Никто не сумел лучше использовать общественное недовольство, чем исламистские группировки, прежде всего — «Братья-мусульмане», превратившиеся в самую мощную и эффективную оппозицию правительству, несмотря на официальный запрет их деятельности.

После смерти Садата в 1981 году «Братья-мусульмане» дистанцировались от боевиков и объявили о принятии более умеренного курса. Они публично осудили насилие, а взамен получили возможности расширять свое политическое влияние и развивать религиозную инфраструктуру. Правительство надеялось, что такая стратегия не только позволит включить исламистов в господствующую политическую систему, но и поднимет авторитет власти в глазах мусульман. Организация «Братья-мусульмане» начала активно участвовать в религиозных и культурных дебатах, завоевывая поддержку там, где отсутствовал прямой государственный контроль — в студенческих союзах, профессиональных объединениях, включая профсоюзы врачей общего профиля, дантистов, инженеров, фармацевтов и даже юристов. В 1987 году на парламентских выборах «Братья-мусульмане» получили 60 мест в коалиции с Социалистической рабочей партией, что доказало их популярность у набожного и образованного среднего класса.

Боевики довольно долго прятались. Кого-то арестовали в 1981 году и, освободившись в 1984 году, они сформировали тайное общество «Джамаа Исламийя» («Исламская группа») под руководством шейха Умара Абд аль-Рахмана, муфтия убийц Садата. Другие, как врач Айман аль-Завахири, лидер организации «Аль-Джихад», покинули страну и отправились в Афганистан. Конечно, правительство надеялось, что они уже не вернутся. Однако после распада СССР боевики вернулись в Египет закаленными в боях, уверенными в своей непобедимости и в праведности своего пути.

Две экстремистские группировки, «Джамаа Исламийя» и «Аль-Джихад», в 1992–1997 годах развязали жестокий террор против режима Мубарака. «Джамаа Исламийя» устраивала волнения и провоцировала нападения на коптов в Верхнем Египте с конца 1980-х годов, а возвращение в 1992 году афганских ветеранов привело к началу более масштабных действий. Новая эра насилия, характеризующаяся убийством видных политиков, нападениями на туристов, созданием в городах районов под контролем исламистов, куда ни правительственные чиновники, ни посторонние войти не могут, началась с убийства либерального писателя Фарака Фуада боевиками «Джамаа Исламийя» 8 июня 1992 года. Фуад был неутомимым и непримиримым критиком исламского фундаментализма, он высмеивал такие нелепые заявления фанатиков, как, например: «Каирская башня противоречит религии и исламскому закону шариата. Она должна быть разрушена, поскольку ее форма и расположение среди зелени могут возбуждать египетских женщин». Смерть писателя, по-видимому, должна внушить страх любому, кто осмелится выступать против исламистов. Атака на секуляризм продолжилась покушением на крупного романиста Нагиба Махфуза, которого называют «египетским Диккенсом», первого арабского писателя, получившего Нобелевскую премию по литературе (1988); Махфуз едва избежал смерти после того, как его ударил ножом в шею один из членов «Джамаа». Затем известный университетский профессор доктор Наср Абу Зайд был объявлен отступником за то, что занимался литературным анализом Корана; его заставляли развестись с женой под предлогом, что отступник не может быть женат на мусульманке. Супругам пришлось покинуть страну и переселиться в Нидерланды после неоднократных угроз убийства.

Разделение Мубараком исламистов на умеренных и радикалов не ослабило исламистское движение. Напротив, некоторые «умеренные», действуя в рамках закона, на самом деле работали в тандеме с экстремистами, выявляли потенциальные цели для атаки, а затем защищали боевиков в суде, хотя на публике фальшиво осуждали теракты. Исламисты также стали заниматься благотворительностью, чтобы подчеркнуть свое мнимое миролюбие. После землетрясения 1992 года в Каире «Братья-мусульмане» предоставили палатки для 50 000 человек, оставшихся без крова; этот жест благоприятно контрастировал с некомпетентными действиями спасателей. Благотворительную деятельность в Имбаде, самом нищем и маргинальном районе Каира, постепенно прибрала к рукам «Джамаа Исламийя», так что со временем она подчинила себе всю социальную инфраструктуру этой густонаселенной части столицы. В ноябре 1992 года «Джамаа» объявила этот район независимой Исламской республикой; в течение следующего месяца 14 000 солдат арестовали 5000 экстремистов. Огромные суммы из бюджета были направлены на улучшение условий жизни в Имбаде, что позволило властям вернуть себе лояльность местного населения.

Экстремисты не успокоились, гибли сотни людей, постоянно совершались нападения на государственные объекты и персонал, на стратегические цели; известно не менее шести покушений на самого Мубарака, самая драматическая попытка состоялась в июне 1995 года в Аддис-Абебе. «Джамаа Исламийя» систематически преследовала туристов летом 1992 года, прикрываясь словами шейха Умара Абд аль-Рахмана: «Эта отрасль тесно связана с алкоголем и развратом, а потому должна быть запрещена на основании религиозных законов». Спорадические нападения на поезда, круизные суда, туристические автобусы, отели и другие объекты продолжались в течение нескольких лет, кульминацией стала атака в Луксоре 17 ноября 1997 года, в ходе которой на ступенях храма Хатшепсут были застрелены 58 иностранных туристов и четверо египтян. Жестокость нанесла колоссальный ущерб имиджу Египта за границей — при том, что доходы от туризма составляют не менее одной пятой бюджета страны.

К счастью, это массовое убийство стало последним, предсмертным вздохом «Джамаа», которая к 1996 году оказалась под серьезным давлением со стороны правительства, принимавшего энергичные меры против экстремизма. Лучшие бойцы группировки были убиты или казнены, ее лидер шейх Абд аль-Рахман получил несколько пожизненных сроков в США за участие в организации в 1993 году взрыва во Всемирном торговом центре, а чрезмерное насилие, характерное для этой организации, постепенно привело к утрате ею популярности среди населения. «Джамаа» официально объявила о самороспуске в 1999 году, но расстрел в Луксоре стал ее последним насильственным актом на территории Египта.

После поражения дома часть египетских боевиков-исламистов вышла на международную арену. Многие египтяне пользуются уважением в фундаменталистских кругах как «мыслители и интеллектуалы» исламизма, но никто не превосходил в этом отношении лидера группировки «Аль-Джихад» Аймана аль-Завахири, вставшего на путь экстремизма после пыток в тюрьме при Мубараке. Вернувшись в Афганистан, Завахири объединил усилия с саудовским миллионером Усамой бен Ладеном, вскоре стал его правой рукой и главным стратегом и идеологом организации Бен Ладена, получившей название «Аль-Кайеда» («Основа») и представляющей собой свободную сеть военизированных группировок и бригад, во многие из которых вошли египтяне из «Аль-Джихад».

В феврале 1998 года Аль-Завахири и Бен Ладен вместе объявили об основании Международного исламского фронта, направленного против евреев и «крестоносцев»; они выпустили воззвание, утверждавшее, что «каждый мусульманин, способный держать оружие, должен лично убивать американцев и их союзников, будь то гражданские или военные, в любой стране, где это только возможно». Взрывы в посольствах США в Кении и Танзании в том же году ознаменовали новый тип глобального терроризма — «зрелищного» и рассчитанного на медиа-сознание, позволяющего Бен Ладену мгновенно заявлять о себе всему миру.