Десяти лет от роду будущий Иван Грозный лишился матери, попав в зависимость от отравивших великую княгиню Елену бояр и от ее крутых нравом родственников – князей Глинских. Правда, благодаря Глинским смог он венчаться на царство и почти сразу сыграть свадьбу с молодой женой Анастасией Романовной.

Но первая семейная радость обернулась страшным горем. В Москве вспыхнул очередной, поглотивший в огненном море почти весь город пожар, от которого молодой царь с супругой бежал в село Воробьево. Туда же двинулись за ним разгневанные москвичи, обвинившие в поджоге Москвы царскую бабку – княгиню Анну Глинскую. Дядя царя Юрий Васильевич Глинский был убит ими в одном из кремлевских соборов. Старую княгиню москвичи заподозрили в колдовстве.

И вот в этот страшный пожар 1547 года Чудов монастырь выгорел дотла. Нетронутыми остались только мощи святителя. Между тем в огне погибли восемнадцать старцев, пятьдесят монастырских слуг и весь продовольственный запас.

Именно к Чудову монастырю Грозный всю жизнь будет испытывать особую привязанность. Когда в 1556 году у него родится дочь, царевна Евдокия, он будет ее крестить в Чудовом монастыре и прикажет построить над задними вратами монастыря обетную церковь во имя Иоанна Лествичника с приделом Евдокии Мученицы.

Через восемь месяцев церковь была закончена и освящена. На торжестве присутствовали сам Грозный, царица Анастасия, царевич Иван и царский брат Георгий-Юрий Васильевич, а также митрополит из Царьграда Кизитский Иосаф и старцы Святыя Горы, жившие в Чудовом монастыре. Совершал освящение митрополит Макарий «со всем собором».

У этой маленькой церковки Иоанна Лествичника оказалась совершенно особая судьба. Она в царствование первых Романовых вошла в число бедных церквей, которым периодически давалась царская милостыня. Так случилось и в 1649 году, когда случайно разбился один из «верховых» нищих, которых привечал и содержал при дворце царь Алексей Михайлович. В церковь, связанную с дочерью Грозного, были переданы деньги «на панихиды и обедни».

Во многом стараясь подражать Ивану Грозному, Борис Годунов, в свою очередь, заказывает новую, еще более дорогую и пышную раку для мощей святителя Алексея, якобы задуманную еще царем Федором Иоанновичем. «Рака, скованная из серебра, была украшена златом и многоценными бисерами и каменьем драгим; в верху ее образ Святого изображен, и так великолепно была устроена, что не можно было и достойно описать ее». При Борисе и состоялось переложение мощей.

Очередной великий пожар начался 3 мая 1626 года в Китай-городе и от верха Василия Блаженного перешел сначала на Вознесенский, а там и на Чудов монастырь. На этот раз сгорела соборная Алексеевская церковь, иначе называвшаяся «Чудо Михаила Архангела».

Но и новая царская династия – Романовых в отношении Чудова монастыря следовала традиции Рюриковичей. В Алексеевской церкви крестит своих сыновей, Иоанна и Федора, Иван Грозный и своего единственного ребенка – царевну Федосью царь Федор Иоаннович. Михаил Федорович Романов крестит в Чудовом всех своих детей, а царь Алексей Михайлович – своего погибшего в младенчестве царевича Дмитрия, позднее – будущего Петра I и его сестру царевну Наталью Алексеевну. В ХIX веке к этому обычаю вернется император Николай I для единственного своего ребенка – будущего царя-освободителя Александра II.

Чудовская обитель становится предметом постоянных забот юного Федора Алексеевича. Сначала, в 1677 году, он передает монастырю обширный двор покойного воспитателя царя боярина Бориса Ивановича Морозова – пространство, которое позднее было занято Малым кремлевским дворцом, – не скупится на постоянные взносы, но главное – сам выступает здесь в качестве архитектора.

Созданный Федором Алексеевичем план перестройки Алексеевской церкви, прилегающих к ней трапезной, палат и монастырских служб под ними начал осуществляться в 1680 году, при архимандрите Андриане, последнем патриархе Московском. Ранняя смерть царя – Федора Алексеевича не стало через два года – никак не сказалась на строительстве. Пришедшая к управлению государством царевна Софья Алексеевна берет все расходы на себя.

20 мая 1686 года, в день памяти Обретения мощей святителя, новый храм во имя Алексея Митрополита был освящен. Но этому событию накануне предшествовало великое торжество перенесения святых останков, примечательное к тому же по той роли, которую определила себе на нем правительница.

По описанию современников, 19 мая в старом храме Чуда Михаила, где хранились мощи, была совершена малая вечеря в присутствии обоих царей – Петра и Иоанна Алексеевичей, царевны Софьи и самого патриарха, который «шел в карете в передние монастырские ворота». Затем последовал молебен. «Святые мощи были поставлены посреди церкви и потом подняты на головы самим патриархом и царями, один по правую сторону, другой по левую и позади архиерей; и понесли из церкви в южные двери, вынесли на паперть, откуда в преднесении хоругвей, крестов и икон, со звоном вовся на Иване Великом и в монастыре, архиерей, архимандриты, игумены, протопопы понесли святыню в новый храм. Патриарх шел позади святыни, а за ним цари и царевна. Несли на главную южную лестницу мимо алтарей новой церкви и взошли на большой рундук, принесли в церковь и поставили на уготованное место сам патриарх со властьми. После молебна цари и царевна отбыли в свой царский дом, а за ними и патриарх в свой архиерейский дом».

Но на следующий день – на освящение церкви прибыл один царь Иоанн Алексеевич. Все эти богослужения совершал архимандрит Адриан, хотя еще в марте он был посвящен в митрополиты Казанские. Патриарх Иоаким разрешил подобное отступление от правил, отмечая исключительное участие Адриана в строительстве.

Впрочем, проект царя Федора Алексеевича еще не был полностью осуществлен. Не удалось закончить отделку другого храма, построенного рядом с Алексеевским, – его патриарх Иоаким освятил 28 ноября, в один день со вторым храмом во имя Апостола Андрея Первозванного, с западной стороны Алексеевской церкви.

Создание Алексеевской церкви было особенно знаменательным для царствующего дома и для Московского государства. Есть основания считать, что связано оно с «замирением» стрельцов после событий 1682 года. Использованные для воцарения Иоанна Алексеевича, то есть дома Милославских, а вместе с братом и царевны Софьи, стрельцы под именем «надворной пехоты» превратились в неуправляемую и слишком опасную для правительства силу. На руках у них осталось оружие, с которым они не расставались и на улицах Москвы. Стрельцы сами проводили свои сборы, с Пушечного двора развезли по полкам все пушки, из казны разобрали по рукам порох. Какие-то орудия ввезли в Кремль. По всему городу расставили свои караулы.

На деле государство оказалось без правительства. Вся царская семья находилась в Троицком монастыре, куда стрельцы никого не пропускали. Едва ли не единственное исключение представлял архимандрит Чудова монастыря Адриан, который по поручению оставшегося в Москве патриарха Иоакима возил его письма «царям» и передавал их ответы. Царевна Софья все надежды возлагала на одного патриарха. От Иоакима зависело, сумеет ли он помирить «царей» со стрельцами.

Мужества Иоакиму, былому лихому рейтару, сражавшемуся под стягами царя Алексея Михайловича, было не занимать. Он решился на неслыханный риск: 8 октября призвал все стрелецкие полки в Кремль, в Успенский собор и после торжественного «умилостивительного» богослужения вынес Евангелие и мощи Апостола Андрея Первозванного – его ощую руку. У аналоя, на который они были положены, патриарх произнес стрельцам, именно стрельцам и воинам, поучение о мире и любви, о необходимости вернуться к мирной жизни, ради своих семей и самих себя прекратить смуту, сложить ненужное оружие. При этом Иоаким прочел и царские грамоты, обещавшие стрельцам всепрощение, в каких бы деяниях ни были они участниками. Подлинность царских заверений патриарх подтвердил своим словом.