9 апреля 1905 г. японцы получили сведения, что 2-я русская Тихоокеанская эскадра прошла Сингапур. Вследствие этого японское морское командование приказало своей 2-й эскадре выставить большое минное заграждение у Владивостока, чтобы воспрепятствовать свободному проходу русской эскадры в случае ее прорыва через Корейский пролив. С 12 по 15 апреля кораблями 2-й японской эскадры была выполнена большая заградительная операция: между островами Римского-Корсакова и Аскольд миноносцами и минными заградителями (японский флот имел четыре минных заградителя, переделанных из транспортов) под прикрытием крейсеров было поставлено 715 мин. На одной из этих мин подорвался «Громобой».

Русское морское владивостокское начальство в отличие от японцев не могло сообразить, что надо ставить активные минные заграждения у японских берегов, а ставило лишь оборонительные заграждения в районе Владивостока. Эти минные заграждения ставились специально оборудованными транспортами «Алеут» и «Монгугай». Собственно, «Алеут» сам мин не ставил, с него они перегружались на минные плотики, с которых и производилась постановка. На «Монгугае» для этой цели были подвешены рельсы, на которых размещалось 65 мин с автоматическими якорями. Таким образом, это количество мин он мог выставить сразу. Постановка мин с «Монгугая» могла выполняться и со специальных салазок. «Монгугай» нормально брал 150 мин, а в перегруз — 180. «Алеут» брал 130 мин.

С «Алеута» минные постановки производились только в 1904 г., затем он был передан в партию траления Владивостокского порта. Мины Инженерного ведомства (гальванические) ставились преимущественно с «Монгугая», который считался заградителем 2 ранга.

Всего для обороны Владивостока и его районов было поставлено гальваноударных Морского ведомства мин — 1443, а гальванических Военно-инженерного ведомства — 1500 шт. В 1904 г. было поставлено 326 гальваноударных мин, а в 1905 г. — еще 1117.

Постановки гальванических мин производились преимущественно с транспорта «Монгугай». За время войны было выставлено десять отдельных заграждений в 1500 мин, из них 500 в 1904 г. и 1000 в 1905 г. Мины ставились группами по пять штук, но были группы и в шесть мин. Углубление мин было 3 м, минный интервал 210 футов (64 м).

Первоначально оборудование станций позволяло выставлять заграждения на расстоянии 25–30 кабельтовых (4,5–5,5 км) от берега. В конце 1905 г. заграждения ставились на большем расстоянии.

На зимнее время заграждения Инженерного ведомства снимались, а весной снова выставлялись. Согласно приказу командира Владивостокского порта, гальванические мины на всю ночь от захода и до восхода солнца замыкались.

Состоявшееся 13 февраля 1904 г. особое совещание признало возможным проведение таких операций с привлечением либо мобилизованных и вооруженных быстроходных пароходов Добровольного флота, либо судов, специально закупленных за границей. Общее руководство по организации и проведению крейсерских операций было поручено контр-адмиралу великому князю Александру Михайловичу.

Среди великих князей Александр Михайлович слыл самым «великим комбинатором», бравшимся за все, что угодно, но в отличие от Остапа Бендера не доводившим ничего до конца. В довершение всего он был буквально «на ножах» с генерал-адмиралом великим князем Алексеем Александровичем, причем оба систематически стучали друг на друга обожаемому Ники.

Для проведения предполагаемых операций было вооружено шесть вспомогательных крейсеров. В Либаве переоборудовались четыре приобретенных за границей судна — вспомогательные крейсера «Дон», «Урал», «Терек» и «Кубань», в Севастополе — два парохода Добровольного флота «Петербург» и «Смоленск». «Дон», «Урал» и «Кубань» были построены в Германии, а «Терек», «Петербург» и «Смоленск» — в Англии.

«Кубань» имела водоизмещение 12 000 т, скорость хода 18,5 узла, вооружение: два 120-мм и четыре 75-мм орудия. Водоизмещение «Дона» составляло 10 500 т, скорость хода 19,5 узла, вооружение: два 120-мм, четыре 75-мм и восемь 57-мм орудий. «Урал» также имел водоизмещение 10 500 т, скорость хода его была 19 узлов, вооружение состояло из двух 120-мм, четырех 75-мм и восьми 57-мм орудий. «Терек» водоизмещением 10 000 т развивал скорость хода 19 узлов и имел на вооружении два 120-мм, четыре 75-мм и восемь 57-мм орудий. Водоизмещение «Петербурга» было 9460 т, скорость хода 19 узлов, вооружение: семь 120-мм, восемь 47-мм и десять 37-мм орудий. «Смоленск» водоизмещением 12 050 т развивал скорость до 20 узлов и был вооружен восемью 120-мм, семью 75-мм и четырьмя 47-мм орудиями.

Для крейсеров Балтийского флота районом проведения операций был определен Атлантический океан (у северо-западного побережья Африки, островов Зеленого Мыса и Гибралтарского пролива). Черноморские крейсера должны были оперировать в южной части Красного моря и у восточного побережья Африки.

20 июня 1904 г. «Петербург», а 22 июня «Смоленск» под флагами Добровольного флота вышли из Севастополя. Благополучно пройдя Проливы и Суэцкий канал, они вошли в Красное море. Здесь пароходы подняли военно-морские флаги и начали установку артиллерии, спрятанной до этого в трюмах. Вспомогательным крейсерам (по классификации российского флота крейсерам 2 ранга) ставилась задача останавливать в южной части Красного моря в районе островов Джебель-эт-Таир (Таир), Зубейр (Зебеир) и Зукар (Цукур) грузовые суда и досматривать их на предмет наличия на борту военной контрабанды. Поиск, досмотр и задержание судов нейтральных государств предполагалось производить на основании данных, полученных из Главного морского штаба через специальных агентов, работу которых возглавлял контр-адмирал в отставке П.И. Пташинский.

В 10 ч 15 мин 30 июня у острова Малый Ханиш «Петербург» остановил английский пароход «Малакка». Для проверки документов на пароход сошла призовая партия. На борту «Малакки» была обнаружена военная контрабанда: около двухсот стальных плит, мостовые части, электрический кран, стальные валы, телеграфная проволока, машины, назначение которых в документах не указывалось, а также спирт, консервы, галеты, кислоты и прочий груз, отмеченный в документах как «разное». Груз был адресован в Кобе, Иокогаму и Моджи. В итоге пароход был арестован, и призовая партия решила отвести его в Либаву.

До 15 июля «Петербург» и «Смоленск» арестовали в Красном море еще три парохода с грузом военной контрабанды. Помимо этого, 2 июля «Смоленском» был остановлен для осмотра германский пароход «Принц Генрих». Призовая партия изъяла с парохода всю почту, адресованную в Японию, и отпустила «Принца Генриха» по назначению.

7 июля английский посол в Петербурге передал российскому МИДу ноту британского правительства, в которой указывалось на незаконность захвата парохода «Малакка», якобы не имевшего на борту контрабандного груза. 10 июля в Петербурге состоялось совещание по поводу захвата этого парохода. До принятия решения арестованным пароходам было передано приказание оставаться в Суэце.

Одиннадцать министров и представителей правительства под председательством генерал-адмирала великого князя Алексея Александровича рассмотрели вопросы, связанные с проходом через Босфор и Дарданеллы русских вспомогательных крейсеров и задержанием ими в Красном море иностранных пароходов. Мнения участников совещания разделились. Министр иностранных дел Ламздорф предлагал освободить арестованные пароходы, и если приказ о прекращении крейсерства запоздает и аресты судов некоторое время будут продолжаться, то их, по мнению министра, не следует признавать. По вопросу прохода вспомогательными крейсерами черноморских проливов Ламздорф отметил необходимость решения вопроса о статусе Добровольного флота и заметил, что «не стоило коммерческие суда обращать на полпути в военные». В заключение он сообщил, что англичане не возражают против совместного осмотра «Малакки», однако если захваченные пароходы не будут освобождены, то разрыв дипломатических отношений между Англией и Россией неизбежен.