Несмотря на реорганизацию, л/с морских солдатских частей по-прежнему использовался далеко не по назначению: например, на октябрь 1735 г. в отлучках находилось 750 чел., а в 1741 г. уже 1500 чел. разных чинов из 2 морских полков. Под отлучками офицеров чаще всего понимались командировки в другие города, так как находившиеся в отпусках шли по другим, отдельным, спискам. Характер командировок мог быть самый разный. Нередко их направляли в Москву в распоряжение адмиралтейской администрации для участия в приемке различных припасов: обмундирования (или сукна для его пошива), снаряжения, оружия. Вместе с ними, как правило, командировались команды от полков в составе нескольких рядовых и унтер-офицера. Приемка длилась не один день, и, кроме того, необходимо было «состоять при магазейнах», где хранились полученные вещи. Также офицерам давались полномочия на заключение подрядных сделок с купцами, «торговыми людьми», с которыми предварительно уже общались представители Адмиралтейства. На долю офицеров морских полков выпадала тем самым трудная и неблагодарная функция, поскольку предварительные договоренности в силу разных обстоятельств нередко пересматривались, а им приходилось руководствоваться предписаниями и приказами Адмиралтейства и, главное, необходимо было достичь соглашения по ранее установленной цене или объему. Такие же команды, но большие по численности, посылались для сопровождения рекрутских партий или обозов. Нахождение же чинов морских полков у «городового строения» — в Ораниенбауме, Кронштадте, Петербурге — было делом обычным.

Не в пример спокойнее проходила жизнь в Азове немногочисленного и менее значимого морского батальона майора Караташова. Она носила более «уставной» характер, редко выходя за рамки пехотных экзерциций и караулов. Иногда и от этого батальона в Москву или Петербург, в основном также для получения и сопровождения батальонных припасов, посылались команды, но этим отлучки из Азова нижних чинов и офицеров батальона и ограничивались.

В январе 1743 г. адмиралом Головиным было предложено определить «ко флоту в комплект» Дербентский, Дагестанский, Сальянский и Бакинский пехотные полки. Основанием к этому являлось то, что они в 1742 г. «были употреблены» на кораблях за неимением морских солдат, многие из которых, как и при Петре I, были переведены в матросы. Полки эти участвовали в Азовской экспедиции, войне с турками и к морской службе могли успеть привыкнуть. Кроме того, в армии они числились вне штата и соответственно «на жалованье и мундир» там не были «положены». В случае, если эти полки будут определены ко флоту, то наиболее опытные в морской службе солдаты могут быть переведены в матросы, а остальные — в морские полки. Рекрутов, которые во флоте «недавно обретаются» и к морской службе не способны, направить в распоряжение Адмиралтейства, а офицеров — в ведение Военной Коллегии.

В марте 1743 г. указом императрицы Елизаветы Петровны в отношении этих полков было определено, что для начала необходимо дать им смотр, после которого рядовых и унтер-офицеров предполагалось расписать следующим образом. Унтер-офицеров, годных к службе, — в морские полки; гренадер, «которые великорослые и мочные» и также годные к службе, — гренадерами же в морские полки. «Маловозрастных» гренадер, но опять же годных к службе, поместить в полки, но уже мушкетерами. Прочих рядовых, прослуживших 2–3 года и меньше и ростом невысоких, велено направлять в матросы, а тех, кто ростом больше и годами старше, — в морские полки сверх штата.

Кроме того, предполагалось «пересмотреть» всех морских служителей и исключить из их числа людей больных и старых.

Число оставшихся в морских полках планировалось увеличить за счет других армейских полков, в частности роты Бакинского полка, тогда как из возрастных солдат и тех, кто к службе на море «не весьма надежен», формировались 2 батальона, поступавшие в ведение Адмиралтейства. Один из этих батальонов становился адмиралтейским в прежнем понимании, а второй назначался для поездок в провинции и губернии для «определения сборов». Особняком в этой связи выглядит ситуация с Кронштадтом, значимость которого как военно-морской базы, опорного пункта в системе безопасности Петербурга была безусловной. В ведении его коменданта и начальника порта находились фактически все части, приписанные к Адмиралтейству. Морские полки, роты одного из которых дислоцировались в Кронштадте, в случае необходимости (а она возникала довольно часто и по разным поводам) тоже переходили под начало его администрации.

Что же касается галерного флота, то там находились отдельные солдатские команды, выполнявшие функции гребецких. Флотское начальство весьма вяло обсуждало возможность формирования отдельного галерного полка, основное внимание уделяя укреплению мощи корабельного флота. На первых порах, действительно, стали чаще устраиваться «эволюции» в Финском заливе с участием морских полков. Совершенствовались навыки в десантировании и ведении абордажного боя. Однако мирная повседневность давала о себе знать, и морские солдатские полки в зимнее время сливались с полками матросскими, состоявшими из корабельных и судовых экипажей, а в период навигации корабли нередко выходили в море без солдатских рот. Не были проведены в полном объеме планируемые в 1748–1749 гг. учения у берегов Финляндии с высадкой пехоты и артиллерии. Подготовка флотских полков в основном сводилась к занятиям в соответствии с пехотными артикулами, при этом специальные, «морские», десантные, навыки все чаще отступали на второй план. Ведомственная принадлежность морских полков ограничивалась вопросами снабжения, тогда как в военном отношении во многом они походили на армейские части.

Кроме того, как и в былые времена, наряду с полками существовали и отдельные солдатские команды, которые формировались не из матросов, а из рекрутов и отчасти из уже послуживших пехотинцев разных полков. Если на гребном флоте солдатские команды, объединенные в 3 роты, были основной ударной силой, то на кораблях они играли вспомогательную роль при чинах морских полков. Такие команды были как на Черном море, так и на Балтике. Их «временное» пребывание при морском ведомстве превращалось в присутствие перманентное. Не совсем определенный статус этих команд порождал проблемы, связанные с их обеспечением, материальным и вещевым. Формально они переходили на содержание военно-морского ведомства, которое, однако, ссылаясь на то, что в его бюджете нет статьи расхода на эти команды, а потому нет и средств, оставляло без внимания прошения их командиров о присылке денег на «жалованье» или о доставке предметов обмундирования и снаряжения. Проблема со снабжением армии и флота существовала почти всегда, однако в отношении пехотных частей на флоте они усугублялись неясностью их статуса и перспектив. Положение пасынков на флоте, который сам находился в далеко не блестящем состоянии, видимо, было уготовано морским солдатам надолго. Вовсе не случайно, что за короткий период части морской пехоты подверглись неоднократным организационным пертурбациям. Так, в 1750 г. морское руководство всерьез подумывало о том, чтобы на период войны на море формировать из разных солдатских команд один морской полк, который бы расписывался по кораблям и галерам, а по завершении кампании его л/с направлялся бы в пехотные полки. В какой-то степени это было возвращением ко временам второго Азовского похода и участия в нем Морского регимента. Предполагалось, что этот полк по численности будет равен едва ли не двум полкам армейской пехоты. Кроме того, ему должен был быть придан артиллерийский дивизион. Однако данный проект не был реализован. Через 4 года был составлен новый план, по которому, наоборот, основой морской пехоты должны были стать солдатские команды как на корабельном, так и галерном флотах. Еще одна попытка реорганизации морской пехоты была предпринята в 1757 г.: в соответствии с пунктом № 8 Высочайше Утвержденного доклада Сената и Адмиралтейств-Коллегии от 5 мая, морские солдаты объединены в команду, л/с которой распределяется по кораблям пропорционально их величине, с сохранением 3 галерных рот и адмиралтейского батальона. Данное положение формально вошло в силу тогда же, но фактически полки существовали еще некоторое время. По крайней мере, в фондах их канцелярий отложились документы за июль-сентябрь, в которых продолжало фигурировать старое название.