Рассказы Пояркова о богатстве края и его обитателях побудили Хабарова в 1649 году явиться к якутскому воеводе Дмитрию Андреевичу Францбекову с просьбою дозволить ему идти на Амур, набрав с собою вольных людей, которых он будет содержать на свой счет. Ерофей (Павлович) Хабаров был сольвычегодский уроженец, промышленник. Цель этого похода состояла в приведении дауров в ясачное положение. 6 марта 1649 года якутский воевода дал ему наказную память и несколько казаков. Отряд Хабарова, при отправлении из Якутска, состоял из 70 человек. Хабаров не следовал по тому пути, по которому шел Поярков; тунгусы показали ему другую дорогу на Амур, а именно: по рекам Олекме и Тунгиру, затем волоком через Становой хребет на реку Урку, а по ней до реки Амура.

В первое лето 1649 года Хабаров дошел до устья Тунгира. 18 января 1650 года он пошел вверх по реке Тунгиру, перевалил через хребет и достиг реки Амура. Имея с собой мало людей, Хабаров вернулся тем же путем в Якутск. Якутский воевода дозволил ему набрать больше людей, и Хабаров в 1651 году снова отправился на Амур, остановился при устье речки Албазин и основал город того же названия. Отсюда он со своей командой пошел вниз по реке.

Первое встреченное им от Албазина место состояло из трех городков. Хабаров, пробыв здесь 6 недель, поплыл вниз по Амуру и достиг устья реки Зеи, ниже которой, на правом берегу Амура, стоял город Толчин. Жители этого города и окрестностей приняли присягу в верности русским и обязались платить ясак, но после этого все они бежали. Хабаров сжег Толчин и пошел вниз по Амуру; шесть дней он плыл до Шунгала. За Шунгалом жили ачане, у них, около устья Уссури, Хабаров остался зимовать в большом Ачанс-ком улусе. Укрепившись в нем, он отрядил сотню людей из своей команды, вверх по Амуру, искать добычи. Туземцы в числе 1000 человек напали на 70 русских, оставшихся в Ачанске; русские отразили это нападение: ачане и дауры бежали.

Отправленная партия вернулась с судами, нагруженными добычей и продовольствием. Хабаров начал приводить Ачанск в оборонительное положение. Такая предосторожность оказалась не лишней. Отраженные нашими казаками дучеры и ачане просили помощи у маньчжуров, и наместник китайского богдохана в Маньчжурии приказал князю Изинею в городе Нюмгуте (Нингута) собрать войско и итти на русских. 2000 маньчжуров, с князем Изинеем, отправились на помощь ачанам и дучерам; три месяца шло это войско до местопребывания Хабарова; оно имело 8 пушек, 30 фузей и 12 папардов (орудие из глины, употреблявшееся для подорвания стен). 24 марта 1652 года маньчжуры подошли под Ачанский город и открыли по нему пальбу. Целый день с обеих сторон шла перестрелка; неприятель успел сделать пролом в стене и ворвался в город. Хабаров отбил это нападение и затем сделал вылазку, взяв у неприятеля две самые большие пушки и обратив их на него.

Неприятель, потеряв 670 человек убитыми и большую часть запасов, отступил. С открытием навигации Хабаров отправился вверх по реке для избрания расположенного ближе к Якутску места, откуда можно было бы иметь помощь в случае вторичного нападения маньчжуров. Между Шунгалом и Зеей Хабаров встретил 140 казаков, посланных к нему из Якутска с порохом и свинцом. Соединившись с ними и продолжая путь далее, вверх по Амуру, он намеревался поставить на устье Зеи острог, но здесь начались несогласия и раздоры в его отряде, из которого 100 человек бежало на грабеж. Лишенный более трети своего отряда, Хабаров должен был оставить свое намерение и, продолжая подниматься с остальными людьми вверх по реке, достиг устья реки Кумары, где построил укрепленный острог. С нарочными людьми, отправленными отсюда в Якутск, Хабаров требовал оттуда подкрепления в 600 человек для завоевания реки Амура, но из Якутска не могли послать такого большого отряда и с теми же посланцами написали об этом просьбу в Москву.

В Москве, еще до прибытия этих посланцев, вследствие полученных от якутского воеводы донесений о действиях Пояркова и Хабарова на Амуре, решено было отправить к Хабарову помощь и восстановить порядок. С этой целью в 1652 году послан был из Москвы дворянин Дмитрий Иванович Зиновьев, которому было поручено: поощрить казаков на Амуре, прибавить к находящейся там команде 150 человек, усилить их снарядами и наконец приготовить все нужное к отправлению на Амур 3000 войска, которое предполагалось двинуть туда под командой князя Ивана Ивановича Лобанова-Ростовского. Предложение это, однако, не осуществилось, а между тем слава о Приамурском крае все более и более распространялась по Сибири. Все население Лены до Верхоленска стремилось туда, и многие бежали тайно, так что необходимо было принять меры для прекращения побегов.

Зиновьев прибыл на Амур в августе 1653 года и встретился с Хабаровым в устье реки Зеи. Его прибытие не порадовало казаков, потому что он главным образом приехал для того, чтобы восстановить порядок в этой вольнице и по возможности обратить их к земледелию. Последнее было особенно необходимо, чтобы заготовить продовольствие для войска, которое предполагалось сюда отправить. Казаки не были привычны к такому труду, они до тех пор ходили по Амуру только с целью поживы.

К неудовольствию казаков Зиновьев взял в Москву Хабарова, а вместо него оставил Онуфрия Степанова. В Москве Хабаров был принят милостиво и пожалован саном боярина, но на Амур уже более не поехал.

Степанов с устья Зеи, из Зейского острога, отправился вниз по Амуру, входил в реку Шунгал, добыл там много хлеба и зимовал у дучеров (близ Хинганского хребта, около устья реки Бурей). Весной 1654 года он пошел вверх по Шунгалу и после трехдневного плавания встретился с маньчжурским отрядом. Последний не хотел пускать его далее, вверх по реке, но после краткого боя русские обратили отряд в бегство. Степанов собрал ясак с дауров, дучеров и ачан и расположился зимовать в Зейском остроге. Вскоре после этого из Енисейска через Байкал на подкрепление Степанову прибыл сотник Петр Бекетов. На пути, у устья реки Нерчи, он основал Нерченский острог. Бекетов и Степанов на зиму расположились в Кумарском, Албазинском и Зейском острогах; они подчинили владычеству России все завоевания Хабарова, то есть земли дауров, дучеров, гольдов, наткисов, гиляков и страну вверх по течению Шунгала, до хребта. Главные наши силы на Амуре были тогда сосредоточены в Кумарском остроге.

Маньчжуры так много терпели от наших казаков, ходивших даже внутрь их страны, что решились удалить русских из Кумарского острога. Для этого в 1655 году они собрали до 10 000 войска с 15 орудиями и повели осаду острога. 20 марта они начали стрелять по острогу и в ночь с 24-го на 25-е число сделали приступ, но русские отбили их и обратили в бегство. Неприятель снял осаду и отступил, потерпев большой урон в людях: у него было взято 2 пушки, до 800 ядер и более 30 пудов пороха (около 500 кг). Собранный с покоренного Приамурского края ясак и отбитые у маньчжуров трофеи Степанов отправил в Москву. Там, по получении этих известий, предположено было сделать из Приамурского края особое воеводство, совершенно отдельное от Якутского и Нерчинского, но для этого ожидали окончательного нашего утверждения на Амуре. На следующий год (1656) Степанов из Кумарского отстрога поплыл вниз по Амуру, входил в реку Сунгари и поднимался по ней до маньчжурского города Нингуты, взял здесь огромное количество хлеба и других продовольственных запасов и, отправив все это нашим острогам, сам поплыл вниз по реке. У гиляков, против устья реки Амгуни, он построил Косогорский острог, в котором остался зимовать. На следующий 1657 год, собрав с гиляков и наткисов богатый ясак, Степанов пошел вверх по Амуру; на этом пути он встретил берега пустыми и все селения разрушенными. По призыву китайского богдохана все жители с Амура переселились внутрь Маньчжурии; казакам, чтобы не умереть с голоду, пришлось трудиться самим. Степанов был в величайшем затруднении: казаки, не привыкшие ни к дисциплине, ни к труду, начали производить набеги на маньчжуров и грабить их. Повелений из Москвы — жить мирно с туземцами и маньчжурами и отнюдь не производить набегов и грабительства — казаки и вольница не слушали: на Амуре была полная анархия. Между тем в 1656 году приказом из Москвы воеводой в Нерчинский край был назначен енисейский воевода Афанасий Филиппович Пашков; ему же поручено было иметь главное начальство и на Амуре. Пашков, следуя на Амур в 1658 году, укрепил Нерчинск и основал здесь главное свое местопребывание. Степанову на Амур он послал указ и строжайшее подтверждение, чтобы казаки не ходили в Маньчжурию, а занимались хлебопашеством и вообще чтобы не производили набегов и грабительств, а жили бы мирно. Несмотря на это, Степанов с 500 казаков отправился на фуражировку, вверх по реке Сунгари, в Маньчжурию и там встретился с большой силой маньчжуров. Произошла упорная битва: 270 казаков и с ними Степанов были убиты, остальные бежали; часть из них вернулась в Якутск, а 17 человек в 1661 году явились с этим известием в Нерчинск к воеводе Пашкову. С этих пор до 1665 года на Амуре не произошло ничего замечательного.