В 1945 году из той же плесени был выделен еще один антибиотик нотатин (пенициллин В), названный по второй части латинского термина. Синтетически из пенициллина получены пенициллоиновая, пеницилленовая, пениллоиновая, пенилловая, пениллоновая кислоты и много других производных (не все являются антибиотиками). Названия ряда антибиотиков, по примеру пенициллина, оканчиваются на «циллин».

Родившийся на Украине американский микробиолог Зельман Абрахам Ваксман (1888–1973) совершил в медицине открытие не меньшего значения, чем Флеминг. С 1914 года он занимался изучением почвенных микроорганизмов, в частности актиномицетов (от греч. actis – «луч» и mykes – «гриб»). В 1940 году, работая в Национальном сельскохозяйственном колледже, Ваксман выделил антибиотик актиномицин, но он оказался слишком токсичным для человека. Ваксман ввел в употребление и сам термин антибиотик (от греч. bios – «жизнь» и приставки anti – «против»). В 1943 году он выделил из актиномицетов вида Streptomyces griseus новый антибиотик стрептомицин, который обладал широким спектром антимикробного действия. Им лечили бруцеллез, чуму, другие тяжелые болезни, против которых до этого не существовало специфических средств терапии. Особенно впечатляющим было действие стрептомицина на больных туберкулезным менингитом, который ранее в 100 % случаев заканчивался смертью больного в течение двадцати дней. В нашей стране в 1946 году с помощью стрептомицина впервые была вылечена от этой страшной болезни девятилетняя девочка, причем антибиотик был доставлен самолетом из США. Выздоравливающую девочку в московской клинике посетил сам Ваксман (а тремя годами ранее СССР посетил также Флори).

В 1952 году Ваксман был удостоен Нобелевский премии "за открытие стрептомицина – первого антибиотика, эффективно действующего против туберкулеза". Однако вскоре его ждал тяжелый удар: бывший ассистент и соавтор научных публикаций Альберт А. Шац (1922–2005) подал на Ваксмана в суд с требованием "поделиться". А в Нобелевский комитет руководством колледжа было направлено письмо с неслыханной просьбой – пересмотреть решение о награждении! Ответил лично Карл Юхан Хилдинг Бергстранд (1886–1967), который в 1943–1953 гг. был президентом Нобелевского комитета. В письме он указал, что многочисленные американские ученые, которым было предложено представить кандидатуры на Нобелевскую премию, назвали Ваксмана и никто из них не назвал Шаца. Любопытно, что Бергстранд написал также о том, что в английском переводе со шведского нобелевского статута была допущена ошибка: если в работе, которая награждается премией, участвовало несколько лиц, то премия не "должна быть", а "может быть" присуждена им совместно…

Широкие исследования почвенных грибов с целью получения антибиотиков были начаты в годы войны и в Москве – в Институте малярии, в лаборатории, которой руководил микробиолог профессор Георгий Францевич Гаузе (1910–1986). В 1942 году из культуры бактерий, обитающих на огородных почвах Подмосковья, был выделен первый оригинальный отечественный антибиотик, который назвали грамицидином c. Это название (от лат. caedo – «убиваю, уничтожаю») отражает действие антибиотика преимущественно на грамположительные бактерии. Термины «грамположительный» и «грамотрицательный» образованы по фамилии датского микробиолога Ханса Кристиана Йоахима Грамма (1853–1938), который в 1884 году изобрел способ различать два вида микроорганизмов по способности только одного из них окрашиваться красителем. Буква же "С" в названии антибиотика означала «советский», чтобы отличить его от «просто» грамицидина, открытого ранее в США. И это не единственный подобный случай. Синтезированный в 1937 году О. Ю. Ма-гидсоном и М. В. Федотовой анестетик, в 20 раз более мощный, чем новокаин, был назван совкаином, то есть «советским».

Уникально название антибиотика бацитрацина. Первая часть слова означает бациллу – палочковидную бактерию (от лат. bacillus – «палочка»). Вторая же часть – в честь девочки Маргарет Трейси (Margaret Treacy, 1936–1994). Когда ей было 6 лет, она, догоняя на улице мяч, попала под грузовик. В рану от открытого сложного перелома ноги попала грязь, началось нагноение. В больнице исследовали гной; в нем оказался не обычный кокк, вызывающий такие процессы, а неизвестный ранее вид бацилл. Когда была получена культура таких бацилл на питательной среде, оказалось, что они, подобно плесневому грибку Флеминга, вырабатывают вещество, угнетающее рост других, особенно гноеродных бактерий. Это необычное открытие было сделано в США в 1943 году в Бактериологической лаборатории Колумбийского университета. Маргарет же выздоровела (она скончалась в пожилом возрасте от рака кишечника).

Природные антибиотики, в том числе бензилпенициллин, цефалоспорин (от греч. kephale – «голова» и spora – «семя»), рифамицин (по названию популярного в 60‑е годы французского гангстерского фильма Rififi, что на жаргоне означает «вооруженное ограбление»), используют в основном для получения полусинтетических производных. Названия многих из них оканчиваются на «мицин», от греч. mykes – «гриб». Примером может служить первый чисто синтетический хлорсодержащий антибиотик хлоромицетин; более известно другое его название – левомицетин (от лат. laevus – «левый», в соответствии с геометрической «левой» конфигурацией соответствующего изомера). Смесь разных изомеров хлоромицетина назвали синтомицином, подчеркивая его синтетическое происхождение. эритромицин продуцируется штаммом Streptomyces erythreus, который в определенных условиях образует мицелий красного цвета (от греч. erythros – «красный»). олеандомицин был выделен из листьев олеандра.

Необычны названия целого семейства новых антибиотиков, синтезированных группой химиков из американского города Сиракьюс в штате Нью-Йорк. Новым антибиотикам дали названия по именам персонажей оперы Джакомо Пуччини "Богема"; так появились на свет богемовая кислота и ее производные: рудольфомицин, марселломицин, шонардимицин, коллиномицин, мимимицин, мюзеттамицин и альциндоромицин; в оригинале персонажи оперы зовутся Rodolfo (Rudolph), Marcello, Schaunard, Colline, Mimì, Musetta и Alcindoro.

Некоторые антибиотики названы в соответствии с их химическим строением. Таковы, например, тетрациклин (от греч. tetra – «четыре» и kyklos – «кольцо, цикл»), молекула которого содержит остов из четырех циклов; олететрин, представляющий собой комбинированный препарат из олеандомицина и тетрациклина; бициллин, содержащий солеобразный комплекс из двух молекул; оксациллин, содержащий изоксазолиновый цикл; ампициллин, который получают путем ацетилирования 6‑аминопенициллановой кислоты; карфециллин (от «карбон» и «фенил»). В то же время антибиотик хлортетрациклин называется ауреомицином, потому что его кристаллы имеют золотисто-желтый цвет (на латыни – aureus).

Многие антибиотики названы по продуцентам – микроорганизмам, которые их синтезируют. Так, противогрибковый антибиотик церуленин был выделен из культуры Cephalosporium caerulens. Он интересен с химической точки зрения: это амид карбоновой кислоты с 12 атомами углерода в цепи, двумя двойными связями и эпоксидным циклом. Противотуберкулезный антибиотик канамицин продуцируется лучистым грибом Streptomyces kanamyceticus.