Серьёзные сомнения в возможности решить поставленную задачу именно мощным контрударом появились ближе к полуночи 11 июля, когда стало известно о прорыве в полосе 69-й А и выходе противника в направлении третьего тылового армейского рубежа. Эти события резко осложнили положение, так как В. Д. Крючёнкин не располагал достаточными силами, чтобы сдержать 3-й тк, не было резервов и у фронта. Тогда поступило предложение отменить контрудар и использовать войска, прежде всего 5-й гв. ТА, для блокирования прорыва АГ «Кемпф» и сдерживания противника юго-западнее Прохоровки. Вопрос о целесообразности проведения контрудара 12 июля рассматривался не теоретически, а в практической плоскости. Сам Н. Ф. Ватутин отменить контрудар не мог, но его мнение в этот момент значило много. В то же время на командующего фронтом начали оказывать влияние не только оперативная обстановка в полосе фронта, но и ряд других моментов, в том числе политические факторы. Имеющиеся в архивах документы свидетельствуют, что на рассвете 12 июля у Николая Федоровича, да и, возможно, у Александра Михайловича той уверенности, с которой они готовили контрудар раньше, уже не было. Руководство фронта начало осознавать, что вероятность неудачи велика, вполне возможно, что контрудар не принесет желаемых результатов и при этом резервы Ставки будут истрачены.

Считаю, что после семи суток тяжелейшей операции, в ходе которой на него оказывалось постоянное давление из Москвы, и детального анализа оперативной обстановки, сложившейся к полуночи 11 июля, без полной поддержки и одобрения A. M. Василевского, решиться на столь масштабное мероприятие в предельно неблагоприятных условиях Н. Ф. Ватутин бы не рискнул. Вероятность неудачи была велика. Есть основания полагать, что решающую точку в колебаниях: проводить или нет контрудар — поставил именно начальник Генерального штаба в разговоре с Верховным. За что уже 13 июля и поплатился. В этот день Александр Михайлович, по личному распоряжению И. В. Сталина, был отозван с Воронежского фронта и направлен представителем Ставки на Южный, а к Н. Ф. Ватутину прибыл Г. К. Жуков. Это явно свидетельствовало о том, что Верховный был недоволен действиями маршала в ходе оборонительной операции и передал её дальнейшее «курирование» своему, как бы мы сегодня сказали, «антикризисному управляющему».

Но это не значит, что A. M. Василевский принял решение провести контрудар в столь тяжелой ситуации без доклада И. В. Сталину о сложившейся неблагоприятной обстановке. Даже имеющиеся сегодня в распоряжении исследователей документы свидетельствуют, что Верховному было известно в деталях положение под Прохоровкой на исходе 11 июля. Начальник Генштаба не скрывал от него опасность и того, что АГ «Кемпф» может нанести удар не только на Прохоровку, но и попытаться развить прорыв дальше в направлении с. Скородное (старооскольское направление). Верховный воспринял это предположение очень серьёзно. Он согласился с предложением A. M. Василевского подтянуть в район с. Скородное два мехкорпуса из Степного фронта, в качестве страховки, на случай если противник действительно ударит в этом направлении. Причем это его решение без промедления, после полуночи, в виде директивы было передано генерал-полковнику И. С. Коневу для немедленного исполнения. И, естественно, в разговоре еще раз поднимался вопрос о контрударе. A. M. Василевский допускал, что полностью все задачи решить не удастся, но полагал, что главную — остановить немцев, контрудар сможет. Судя по всему, Верховный с ним согласился и, таким образом, еще раз санкционировал его проведение, вечером 11 июля.

Гнев И. В. Сталина после 12 июля был вызван не рекомендацией A. M. Василевского о целесообразности проведения контрудара, а скорее тем, как из рук вон плохо был подготовлен и не продуман ввод в сражение мощного танкового объединения — 5-й гв. ТА, а также 5-й гв. А, за которым он поручил проследить ему лично, а маршал, судя по всему, плохо выполнил его поручение. Следовательно, он должен нести свою часть ответственности за невыполнение его приказа вместе с П. А. Ротмистровым, который по уставу отвечал за подготовку армии и ее ввод в бой. Предоставив разбираться в деталях случившегося и определять степень ответственности руководства фронта и армии Г. М. Маленкову, Верховный сам определил степень вины начальника Генштаба и направил его на менее напряженный участок фронта.

Время начала контрудара, с которым командование фронта связывало столько надежд и считало главным событием ближайших суток, неумолимо приближалось. Подготовительная работа подходила к завершению. Однако ряд важных вопросов решить не удавалось, это становилось все более очевидным к вечеру 11 июля. А примерно за шесть-семь часов до момента перехода войск фронта в контрудар оперативная обстановка начала резко обостряться и напрямую влиять на планы командования Воронежского фронта. В результате на оставшиеся не решенными вопросы организационного характера наложились проблемы, возникшие после прорыва полосы 69-й А в ночь на 12 июля. Это заставило Н. Ф. Ватутина изменить задуманный план и заметно ослабить главную контрударную группировку.

Но прежде чем рассказать об изменениях, произошедших буквально за несколько часов до атаки, обратимся к тому главному, что удалось добиться командованию фронта к исходу 11 июля, а что так и осталось на бумаге. Главное — штаб фронта, учтя неудачный опыт прошлых контрударов, смог решить две важнейшие проблемы. Во-первых, все соединения, включенные в состав контрударных группировок, сосредоточились перед участками ввода в бой на расстоянии: стрелковые дивизии до 6 км, танковые корпуса до 30 км и находились там не менее суток. Таким образом, появилась возможность ударить «сжатым кулаком», а не «растопыренными пальцами», как это было раньше. Во-вторых, все танковые соединения главной и вспомогательной группировок были подчинены единым центрам управления — штабам 1-й ТА и 5-й гв. ТА, с которыми они установили все виды связи и за сутки до начала контрудара получили от них основные приказы и распоряжения. Была решена и еще одна важная проблема: за исключением 10-го тк и 201-й тбр подвижные соединения, запланированные для использования в первом эшелоне, главными силами непосредственно в боях в этот момент не участвовали. Хотя в отдельных случаях их подразделения командование пыталось привлечь для отражения незначительных атак противника, а экипажи танковых бригад 5-й гв. ТА после марша имели двое суток на отдых, осмотр техники и текущий ремонт. К утру 12 июля все танковые соединения, кроме 201 — й тбр 7-й гв. А, находились во втором эшелоне и в дальнейшем были введены в бой по классической схеме — с исходных позиций во втором эшелоне обороны. Следовательно, ситуация для контрудара, который проводился в ходе столь тяжелой оборонительной операции, была достаточно редкая. Надо отдать должное командованию фронта: в непростых условиях отражения вражеского наступления и организационной чехарды внутри штаба фронта оно сумело в целом справиться с этой задачей.

Вместе с тем остался целый ряд существенных вопросов, не проработанных должным образом, как на уровне командующего фронтом, так и управлений штаба фронта, которые оказали серьезное влияние на исход контрудара. К проблемам «первой категории» относился вопрос о подчинении 184-й, 219-й, 204-й и 309-й сд.