Главными виновниками этих конфликтов португальцы всегда считали мусульман (мавров)» Поэтому, предоставляя индийским раджам оружие, необходимое им для взаимных разборок, португальцы всегда ставили условие, что оно будет использоваться и против мусульман. Так, в 1548 г. на этих условиях оружие было предоставлено Кранганору.

Такие договоры были чрезвычайно выгодны португальцам, так как делали индийских правителей зависимыми от них в военной сфере.

Упорное сопротивление португальской колониальной экспансии оказал султан Камбея Бахадур-шах (1529—1537). В начале 1531 г. флот во главе с вице-королем Нуну да Куньей вторгся в Камбей, овладел Даманом и подошел к Диу. Вице-король обещал награды трем солдатам, которые первыми взберутся на стены Диу, когда начнется его штурм. 7 февраля 1531 г. Нуну да Кунья направил к берегу лодку с белым флагом для переговоров. В лодке вернулся знатный индиец, которому вице-король сообщил, что намерен взять Диу штурмом, если султан Камбея не подпишет с ним договор о мире. Не получив ответа, португальцы на следующий день высадились на берег и подготовились к штурму. Диу, расположенный на скалистом острове, защищали 10 000 человек и значительное число больших пушек, а вход в пролив между островом и материком был перегорожен массивными цепями, натянутыми между судами, заполненными лучниками и мушкетерами.

16 февраля 1531 г. был дан сигнал к штурму, и весь португальский флот начал атаку на город, бомбардируя его с утра до вечера.

Однако мощным стенам крепости не было причинено сколько-нибудь заметного ущерба. На собранном вице-королем совете офицеров было решено прекратить осаду Диу. Нуну да Кунья вернулся в Гоа 1 марта 1531 г.

Однако через три года Бахадур-шах обратился к Нуну да Кунье с просьбой о помощи в войне против могольского императора Хумаюна, который уже захватил часть его территории. В сентябре 1534 г. был подписан договор, по которому король Португалии и султан Камбея вступили в военный союз, для чего должен был быть построен форт в Диу.

Нуну да Кунья энергично приступил к строительству форта, которое было закончено в 1536 г. Форт был поставлен под командование Мануэла де Соуза с гарнизоном в 900 солдат и 60 больших пушек.

После завершения строительства крепости в Диу португальцы почувствовали себя гораздо увереннее и начали вести себя в Индии нагло и бесцеремонно. Они вмешались в войну между раджами Каликута и Кочина в 1536 г. на стороне Кочина. В Диу была построена церковь Св. Фомы, которая в 1544 г. была превращена в собор Кастелу.

Такие действия португальских колонизаторов вызвали крайнее недовольство и возмущение Бахадур-шаха, который чувствовал, что его суверенитет ущемляется и попирается захватчиками. Сожалея об уступках, предоставленных португальцам, он решил избавиться от чужеземного ига и призвал правителей Малабара изгнать португальцев из Индии. Одновременно с просьбой о помощи он обратился к турецкому султану Сулейману I Великолепному, и тот немедленно ответил согласием. В марте 1537 г. португальцы заманили Бахадур-шаха в западню в Дели, где он был убит.

В середине XVI в. вокруг португальских крепостей жили группы женатых португальцев, однако они не были достаточно защищены в военном отношении. Поэтому вице-король Константину де Браганса послал из Гоа флот и солдат, чтобы укрепить Малабарское побережье.

Этот вице-король пытался решить проблемы Малабара, назначая требовательных и строгих комендантов крепостей. Это привело к серьезным конфликтам с местными правителями, которые прежде имели хорошие отношения с португальцами. Так, новый комендант крепости Кананора вскоре вступил в конфликт с раджой, в результате чего вспыхнули мусульманские волнения. С этого времени начались так называемые «малабарские войны», продолжавшиеся почти до конца правления Константину. В ходе этих войн был убит инспектор финансов, прибывший в Кочин для погрузки корабля. Восстание охватило огромную территорию от Дели до мыса Коморин. Португальцам удалось подавить это широкомасштабное восстание мусульман только после того, как они подтянули к Малабарскому побережью свои военные суда из Китая, Молукк, Малакки, Бенгелы и других мест.

Малабарские монархи, за исключением саморина Каликута, в ходе восстания сохраняли нейтралитет и ограничились тем, что наблюдали за военными действиями между португальцами и маврами. Ситуация мало изменилась и после того, как в 1561 г. Константину де Браганса уступил пост вице-короля графу Франсиску Коутинью. Самое крупное восстание мусульман имело место в 1571 г., когда они овладели крепостью в Чауле.

В 1567 г. португальские колониальные власти запретили маврам и «неверным» плавать на португальских военных судах. Было запрещено также продавать им корабли и оружие, которое могло быть использовано против христиан. Предписывалось также установить строжайший контроль над селитрой, ввозимой в крепости для изготовления пороха, поскольку она могла попасть в руки «неверных».

К середине XVI в. португальцы убедились в том, что их крепости не в состоянии решить существующие проблемы.

В начале 60-х гг. XVI в. появилась идея разделить огромные португальские владения в Индии на три административных района, чтобы легче было ими управлять. Но вскоре пришлось отказаться от этой идеи, так как между администраторами постоянно возникали трения. Мини-войны, ставшие в Индии обычным делом, вынуждали комендантов крепостей заключать договоры с индийскими раджами, поскольку вице-короли уже были не в состоянии осуществлять контроль над всей территорией.

Португальцы впервые появились на Цейлоне в 1505 г., ровно через семь лет после того, как Васко да Гама высадился на западном берегу Индии. По прибытии они установили контакты с королем Котте — самым могущественным государством Цейлона.

Португальцы имели две цели — сооружение опорных военных фортов и вывоз пряностей и других товаров.

В 1518 г. эскадра из 17 кораблей под командованием вице-короля Лопу Соариша де Албергариа прибыла на Цейлон и с разрешения короля Котте, согласившегося стать вассалом и данником короля Португалии, построила там форт Коломбо, вскоре превратившийся в опорную и торговую базу на Цейлоне.

Короля Котте приперли к стенке, и ему пришлось «добровольно-принудительно» платить королю Португалии ежегодную дань (400 мешков корицы и 100 слонов).

В 1521 г. на Цейлоне вспыхнуло восстание, окончившееся убийством короля. На троне оказался его старший сын Бхуванайка. Но два его брата возглавили маленькие государства, причем один из них — Майадуне — обосновался в Ситавака, в 30 милях от Коломбо. Между тремя братьями, как это часто бывает, разразилась междоусобная война.

Чтобы удержаться у власти, Бхуванайка вынужден был «бить челом» перед португальцами, нижайше прося у них помощи. А Майадуне обратился за помощью к злейшему врагу португальцев — правителю Каликута. В последнее время Майадуне постоянно прибегал к помощи военно-морских сил Каликута, в то время как Бхуванайка знал, что мог рассчитывать на помощь португальских эскадр. В то же время Бхуванайка сохранял определенную степень независимости и не стал португальской марионеткой. Это видно из того, что он отказался принять христианство.