Сохранилось предание, будто накануне приезда Алексея в Орду Тайдула увидела во сне митрополита в окружении священства, направляющегося к ней в архиерейских одеждах невиданной красоты, и именно такие одежды она приказала приготовить своим гостям в подарок и благодарность за помощь, которую они действительно сумели ей оказать.

Приезду митрополита в Орду предшествовали необыкновенные события и в Москве. Святейший не мог быть уверенным в ожидаемом от него исцелении и потому отслужил в Успенском соборе просительный молебен, во время которого у гроба святого Петра Митрополита «се от себя сама загорелась свеча». Митрополит тут же раскрошил чудесную свечу, раздал ее как благословение молящимся, а часть взял с собой в дорогу.

Встретили Алексея царствующий хан Джанибек, сын царицы Тайдулы, и ее внук Бердибек с величайшим почетом, в окружении всех своих придворных. Митрополит отслужил молебен около царицы, зажег чудесную свечу и окропил глаза Тайдулы освященной в Успенском соборе водой, после чего слепая прозрела. Хан не поскупился на самые богатые дары митрополиту и его спутникам, которые составили целый обоз. Можно предположить, что тогда же Алексею были переданы права и на двор в Кремле.

Но так удачно сложившиеся дипломатические отношения оказались недолгими. В Орде, по словам летописцев, начались «замятни». Бердибек убил своего отца, но уже в 1359 году и сам лишился жизни. Несколькими месяцами позже была убита царица Тайдула. Митрополиту оставалось только предостерегать молодого великого князя от вероломства кочевников, раз за разом подступавших к Москве и разорявших ее дотла. В 1380 году это были полчища Мамая, двумя годами позже Тохтамыша. Жертвы Куликова поля не спасли Москвы.

Митрополит Алексей завещает похоронить себя у стен Чудовской церкви. Но Дмитрий Донской не захотел выполнить воли святейшего. Как более достойное было выбрано место погребения внутри храма, в Благовещенском приделе.

По всей вероятности, Чудовская церковь была достаточно велика. Когда в 1431 году во время литургии ее верх от ветхости обрушился, чудесным образом не задев служивших священников, ров для фундамента нового храма начали копать внутри старого здания и при этом обнаружили нетленные мощи святителя Алексея. Даже ризы митрополита остались «невреженны, яко вчера облечены». Они и были оставлены, но уже в специально устроенной раке, в заново отстроенной церкви.

«Кремленаград». Фрагмент: Чудов монастырь.

О Чудовской церкви помнили. О Чудовской церкви заботились все правители. Захоронения в ней и около нее представлялись самыми почетными. Так, рядом с митрополитом Алексеем оказывается в 1393 году его племянник, старейший боярин Дмитрия Донского, Данило Феофанович. Храм постоянно благоустраивали и достраивали. При нем строится «трапеза велия, каменная», келья настоятеля, большие погреба.

Одним из главных «благоустроителей» Чудова монастыря оказывается архиепископ Геннадий, возведенный затем в сан Новгородского архиепископа. В конце жизни он вернулся в любимую обитель и был погребен «в самом том месте», где лежало тело святейшего, опять-таки у стены церкви.

Геннадию пришлось пережить немало трудных минут. Независимый нравом, он мог себе позволить самостоятельное толкование церковного устава, что вызвало бешеный гнев митрополита. Геннадий бежал во дворец, под покровительство великого князя Ивана III, но митрополит сумел убедить князя выдать ему ослушника. Архимандрита Чудова монастыря сковали и посадили в ледник под палатами.

Узнав о столь суровом наказании, Иван III вмешался, выговорил прощение Геннадию, тем не менее ослушник уже на следующий год был назначен в Новгород Великий, подальше от двора.

В том же 1483 году Геннадий решает построить в Чудовом монастыре обетный – благодарственный храм во имя Святителя Алексея. Даже оказавшись в Новгороде Великом, он продолжает заботиться о стройке, давать на нее деньги и попечение о ней передает братьям Траханиотам – Дмитрию и Георгию и сыну Дмитрия Юрию Малому.

Церковь оказалась «вельми чудна, велика и высока, и трапеза, а в ней многие палаты, горния и дольныя, удобные на всякую монастырскую потребу и живущим тут братиям. На преупокоение». Именно в эту церковь и были перенесены мощи святителя и поставлены в раке на правой стороне у стены. В представлении великих князей, как и всех москвичей, митрополит Алексей оставался защитником и покровителем Москвы. Фрагменты этой постройки сохранялись вплоть до советских времен.

Архиепископ Геннадий представлял собой очень интересную личность в истории и Московского государства, и Православной церкви. Найти общий язык с новгородским священством ему не удалось. Он деятельно и непримиримо выступает как искоренитель ереси жидовствующих, стремится восстановить порядок в богослужении и, поскольку слишком часто помехой становится прямая неграмотность священнослужителей, хлопочет об организации церковного образования. Более того – сам начинает обучать своих подопечных.

Но одновременно архиепископ поддерживает идею взимания мзды за назначение на каждую церковную должность, хотя против этого решительно выступают и митрополит, и великий князь. Пренебрегая их выговорами и требованиями, Геннадий даже увеличивает размер подобной мзды, в результате чего его «сводят» с архиепископской кафедры. Подписав требуемое отречение от нее, Геннадий возвращается в Чудов монстырь и почти сразу умирает. К этому времени выстроенная им Алексеевская церковь успела обветшать. В 1501 году великий князь Иван III распорядился ее разобрать и возвести заново. Строительство велось, подобно соседнему Архангельскому собору, итальянскими мастерами и было закончено в 1503 году.

В 1535 году мощи святители Алексея были помещены в новую, серебряную раку, причем обстоятельства ее «построения» рассказываются разными летописцами по-разному. В одном случае говорится о том, что 11 февраля 1535 года великая вдовствующая княгиня Московская Елена Васильевна с пятилетним сыном Иваном (будущим Грозным) прибыла в монастырь и отстояла долгий молебен, в котором митрополит и все сослужащее ему священство просили святого благосклонно принять перемещение его останков, после чего митрополит с властями и совершил переложение.

Вариант так называемой Львовской летописи представляется более убедительным. Согласно ему, великий князь Василий III чуть ли не каждый день приходил к старой раке святого и к гробу святого Петра Чудотворца, «лобызая со слезами святые мощи, особо наедине, по вся дни и нощи с теплою верою призывает их, да помогут ему ходатайством к Богу и к Пречистой Его Матери о прижитии чад и обеты свои пред ними в сердце своем полагает… И родися ему сын Иван … и радостною душею обеты сердца исполняя, повелевает делать раки святым их мощам со всяким царским устроением: святому Петру раку золотую с его образом златым, а стороны раки серебряные; и камением дорогим повелел ее украсить. А святому Алексею раку серебряную всю и на раке образ святого и столбцы позлатить».

Львовская летопись утверждает, что начали раки делать в 1531 году, а раку святого Алексея доделали в феврале 1535-го. Переложение мощей действительно состоялось 11 февраля при архимандрите Ионе, присутствовали же вместе со всеми боярами царь Иван с младшим братом, слабоумным Георгием-Юрием.