекарском огороде» планировалось выращивать березы, рябины, тутовые деревья (правда, опыты с его разведением не увенчались успехом). В каждом сегменте садового кольца должно было расти по 378 кустов «сереборинника»; барбарис соседствовал с овощными культурами (капустой, горохом и др.), цвели маки, гвоздики, васильки. Лекарственные растения были представлены шалфеем, девясилом, пижмой, цикорием, мятой, «зельем святого Иоанна» (зверобоем), «цыпочной травой».

В трех километрах от царской усадьбы располагался Просянский сад, разбитый на одноименной пустоши. По описи, сделанной после смерти Алексея Михайловича, в нем росли 142 яблони, а также были устроены развлекательные западные диковины: «..два чердака (беседки. — Л.Ч.), один несовершен, да перспективно писаны красками. Меж творил столбы и к ним прибиваны грядки, писаны красками. Меж столбов и меж грядок барбарис и крыжовник, малина и смородина. А творила обиваны тесом, а в сад тестеры ворота и в том числе двое ворота с вышками, крыты тесом, одне писаны красками, наверху три яблока золочены; четверты ворота крыты шатрами тесом. Да в том же саду смотрильня и пруд…» Яков Рейтенфельс, побывавший в Измайлове, назвал это место «знаменитым обширным садом с четырьмя высочайшими, широко распахнутыми воротами, со многими извивающимися дорожками».

Сохранился так называемый план неизвестного поля, скорее всего, предназначенный для одной из загородных усадеб Алексея Михайловича, возможно, для того же Измайлова. Он предусматривал создание каменной беседки с арками и конусообразной кровлей с флюгером в виде двуглавого орла. По углам квадратной площадки должны были бить фонтаны со скульптурами четырех аллегорических зверей, символов четырех царств: Вавилонского (медведь), Македонского (барс), Римского (лев) и царства Антихриста (рогатое чудовище). Площадку планировалось окружить двенадцатью цветниками причудливых форм и квадратами кустарников, высаженных в шахматном порядке. Был ли осуществлен этот проект, неизвестно, но сам принцип организации подобного сада лишний раз подтверждает страсть царя к подобного рода «потехам» и «прохлаждениям». Такой план можно было почерпнуть из иностранных книг по садово-парковому искусству, которые, оказывается, были в библиотеке Артамона Матвеева, курировавшего обустройство измайловской вотчины царя. «Книга огородного и палатного строения в лицах» на немецком языке после смерти Матвеева попала в библиотеку В. В. Голицына вместе с шестнадцатью другими изданиями.