Роман Нестеров и его младший брат Павел служили на одной из подмосковных военных баз. В ночь превращения столицы в то, что впоследствии станет известно всему миру как Московская Аномальная Зона, братья вместе с другими солдатами оказались в составе сил сдерживания, которые первыми оцепили город. Однако, нарушив приказ, Нестеровы отправились в гибнущий мегаполис в надежде спасти своих близких. К сожалению, они не успели. Братья обнаружили родной многоквартирный дом охваченным пламенем.

Поскольку приказ не входить в город исходил не от командования, а от неизвестных, перехвативших связь, военный трибунал признал всех отказавшихся подчиниться солдат невиновными. В том числе и братьев Нестеровых, которых после всех проверок в карантине восстановили в званиях и вернули на службу. Из многомиллионного населения Москвы спаслась едва ли половина. Ни родителей Нестеровых, ни жены и сына Павла в списках выживших не было.

Братья продолжили военную службу теперь уже в составе Изоляционных Сил, охранявших территорию Московской Зоны и строительные бригады, возводившие Периметр – огромную многометровую стену вокруг бывшей столицы. Именно тогда Нестеровы и встретили Рене Декарта, бывшего сталкера, работавшего еще в Старой Зоне в Чернобыле, а сейчас сотрудничающего с Центром Аномальных Явлений (ЦАЯ). Центр – международная организация, занимавшаяся изучением Аномальных Зон, – создавал подконтрольные подразделения сталкеров для проведения исследовательских операций в Зонах по всему миру. Декарт же в свою очередь должен был возглавить такое подразделение в Московской Зоне. Среди прочих кандидатур он выбрал и двух молодых солдат Изоляционных Сил, весьма неплохо показавших себя во время нескольких вылазок в Зону. Так Роман и Павел Нестеровы стали правительственными сталкерами.

Время шло, организация разрасталась, Нестеровы вместе со своей командой успешно выполняли все новые контракты. Пока одной злополучной ночью, уводя от преследования отряд ученых, Павел Нестеров не попал в аномалию. Роману и остальным пришлось оставить Павла, чтобы довести сотрудников ЦАЯ до безопасного места. Когда же Роман вернулся за братом, того уже не было. Все следы уничтожил огонь, поглотивший заброшенный торговый центр, где отряд попал в ловушку. Единственное, что сумел найти Роман, это любимую зажигалку брата. Официально Павла Нестерова признали погибшим во время операции в Зоне.

С этого момента прошло пять лет.

Роман Нестеров продолжал работать на ЦАЯ в составе организации «Декартовы координаты» вместе со своими друзьями-сталкерами Владимиром Свистуновым и Анной Волковой. Единственное, чем после гибели брата не занимался Роман, – это сопровождение людей за Периметр. Но у судьбы на это были другие планы, и над Московской Аномальной Зоной потерпел крушение новейший самолет-разведчик с «Призмой искажения» – устройством, позволяющим избегать воздушных аномалий, – на борту. Под давлением Декарта Роман согласился на предложение провести на территорию Зоны группу ученых и бойцов оружейной корпорации «West Gate Aromrings», чтобы снять с обломков самолета «Призму».

Однако достаточно простой на первый взгляд заказ внезапно осложнился тем, что желающих наложить руки на секретную разработку было слишком много. Продажный полковник Курский из Дивизии Охраны Периметра, наемники и даже агенты иностранных спецслужб. Все они стремились захватить «Призму», не оставив при этом живых свидетелей. Одновременно с выходом группы Нестерова на территорию Зоны с прошедшего под радарами самолета высадился отряд оперативников американского Центрального Разведывательного Управления.

А параллельно с этими событиями в Московскую Зону прибыли Александр Хофф – наемник частной военной компании «Blindwater» – и его сослуживцы. Их наниматели в российских Изоляционных Силах хотели, чтобы наемники помогли разместить установки новых систем связи на крупнейших московских высотках – здании МГУ, небоскребах Москва-Сити и Останкинской телебашне. В заброшенном здании МГУ, одержимом призрачными тенями и ожившими фантомами, и в небоскребах Москва-Сити, населенных обезумевшими зомбированными сталкерами, наемники понесли огромные потери. Хофф же во время этих операций подвергся воздействию псионического излучения от местных аномалий и вступил в контакт с неисследованным артефактом, что привлекло к нему внимание некоего загадочного подразделения ЦАЯ, возглавляемого Алексеем Брагиным.

В это же время при высадке отряд американских агентов попал в скопление аномалий. Большинство бойцов погибли, но командующий операцией майор Эдвард Макмиллан с горсткой уцелевших продолжили задание. На надувных лодках они выдвинулись по Москве-реке от башен Москва-Сити в сторону центра города.

Отряд Нестерова тем временем добрался до Садового кольца, где на бронетранспортере ушел от преследующих их военных. Однако те настигли их в здании Ленинградского вокзала. Напарник Романа, Владимир, оказался предателем, который все это время вел людей полковника Курского по их следу. Военные уже собирались казнить сталкеров, но тех спасла погодная аномалия – неожиданно начавшаяся над площадью Трех Вокзалов метель.

Роману вместе с отрядом удалось вырваться из засады военных в здании Ленинградского вокзала и добраться до Останкинской телебашни. Под видом техника из инженерной бригады сталкер проник в лагерь наемников, устанавливающих последний из трех комплексов связи, и, захватив пилота, угнал для группы десантный вертолет. После этого отряд добрался до Сокольнического парка и, войдя внутрь, снял-таки наконец с самолета-разведчика «Призму искажения». Радость от этого события, впрочем, была недолгой, поскольку люди Макмиллана, находившиеся все это время в засаде, напали на сталкеров и смогли отбить у них ученых и «Призму». Неизвестно, как бы развернулись дальнейшие события, но в этот момент появились обитавшие в парке волки-мутанты. В результате схватки с тварями большая часть оперативников ЦРУ погибла, а Нестеров оказался отрезан от остальных членов своего отряда.

Сталкер с трудом сумел выбраться из парка, но у выхода его уже ждали наемники из «Blindwater». В себя Нестеров пришел только на их аванпосте – в здании заброшенного университета. Поскольку наемники были связаны контрактами с российскими Изоляционными Силами и ЦАЯ, они согласились помочь Роману вернуть «Призму». Нестеров воссоединился со своими товарищами, добравшимися до базы наемников. Как выяснилось, Владимир все это время также работал и на Изоляционные Силы и все его «предательство» было лишь частью плана по выведению полковника Курского на чистую воду. Благодаря этому глава Московского военного округа генерал Василевский сумел раскрыть заговор Курского и арестовать его. Военные, воспользовавшись новыми системами связи, начали продвижение в город. Однако чудовищная буря вывела из строя передатчики, и большая часть солдат и бронетехники погибли в аномалиях.