Предвоенные планы действий русского флота на море были весьма разнообразны, но они сходились в необходимости удержания господства на море и недопущения свободного судоходства противника к берегам Кореи{1326}. Сразу же после нападения на Порт-Артур адмирал Алексеев приказал отряду немедленно выйти в море и присоединиться к эскадре{1327}. Выполнить этот приказ полностью не удалось. Уже 28 января(10 февраля) крейсера под командованием контр-адмирала К. П. Иессена вышли в Японское море и потопили 2 японских коммерческих парохода. 1(14) февраля, избежав встречи с судами противника, они благополучно вернулись во Владивосток{1328}. Японская эскадра показалась у острова Русский 12 февраля, но она не рискнула войти в артиллерийскую дуель. Через десять дней 5 броненосных и 2 легких крейсера Камимуры вновь появились у острова, но на этот раз уже обстреляли укрепления, но без особых результатов{1329}. Действуя в Японском море, нельзя было поставить под угрозу и основные внешнеторговые коммуникации Японии. На 1902 г. на 3 порта — Иокагама, Кобе и Осака — приходился товарооборот в 474 млн. иен или 90 % внешней торговли империи микадо проходившие по внешней стороне островов, на Тихом океане{1330}. Наиболее посещаемыми были Иокогама, в которую в среднем ежедневно приходило 14,5 пароходов, Кобе — 14 пароходов и Осака — 1,5 парохода, что составляло 43 %, 41 % и 5 % от средне-еженедневного количества судов, приходивших в японские порты{1331}.

Не смотря на частный успех русских крейсеров, сорвать военные перевозки противника не удалось. Это немедленно сказалось на положении дел в Корее. 5(18) февраля японский батальон был высажен в порту Цинампо, превращенный в опорный пункт и место высадки 2 пехотных дивизий, перевозка которых шла до 16(29) марта{1332}. К 27 февраля японцы завершили перевозку третьей дивизии 1-й армии, 12-й дивизии в Чемульпо, был занят Сеул{1333}. Фактически к началу войны японское военное присутствие на полуострове было уже значительным. С целью глубокой разведки было принято решение направить на полуостров конный отряд под командованием генерала Мищенко. Его основой стала Забайкальская казачья бригада — 1-й Читинский и 1-й Аргунский казачьи полки и 1-я Забайкальская казачья батарея — 12 сотен и 6 орудий. Отряд был усилен и конно-охотничьей командой 15-го Восточно-Сибирского стрелкового полка. Линевич поставил перед Мищенко задачу — разгромить кавалерию противника, не допуская при этом, «чтобы наша немногочисленная конница была расстроена в первый же период кампании». Мищенко действовал осторожно, избегая столкновений и растянув свои немногочисленные части в разъездах{1334}.

Между тем русский флот продолжал нести потери — 29 января(11 февраля) 1904 г. в Талиенванский залив был отправлен минный транспорт «Енисей». Так как Дальний не был укреплен, подходы к порту против возможного десанта решили прикрыть минной постановкой. Чрезвычайно тяжелая обстановка вынудила торопиться, не смотря на пургу и сильное волнение на море. 28 января(10 февраля) транспорт поставил 320 мин. К вечеру Талиенванский залив был прикрыт минными позициями. На «Енисее» оставалось еще 82 мины, которые его командир решил установить на следующий день. В ходе постановки корабль наскочил на сорванную с позиции сильным ветром собственную мину. Взрыв привел к детонации боеприпасов. Транспорт затонул за 15 минут. Отправленный для спасения команды крейсер «Боярин» с 4 миноносцами не имел карты минных заграждений и подорвался на одной из мин. Команда оставила корабль, который при крене в 15 градусов погрузился в воду до иллюминаторов. Тем не менее он остался на плаву и затонул только на третий день после шторма. Таким образом, недостаточная подготовленность экипажей и командиров привела к потере еще двух ценных судов{1335}. 15(28) февраля под давлением японцев было принято решение разоружить стоявший в Шанхае стационер — канонерскую лодку «Манджур». Переговоры с киатайцами длились до начала марта, после чего лодка была разоружена и покинула Шанхай только после заключения мира{1336}.

5(18) февраля командующим Тихоокеанской эскадрой с правами командующего флотом и командира портов Тихого океана был назначен вице-адмирал С. О. Макаров{1337}. Получив известие об этом, Наместник покинул Порт-Артур. Перед отъездом в Мукден он передал командование флотом вплоть до приезда Макарова на вице-адмирала О. В. Старка, которому оставил инструкцию беречь корабли флота и особенно броненосцы{1338}. Японское командование не было уверено в прочности своего контроля над морем. Для того, чтобы закрепить успехи первых дней, Того решил сформировать отряд из 5 транспортов, груженых каменным балластом, которые должны были быть затоплены на выходе из гавани Порт-Артура. В случае успеха японцев русская эскадра была бы закупорена на внутреннем рейде. Учитывая узость и мелководность фарватера, это могло привести к длительному вынужденному бездействию русского флота. Команды пароходов формировались из добровольцев. 10(23) и 11(24) февраля попытки транспортов прорваться к фарвартеру были отбиты{1339}.