Кроме того, Чичагов обращал внимание на экономию 102 000 руб., которую обеспечивала реализация его проекта, с учетом сокращения численного состава с 10 тыс. в батальонах до 9 тыс. в полках.

Император принял проект, и 20 мая 1803 г. он был утвержден. В результате 1-й, 2-й и 7-й батальоны составили первый полк, второй включал 3-й, 8-й и 9-й батальоны, третий — 4-й, 5-й и 6-й, а четвертый полк формировался из черноморских батальонов. Инспектором был назначен генерал-майор Ширков, он же становился шефом первого полка. Шефами остальных назначены полковник Герценберх, генерал-майор Гинкуль и генерал-майор Говоров.

Ширкова при назначении обязали подтянуть дисциплину, которая была в морских частях не на высоте, как считали власти. Они имели на то основания: действительно, после смерти императора Павла солдаты морских батальонов, подолгу оставаясь на берегу, нередко переходили пределы дозволенного уставами. Число наказанных чинов флотской пехоты за пьянство и утрату мундира было значительным. Инспектору предстояло за короткий срок навести в полках порядок и определить программу подготовки новобранцев. Была составлена соответствующая инструкция, в которой содержались принципы обучения рекрутов морских полков. В частности, на первых порах предписывалось основной упор делать на развитие ловкости и координации новобранцев, устраивая для них «бега в перегонки, скачки» и пр.

Далее они знакомились с основами строя, обучаясь стойке, «хождению», равномерности шага, построениям и перестроениям, а также навыкам обращения с оружием и практической стрельбе. Предписывалось за период навигации «выводить» полки в море не менее трех раз, а также хотя бы раз в год организовывать учебные высадки десанта.

Что касается «пехотной» составляющей этой программы, то хотя бы часть морских солдат получила соответствующие навыки на уровне гвардии, поскольку в 1806 г. 2 батальона 1-го морского полка вошли в состав 1-й сухопутной дивизии (сформированной из полков гвардейской пехоты) под началом вел. кн. Константина Павловича. В меньшей степени это относилось к другим частям морской пехоты. Например Каспийскому морскому батальону, который, согласно указу от 14 июня 1805 г., был сформирован (на гренадерском положении) из солдатской команды Каспийской флотилии, а также 4 рот, выделенных из морских полков — по одной от каждого полка. Комплектование проходило в Кронштадте и Астрахани. Батальон состоял из 4 мушкетерских рот. Кроме того, на Камчатке дислоцировалась экипажская рота (500 чел.), а в Охотске морская рота (1 штаб-офицер, 4 обер-офицера и 186 чел. нижних чинов). Со временем они были переведены в Севастополь. На Севере, в порту Архангельска, находилась рота в составе 156 чел.

Служба этих подразделений, находившихся, за исключением в какой-то мере Каспийского батальона, вдалеке от контроля адмиралтейских чиновников, заключалась в основном в несении караулов. По сути, они исполняли функции адмиралтейских батальонов, пехотная подготовка которых, не говоря о десантной, всегда была не на самом высоком уровне. Вообще к 1810 г. в военно-морском ведомстве стало складываться мнение о ненужности специальных морских частей, функции которых вполне могли выполнить чины линейных и гребных экипажей. Это едва ли соответствовало действительности. Должными навыками они, мягко говоря, обладали не вполне. Их обучением занимались инструкторы из офицеров и унтер-офицеров местных гарнизонов. Морской министр маркиз де Траверсе усиленно ратовал за «сухопутные» занятия корабельных и судовых команд, рассылая в места базирования флотов надлежащие предписания. Однако контролировались строевые занятия явно недостаточно, шли нерегулярно, отмечалась неявка значительной части л/с, офицеры едва ли не демонстративно игнорировали «фрунт», полагая, что к морской службе он не имеет отношения. В Риге, например, офицеры 39-го экипажа столь явно выражали свое недовольство строевым обучением, что получили строгий выговор, а его командир капитан-лейтенант Быкачев был освобожден от должности. В Кронштадте занятия, которые нередко проводили чины гвардейской пехоты, проходили на более или менее должном уровне. Видимо, сказывалась близость начальства. Однако смотры, например 1811 и 1812 гг., показали, что и здесь дела обстояли не лучшим образом. И рядовой состав, и офицеры флотских экипажей вызвали неудовольствие высочайших особ как своим внешним видом, так и строевой выучкой. Морское руководство находилось в нерешительности и не могло окончательно определиться относительно их будущего, равно как и перспектив морских полков. Что же касается Каспийского батальона и дальневосточных команд, то вопрос о них пока не представлялся актуальным.

С 1811 г. 1-й, 2-й, 3-й морские полки входят в состав 25-й дивизии, а 4-й поступает в 28-ю дивизию.

После Отечественной войны 1812 г. морское руководство вновь вернулось к судьбе морской пехоты. Несмотря на более чем посредственную пехотную строевую выучку корабельных экипажей, все тот же де Траверсе в 1813 г. реанимировал и реализовал планы упразднения постоянных частей морских солдат, переведя их в военное ведомство. Собственно, они состояли там и в 1812 г., но содержание получали от Морского министерства. В том же году в состав сухопутных сил перешел и Каспийский батальон, назначенный для обороны крепости Ленкорань.

Формально полки назывались морскими, однако фактически превратились в обычные пехотные. Они могут быть включены в хронику морской пехоты, но за 20 лет, до 1833 г., совершили совсем немного выходов в море, а также учебных десантирований. Большая часть из них проходила на Балтике; как правило, отдельные роты, реже батальоны, присоединялись к подразделениям Гвардейского экипажа во время его эволюций в Финском заливе.

Что же касается «пехотного» обучения корабельных экипажей, то стараниями инспекторского департамента Морского министерства административный контроль за этим был усилен, большая часть времени, проведенного офицерами и матросами на берегу, посвящалась «строевой» науке с оружием и без.

Более того, так называемые валовые работы были возложены на арестантские роты, которые с 1824 г. для увеличения численности пополнялись арестантами и из гражданских ведомств.

В ноябре 1826 г. для подготовки строевых унтер-офицеров и артиллерийских кондукторов в Кронштадте учрежден морской Учебный экипаж; аналогичное подразделение было и в Севастополе.

Строевые навыки приобретались учащимися мореходного училища, а также л/с рот торгового мореплавания, 1-й штурманской полуроты и пр. В ноябре 1827 г. из дивизий, экипажей и рот офицеры и нижние чины для прохождения полноценной пехотной подготовки были командированы в лейб-гвардии Егерский и Финляндские полки. В 1828 г. лучшие по «строю» составили сводный учебный экипаж. Тем не менее показанное морскими чинами на смотрах выглядело невпечатляюще, и впоследствии морская администрация неоднократно принимала попытки превратить «морских служителей» в исправных строевиков и умелых стрелков.

При переформировании пехоты в начале 1830-х гг. морские части по существу упраздняются. В 1830 г. Каспийский батальон становится 8-м линейным Грузинским (с 1856 г. в составе 206-го Сальянского полка). В 1833 г. батальоны 1-го морского полка ненадолго присоединяются к Невскому полку, чуть позже там остаются 2 батальона, а 3-й включается в состав Калужского полка. В 1863 г. вторая половина Невского полка превращается в 89-й пехотный Беломорский.