Подводники Черноморского флота записали на свой счет 63 потопленных и 13 поврежденных транспортных судов противника. За войну, по советским данным, противник потерял на театре 466 боевых и вспомогательных судов и 324 транспорта, причем достоверными считаются цифры 279 и 217 соответственно. Основные потери, в том числе шесть подводных лодок, немцы понесли от воздействия авиации в 1943–1944 годах, из них более 50% — в базах.

После «черного дня» 6 октября 1943 года Верховный Главнокомандующий распорядился перевести все крупные корабли Черноморского флота в резерв Ставки — Сталину нужно было оставить хоть что-то, способное «нести флаг» после войны. Участия в боевых действиях они больше не принимали. К этому времени флот потерял один крейсер, три лидера, 11 эсминцев (в строю оставались «Сообразительный», «Бойкий» и два «Новика» образца 1917 года — «Незаможник» и «Железняков»; в капитальном ремонте до конца 1944 года находился ЭМ «Бодрый»), 18 подводных лодок. Потери в малых кораблях и судах не подсчитаны до сих пор, многие из них числятся пропавшими без вести, но общий счет здесь идет на сотни. Германские катерники потопили 20 и повредили одно советское судно. Суммарные потери советского флота на Черном море относительно потерь противника за весь период войны оцениваются как 1:0,6 и в общем несоразмерно велики по сравнению с нанесенным неприятелю ущербом.

Как традиционно повелось в новой и новейшей истории России, основную роль моряки играли на суше. Морские стрелковые бригады и батальоны участвовали в обороне Одессы, Севастополя, Сталинграда, Таманского полуострова, Туапсе, Новороссийска. В ходе битвы за Кавказ Черноморский флот выделил около 40 тысяч бойцов морской пехоты и береговой охраны, 150 береговых и 200 зенитных орудий, 250 самолетов, 250 кораблей и судов — в состав Приморской, затем Черноморской групп. Всего же в масштабе ВМФ с кораблей на фронт ушло более 400 тысяч человек.

К 1 сентября под Новороссийском наименее защищенными оказались подступы к городу с запада. Это объяснялось тем, что недостаточное количество войск в 47-й армии не позволяло заблаговременно занять подготовленные позиции на внутреннем оборонительном обводе. Кроме того, отсутствие резервов не давало возможности командованию армии проводить контратаки, и части с боями отходили в горный район северо-восточнее Новороссийска. В связи с выходом немецко-румынских войск к внешнему обводу оборонительного района командующий фронтом приказал главные силы 47-й армии сосредоточить на направлении Неберджаевской и Верхне–Баканского. Из резерва фронта в армию передавалась 318-я стрелковая дивизия под командованием полковника В.А. Вруцкого.

Это было последнее решение, принятое маршалом Буденным. 1 сентября Ставка ВГК преобразовала Северо–Кавказский фронт в Черноморскую группу войск Закавказского фронта под командованием генерал-полковника Я.Т. Черевиченко. В группу вошли войска 12-й, 18-й, 47-й и 56-й армий, 4-й гвардейский кавалерийский корпус. Буденный остался не у дел. Впрочем, замена была равноценная: один кавалерист (по уровню мышления) времен Гражданской войны сменил другого.

Если обратиться к официальной биографии Черевиченко, то видно, что человек всю жизнь упорно учился на полководца: окончил кавалерийские курсы, высшую кавалерийскую школу, кавалерийские курсы усовершенствования комсостава, военно-политические курсы командиров-единоначальников и, наконец, Военную академию имени М.В. Фрунзе в 1935 году. Вроде бы очень грамотный генерал. Однако в собственноручно написанной автобиографии все выглядит гораздо более прозаично: «Общее образование: окончил сельскую школу в 1910 году, в 1935 году сдал за десятилетку при Военной академии имени Фрунзе». Было в те поры нашему «Ломоносову» сорок лет от роду, и дальше устройства лошади его образование не простиралось. И ничего, до поры до времени командовал армиями и фронтами.

С 1 по 6 сентября были сформированы и направлены на защиту Новороссийска два батальона, влившиеся в состав 83-й морской бригады. Из Туапсе и Поти прибыли 15, 16 и 17-й батальоны морской пехоты общей численностью 3400 человек, сколоченные в 200-й морской полк. Из прибывших защитников Таманского полуострова сформировали 2-ю бригаду морской пехоты четырехбатальонного состава. В боевые порядки береговой артиллерии флота включили береговые и зенитные батареи Азовской флотилии и Керченской военно-морской базы, выдвинутые на передовые позиции. Из кораблей Черноморского флота была создана группа артиллерийской поддержки Новороссийского оборонительного района.

С утра 4 сентября немцы попытались прорваться к городу со стороны Неберджаевской. В контратаку совместно с 1-й сводной бригадой был брошен полк морской пехоты. Их активно поддерживала береговая и корабельная артиллерия. Лидер «Харьков» и эсминец «Сообразительный» произвели огневой налет по скоплениям вражеских войск. Об эффективности этого артиллерийского налета говорит запись в журнале боевых действий группы армий «А»: «Противник вел концентрированный огонь тяжелой артиллерией с военных кораблей и причинил нашим частям большие потери».

Однако усилия отдельных частей и подразделений не координировались штабом 47-й армии. Генерал Котов и его штаб не сумели наладить связь с войсками и мобилизовать все силы на отпор врагу. Вскоре немцам удалось захватить перевал Волчьи Ворота, Абрау–Дюрсо и Южную Озерейку, а с рассветом 6 сентября выйти на дорогу Неберджаевская–Мефодиевский и прорваться к северо-западным окраинам Новороссийска.

Усилив свою группировку частями, переброшенными из Крыма, и тремя батальонами танков, противник продолжал рваться к Новороссийску. 7 сентября немцы устремились в промежутки между опорными пунктами 47-й армии. В тот же день части 9-й пехотной дивизии прорвались к северной окраине Новороссийска, захватили железнодорожный вокзал, потом элеватор и порт. Завязались уличные бои.

В этот период Военный совет фронта сместил с должности Котова и назначил командующим 47-й армией генерала A.A. Гречко. Прибывший в Новороссийск вместе с новым командармом новый ЧВС армии генерал Е.Е. Мальцев так описал сложившуюся обстановку: «Картина выяснялась, в общем-то, неприглядная. Слабым было взаимодействие пехоты, артиллерии, авиации и флота. Не чувствовалось твердой руки командующего, Военного совета армии. Рода войск действовали, в сущности, сами по себе. Со многими частями штаб не имел связи. Бойцы каждой войсковой единицы, входившей в состав 47-й армии, героически сражались с наседавшим противником, но между ними не было взаимосвязи, не существовало единого и четкого плана обороны, потому подчас уязвимые места на стыках и флангах частей и соединений оставались открытыми, без укреплений, без войск. Резервы были израсходованы».

К исходу 9 сентября противник занял большую часть западного района города. В ночь на 10-е Новороссийск был оставлен. Защитники города отошли и закрепились на восточном берегу Цемесской бухты.

До 15 сентября войска левого фланга 47-й армии отбивали атаки противника, пытавшегося прорваться вдоль побережья к Туапсе.

Все это время лекциями, семинарами и наглядной агитацией вдохновлял бойцов на подвиги сонм политработников. Вдохновенно рассказывает о работе политотдела армии его бывший начальник генерал М.Х. Калашник: «Всем многообразием форм и методов партийно-политической работы мы стремились укрепить у солдат уверенность в том, что мы должны, мы можем выстоять… На ротных и батальонных митингах, в беседах и докладах… Частые выезды в войска, беседы с командирами соединений и начальниками политорганов, с комиссарами частей, с солдатами и офицерами занимали уйму времени. Для отдыха его почти не оставалось». Количество этих дармоедов в Красной Армии просто не поддается никакому учету, все они, надувая шеки, рассказывают, как ковали победу, «воспитывая людей в духе непоколебимой стойкости».