В 1511 г. Албукерки с флотом из 15 судов и с 1600 воинами направляется к Малакке. Португальцы в то время знали, что Малакка — важнейший стратегический пункт на их пути к «островам пряностей» (Молуккским островам). В это время в Малакке было 100 000 вооруженных защитников. Малайцы имели сильные укрепления, а также значительный военный флот, которым командовал капитан из Гуджарата, имевший опыт войны с португальцами.

Подойдя с флотом к Малакке, Албукерки получил сообщение, что султан Малакки держит в плену нескольких португальских торговцев, корабли которых были захвачены и ограблены.

Султан выслал к Албукерки послов, которые сообщили ему о желании султана быть в мире с португальцами. Албукерки отправил письмо султану, потребовав освободить из плена тех португальцев, которые еще были живы, а также оплатить захваченные малайцами португальские товары. В ответном письме султан просил Албукерки сначала заключить с ним мир, после чего обещал вернуть христиан и компенсировать захваченные товары. Албукерки ответил жестким ультиматумом: полная компенсация и освобождение пленных — до заключения мира, иначе он атакует Малакку. Султан пытался продолжить переговоры, чтобы выиграть время, одновременно лихорадочно возводя оборонительные сооружения.

Узнав об этом, Албукерки направил султану, мягко выражаясь, резкое письмо с требованием немедленно освободить пленных португальцев и компенсировать награбленную собственность, угрожая в случае отказа разгромить его и лишить города. Поскольку это требование не было выполнено, Албукерки послал 10 кораблей с вооруженными людьми, которые открыли огонь по нескольким хижинам на берегу. До смерти перепуганный султан понял, что шутки плохи, и тотчас же приказал вернуть Албукерки всех пленных португальцев и повторил просьбу о заключении мира. В то же время султан ускорил свои приготовления к обороне города.

По свидетельству участника экспедиции Албукерки Томе Пиреша, «вице-король пытался, насколько он мог, избежать войны. Однако легкомыслие малайцев, безрассудное тщеславие и высокомерные советы яванцев и самонадеянность короля (султана) — все это, вместе взятое, заставило его отказаться от нашего желания мира. Они лишь попытались оттянуть время, с помощью малайских посланий, укрепляя, как могли, свои позиции, ибо они считали, что в мире не существует народа достаточно сильного, чтобы разгромить их».

За два часа до рассвета 25 июля 1511 г. португальцы начали высадку на берег. Под покровом темноты шлюпки бесшумно подплывали к берегу, и из них выскакивали закованные в броню, вооруженные мечами и щитами португальские воины. Вот как описывают эти события И. Можейко, Л. Седов и В. Тюрин в книге «С крестом и мушкетом»: «Почти одновременно передовые шлюпки правого и левого крыла подошли к мосту. Первым на берег выскочил, размахивая длинным мечом, дон Жуан да Лима. За ним с боевым кличем на мост ринулись португальцы из других шлюпок. Защитники моста, вооруженные луками и стрелами, а также длинными копьями и щитами, храбро встретили закованных в броню, умело орудующих мечами, несокрушимых в бешеном натиске португальцев. Лязг железа, пение стрел, звуки горнов, которыми подбадривали себя малайские воины, боевой клич португальцев — все слилось воедино в шуме кровавой битвы на мосту».

Султан подоспел на помощь защитникам моста с подкреплением и несколькими боевыми слонами.

На помощь малайцам шло также подкрепление из 700 яванских солдат, но Албукерки послал против них отряд своих воинов, который напал на яванцев и обратил их в бегство. Многие были сброшены в море и утонули. Видя, что султан пытается отступить и укрыться в горах, португальский отряд под командованием Жуана де Лима бросился его преследовать. Султан и его сын, поднимавшиеся в горы на слонах, увидев погоню, повернули назад с 2000 воинов. Португальцы атаковали слонов со своими пиками, и слоны, будучи ранены, дали стрекача и врезались в середину малайского войска, вызвав страшную панику и хаос. Слон, на котором ехал султан, будучи ранен, схватил погонщика хоботом и разорвал его на куски. Султан, который был тоже ранен, сполз со спины животного и, не будучи узнан в толчее, сумел спастись бегством вместе со своим сыном и зятем — королем Паханга. После преследования малайцев по улицам города и убийства многих из них Албукерки отступил к мосту и, возведя частоколы на обоих берегах реки, подверг артиллерийскому обстрелу город, в результате чего большая его часть, включая султанский дворец, были разрушены. На следующее утро султан послал спросить Албукерки, по какой причине он атаковал город и что он еще хочет. На это вице-король ответил, что, если его величество не станет вассалом короля Португалии, он сожжет весь город. Султан прислал уклончивый ответ, стараясь выиграть время, и тотчас же отдал приказ восстановить укрепления и снабдить их двойным количеством пушек. Мост также был сильно укреплен, и были сделаны всевозможные приготовления, чтобы противостоять второй атаке португальцев.

Албукерки находился в состоянии сомнений и неопределенности, не зная, что делать дальше. Однако он чувствовал, что, если отступит и оставит Малакку во власти малайцев, торговля в Индийском океане будет навсегда потеряна для португальцев.

Албукерки был не таким человеком, который психологически ломается при первой неудаче.

В этой ситуации Албукерки решил заручиться поддержкой могущественных союзников. Он попросил капитанов двух китайских джонок, направлявшихся в Сиам, захватить с собой Дуарти Фернандиша, снабдив его письмом к правителю Сиама с предложением мира и дружбы.

В то время, когда Албукерки готовился к новому штурму Малакки, среди капитанов возникло недовольство, они были против строительства крепости в Малакке.

Поэтому Албукерки созвал собрание капитанов и в длинной речи изложил свою точку зрении, которая заключалась в том, что, если португальцы возьмут Малакку, Каир и Мекка придут в полный упадок и Венеция не сможет получать специи, вследствие чего ее купцы вынуждены будут покупать их в Португалии. Большинство капитанов согласились с точкой зрения Албукерки, и было решено предпринять второй штурм Малакки. Малайцы бежали с моста и отступили к частоколу. Но там Албукерки высадил своих людей, которые обрушились на них и после жестокой битвы выбили их оттуда. После этого Албукерки сам обосновался на мосту и послал две роты с приказами, чтобы одна из них заняла мечеть, а другая позицию у входа в улицу, ведущую к мосту. Эта последняя позиция была занята без особого труда, но защитники мечети, среди которых был султан с большим отрядом воинов и слонов, сражались героически. Однако, в конце концов, их сопротивление было сломлено, и они бежали, преследуемые португальцами, которых самих в свою очередь преследовали большие отряды малайцев. Когда Албукерки узнал, что его люди подверглись нападению стыла, он поспешил к ним на помощь с ротой солдат, и когда два португальских отряда соединились, они пробили себе путь назад.

Вот как описывал английский историк Дэнверс в книге «Португальцы в Индии» эти события: «Как только мавры были изгнаны из Малакки, Албукерки дал разрешение на разграбление города… Он приказал, чтобы все малайцы и мавры предавались смерти. Огромное число мужчин, женщин и детей было убито, и при этом было захвачено 3000 пушек, 2000 из которых были отлиты из бронзы… Среди других взятых вещей были 6 огромных бронзовых львов, которых Албукерки намеревался сохранить для своей будущей могилы, и много других вещей, которые он предполагал послать в Португалию королю Мануэ-лу, но все это утонуло во время кораблекрушения “Флор де ла мар” на обратном пути в Индию.