Необычайность судьбы едва начатого постройкой корабля проявилась и в его ускоренной закладке, и в тесной связи, с начавшимся на Черном море по экстренному заданию императора строительстве шести больших мореходных канонерских лодок.

Это решение свидетельствовало о том, что при сравнении двух близких по величине кораблей разных классов выбор был сделан в пользу бесспорно более универсальных и артиллерийски мощных кораблей дальнего плавания. Это означало отказ от недавней миноносной эйфории. Соответственно должно было измениться и отношение к типу минного крейсера. Новые корабли представляли собой смешанный тип артиллерийско-минных лодок, которые при увеличенном до 1200 т водоизмещении имели усиленное артиллерийское вооружение из двух 8-дм и одного 6-дм орудия (не считая мелких), легкую (10-мм) палубную броню и два минных аппарата. Ожидалось(хотя контракты и не выполнялись), что скорость может составить до 15 уз. Такие лодки (вначале 900-тонные типа “Сивуч”) было решено построить в Черном море под влиянием” “недоразумений по афганскому вопросу” в отношениях с Англией. Созванная весной 1885 г. по высочайшему повелению комиссия под председательством Командующего войсками Одесского военного округа решила, что для успешной обороны Черноморского побережья на случай вторжения английского флота, необходимо экстренно построить шесть канонерских лодок, и в дополнение шесть миноносцев типа "Поти” и 20 паровых барказов. Эти “довесочные” корабли в силу произошедшего ослабления напряженности вскоре как-то незаметно отпали.

Постройка канлодок шла невиданным в Адмиралтействе темпами, уже 22 ноября 1885 г. предполагавшийся строитель трех николаевских лодок (еще три должны были строить в Севастополе) капитан Р.Ю. Тирнштейн (1841-?) представил начальству ведомость заказа стали для этих кораблей, началась подготовка стапельных мест.

Минный крейсер “Капитан Сакен” в Севастополе

Одновременно имея готовыми чертежи корпуса и, сделав заказ материалов, начали работы и на “Капитане Сакене”. Но очень скоро обнаружилось, что канонерским лодкам в силу их статуса императорского заказа во всем предоставлялось преимущество перед “Сакеном”. Сказывались, видимо, и охлаждение И.А. Шестакова к миноносным кораблям, его отсутствие в столице из-за командировки на Дальний Восток и, конечно, “экономия”. Иначе не объяснить тот факт, что вместо собственной закладной доски, как это было на Балтийском заводе у “Лейтенанта Ильина”, “Капитан Сакен” оказался включен в общий текст единой (беспрецедентный случай в русском флоте!) доски, изготовленной для трех лодок Николаевского Адмиралтейства. Минный крейсер “притянули” к канонерским лодкам. Строго говоря, это был очень здравый шаг казны, которая для почетных участников церемонии закладки вместо четырех именных досок могла теперь заготовить одну. Но минный крейсер в силу уникальности его типа и отдельности от канонерских лодок (в Севастополе тоже изготовили единую доску для трех кораблей), был все же вправе рассчитывать на собственную доску.

Сохранившиеся в ЦВММ в С-Петербурге две закладные доски размерами 12,4x7,2 см выполнены из серебра и на лицевой стороне^ имеют гравированную надпись: “Каиоперския 3 ’ пуш. 2 винт, лодки въ 1500 инд. силъ “Запорожец”, “Донец”, "Черноморец” и Минный Крейсеръ "Капитаиъ С'акенъ” въ 3500 инд. с. Заложен въ Николаевскомъ Адмиралтействе мая 9 дня 1886 года въ присутствии Ихъ Императорскихъ Величествъ Государя Императора Государыни Императрицы”. На обратной стороне значилось: “Главный Комаидиръ флота и портовъ Черного и Каспийского морей Вице-Адмиралъ А.А. Пещуровъ, Капитанъ над Николаевским портомъ, Контр-Адмиралъ В.И. Поповъ. Строитель лодокъ: Кораб. Инж. Штабс-Капитанъ Берг, Строитель миннаго Крейсера: Кораб. Инж. Капитапъ Тирнштейнъ”.

В документах РГА ВМФ говорится, что "За нарезку с обоих сторон надписей на 19 серебряных и 5 медных дощечек” гравер М. Ефимов представил счет на 84 руб. серебром. За нарезку 12 серебряных досок с обоих сторон резчик печати А. Зишман должен был получить 36 руб. Еще 36 руб. стоили 6 футляров обклеенных бархатом и 24 руб. — 24 замочка к ним. Вслед за царским семейством свой сувенир в память о закладке 10 мая (так говорилось в сопроводительном письме) получил и временно управляющий Морским министерством вице-адмирал Н.М. Чихачев (1830–1917).

Закладка “Капитана Сакена”, из угождения перед императором “пристегнутая к закладке канонерских лодок, оказалась единственным соединяющим их событием. Довольный распорядительностью своей черноморской бюрократии, император с семейством отбыл из Николаева, а два “строения” (так было принято на время постройки именовать строителей кораблей) — канонерских лодок и минного крейсера разошлись по своим предначертанным им проблемам. Осененные статусом императорского заказа и щедро обеспеченные заграничными поставками, под бдительным присмотром начальства всех рангов, канонерские лодки начали быстро продвигаться в своей готовности.

Начав постройку в марте-апреле 1886 г., уже к исходу мая к выросшим на стапелях конструкциям днища и бортов на канлодках начали крепить доставленные из Германии добротно отлитые штевни. Но вот механизмы для лодок, изготовленные в Англии, оказались плохого качества.

Не один десяток нарядов приходилось выполнять по просьбе признававшего брак своих соотечественников представителя завода Нэпира Кледгорна. Изъяны английской работы задерживали и швартовые испытания, когда после проверки эжекторов и чистки дымогарных труб приходилось разбирать обнаруживавшие трещины трубопроводы.

Недостаточное качество работ проявилось и на "Капитане Сакене”, где строителю еще чаще и с еще большими затратами времени и энергии приходилось добиваться устранения изъянов, допущенных мастеровыми. Многие, предстояло переделывать и исправлять уже при сдаче корабля.

Особенные сложности вся эта обстановка создавала для Балтийского завода совершавшего первый опыт большой работы в полном отрыве от своей, оказывшейся в тысячеверстном отдалении, производственной базы. В силу всего обилия неблагоприятных факторов, в дни, когда лодки начинали свои ходовые испытания (вернее, проверки на контрактную мощность) “Капитана Сакена” только еще готовили к спуску. Состоялся он 30 апреля 1889 г.

К этому времени корабль завершил мучительный процесс перепроектирования со встраиванием в прежний корпус новых машин и котлов производства Балтийского завода и одновременно переделки внешнего облика. После неоднократных изменений в корме вместо готовой надстройки утвердились рубки для офицеров и отдельно — для командира. Баковую надстройку заменили обтекаемой пологой крышей над палубой по примеру первых миноносцев. Только в ноябре 1887 г. журналом МТК № 162 было утверждено расположение офицерских кают. Это было последнее из журнальных постановлений МТК по проекту. Все прочие вопросы по предложениям строителя и М.И. Кази решались на месте властью Главного командира. В частности, исправляли просчеты проекта "Лейтенанта Ильина”. Цилиндры среднего и низкого давления снабдили рубашками, а угольные ямы трубами для замера температуры угля. Отказались от мало эффективных паровых подъемников для удаления из топок золы и шлака.