Гарун был человеком подозрительным и, похоже, страдал расстройством личности. Будучи злопамятным, он имел привычку истолковывать даже нейтральные или положительные поступки как угрозу или оскорбление в свой адрес. Как человек самовлюбленный, он также немедленно вспыхивал, если чувствовал угрозу своему статусу со стороны.

Еще с молодости Гарун ненавидел шиитов — последователей Али ибн Абу Талиба, двоюродного брата пророка Мухаммеда. Аббасиды утверждали, что они истинные родственники пророка, ведущие свой род от дяди Мухаммеда Аббаса. Шииты, в свою очередь, придерживались мнения, что прямые наследники Мухаммеда ведут свой род от Али.

Придворные поэты Гаруна насмехались над шиитами, но Бармакиды не одобряли такую ненависть со стороны халифа и считали преследование шиитов преступлением. Шииты, собиравшиеся у Джафара, жаловались на гонения со стороны Гаруна. Джафар со своей стороны делал все, чтобы эти жалобы не доходили до ушей халифа, и это весьма раздражало последнего.

Последователи Али подняли восстание в Хорасане, что на территории Ирана. Возглавлял мятеж тезка визиря Гаруна генерал Яхья ибн Абдулла, чей брат Мухаммед погиб в сражении против войск халифа Абу аль-Мансура. В 792 году Гарун отправил аль-Фадля — сына своего визиря — уговорить Яхью прекратить восстание и приехать в Багдад на переговоры. Гарун подписал официальный указ о помиловании мятежного генерала. Когда Яхья прибыл в Багдад, Гарун решил бросить его за решетку и начал придумывать способы для разрыва договора. Он повелел своим сановникам найти лазейку в соглашении, и, когда они это сделали, ликующий Гарун приказал Джафару заключить Яхью в тюрьму. Джафар счел это решение несправедливым и отпустил мятежника на свободу. Однако он признался халифу в содеянном. Публично тот одобрил решение вельможи, но на самом деле Гарун лишь тянул время. Он уже принял решение покончить с Бармакидами, но для этого ему потребовалось еще много лет.

Постепенно Бармакиды узнали, на какие маниакальные приступы гнева способен халиф. Гарун аль-Рашид выходил из себя, если Яхья Бармакид приходил к нему без официального приглашения. Масрур получил приказ ни за что не пускать визиря к халифу в подобных случаях. Также Гарун дал Масруру приказ наблюдать за придворными, чтобы никто не думал вставать в знак почтения, когда появлялся Яхья. Люди также не должны были смотреть ему в глаза, обращаясь по имени, а если Яхья за столом хотел выпить воды, то ему нужно было просить прислужников несколько раз.

У Гаруна было множество шпионов, которые ежедневно доносили, чем занимались Бармакиды. В личных беседах Джафар ужасался тому, что генерал Аббасидов Абу Муслим без причин казнил воинов из Омейядского халифата. По мнению шпионов, это указывало на то, что Джафар готов передать власть шиитам — последователям Али.

Бармакиды 17 лет были визирями Гаруна. Они отвечали за управление халифатом и делали все, чтобы денежные реки текли в Багдад, обеспечивая роскошную жизнь при дворе. Однако 1 января 803 года этому был положен конец. Гарун дал Масруру приказ казнить Джафара.

Когда Масрур в ночи прибыл к Джафару и рассказал, что его ждет, Джафар попытался выиграть время. Он подозревал, что халиф отдал приказ, будучи под воздействием спиртного, и попросил Масрура дождаться, пока правитель протрезвеет. Масрур вернулся к Гаруну, но тот с проклятиями отправил его обратно за головой Джафара. По другой версии, Гарун и Джафар провели день на охоте, и халиф даже обнял старого друга и пожелал тому на прощание спокойной ночи перед тем, как приказал его казнить.

Джафару было всего 36, когда он погиб от рук палача. Гарун приказал разрубить тело Джафара и выставить куски на всеобщее обозрение на трех городских мостах в Багдаде. Яхью, аль-Фадля и прочих Бармакидов взяли под стражу, а их имущество конфисковали. Яхья и аль-Фадль погибли в заключении. Последователей Бармакидов казнили как неверных.

Историк аль-Табари пишет, что уничтожение Бармакидов потрясло современников. Ибрагим ибн Утман был одним из верных военачальников халифа. Он заботился о государственной казне, когда Гарун в 802 году отправился в одно из своих восьми паломничеств. Ибрагим был потрясен судьбой Бармакидов и спьяну грозился отомстить за смерть Джафара. Согласно аль-Табари, сын Ибрагима донес на отца халифу, который решил проверить подлинность обвинений и пригласил Ибрагима разделить с ним чашу. Гарун притворился, будто раскаивается в смерти Джафара. Опьяненный вином, Ибрагим разразился слезами и горячо присоединился к халифу, говоря, каким великим человеком был Джафар. Ибрагим заявил, что халиф поступил необдуманно, лишив визиря жизни. И тогда Гарун проявил свое истинное лицо, воскликнув: «Проклятие падет на тебя, сын необрезанной матери!» Ибрагим вмиг понял, что дни его сочтены. Гарун, однако, не стал убивать военачальника, но вскоре это сделал его собственный сын — доносчик халифа.

Бармакиды были снисходительны ко многим религиозным и политическим движениям в Багдаде, но сам Гарун считал такое поведение угрозой своей власти. Поддерживая литературу и науку, Бармакиды сделали двор Гаруна местом вдохновения и творчества. После их уничтожения эта атмосфера исчезла. Свои последние годы Гарун провел воюя с Византией и подавляя восстания на собственной территории.

Гарун вел против Византии свою личную войну. Он сам возглавил походы против греков в 803 и 806 годах. Последний поход был невероятно масштабным. Новый император Византии Никифор расторг мирный договор и отказался ежегодно платить аббасидам дань. В 806 году огромная армия халифата вышла против Византии. Утверждают, что на возглавлявшем войска аль-Рашиде был головной убор, надпись на котором гласила: Ghazi wa hajj — «Воин за веру и паломник».

После месячной осады армия Гаруна захватила Гераклею Понтийскую, располагавшуюся на территории современного турецкого города Эрегли на берегу Черного моря. Поселение разграбили и разрушили до основания, а жителей угнали в халифат в рабство. В то же время генерал Хумайд разгромил Кипр и взял в плен 16 000 человек, которых затем продали в рабство в Сирии. Тем не менее нападения Гаруна не дали никаких значимых результатов, поскольку он не считал нужным выполнять условия договоров с византийским правителем Никифором.

Несмотря на то что Гарун жил в невообразимой роскоши и прославился на Западе как халиф из «Тысячи и одной ночи», в его халифате хватало и бедности. Гарун был беспощаден, взимая налоги с подданных. Сбором занимались богатые землевладельцы, которые стремились извлечь из этого максимальную прибыль. В результате обычные крестьяне разорялись и им зачастую приходилось отказываться от своей земли.

Время правления Гаруна нельзя назвать мирным, поскольку в разных уголках халифата постоянно вспыхивали восстания. Осенью 808 года крупный мятеж в Самарканде заставил халифа отправиться в Хорасан. К тому времени восстание длилось уже два года. На пути в Самарканд в 809 году он заболел и умер в городе Тус на территории нынешнего Ирана. Ему было 47 лет. На престол вступил сын Гаруна аль-Амин.

В 1957 году американский архитектор Ллойд Райт планировал обновление Багдада. Частью этого плана было возведение гигантского монумента великому халифу, но уже на следующий год династия Хашимитов лишилась власти, и монументальный проект не увидел свет. Планировалось, что стометровая статуя Гаруна аль-Рашида будет покрыта золотом. Ее внешний вид должен был напоминать минарет аль-Малвия Большой мечети в Самарре.