Основные функции солдат Черноморской гребной флотилии были такие же, как у их «комбатантов» на Балтике: гребля, караулы, десант. Однако полковая организация морской пехоты в очередной раз была поставлена под сомнение, полки трансформировались в батальоны и составили по указу Военной Коллегии от 27 июня 1794 г. Гренадерский корпус, «полагаемый для гребного флота Черноморского». Его штат включал 4 батальона (по 6 рот в каждом), по 2 от Николаевского и Днепровского полков.

В то же время для Черноморского гребного флота был сформирован и Бомбардирский батальон, вооружение которого состояло из 5 пятипудовых мортир, 6 однопудовых единорогов, 6 двадцатичетырехфунтовых и 3 восемнадцатипудовых пушек.

К концу правления Екатерины Великой морская пехота на Черном море выглядела следующим образом:

— Гренадерский корпус гребного флота;

— 3 батальона корабельного флота (6 рот, 1 гренадерская);

— Адмиралтейский батальон (5 рот).

При императоре Павле Гренадерский корпус отдан в ведение морской администрации, но вскоре распался на несколько отдельных батальонов, а в 1798 г. их постигла участь пехоты гребных судов на Балтике: они передавались в военное ведомство и прекращали свое существование во флоте, оставаясь в качестве потенциального усиления гребных судов «на случай надобности». В конечном итоге они оказались в составе гарнизонных полков.

Усиление морской мощи России происходило также и на Каспии, где 17 декабря 1795 г. учреждена своя эскадра. В ее составе в июле 1796 г. была определена солдатская команда, состоявшая из 2 обер-офицеров и 150 нижних чинов, из коих 116 числились мушкетерами. В Баку и Астрахани дислоцировались солдатские команды (по 30 чел. в каждой) из «престарелых». 1 января 1798 г. для гребных судов Каспийской флотилии образована команда в 2 обер-офицера и 82 нижних чина.

Несколько особняком в хронике российской морской пехоты XVIII в. стоит подразделение, которое относилось к так называемым гатчинским войскам цесаревича Павла Петровича. Речь идет о батальоне Его Императорского Высочества, сформированном из солдат флотских и адмиралтейских пехотных частей для несения караулов в резиденциях наследника на Каменном острове и в Гатчине и участии в воинских экзерцициях.

Назначенный Екатериной II генерал-адмиралом и Президентом Адмиралтейской Коллегии, наследник в духе своего прадеда Петра I с детства большое внимание уделял «марсовым забавам». За образец, правда, был взят военный уклад Фридриха Великого, но тем большее рвение к воинским наукам выказывал Павел Петрович. Его стремление «завести» собственное войско по прусскому образцу наталкивалось на неприятие со стороны матери и ее клевретов. Тем не менее воинство великого князя росло, и одной из его составляющих стали морские солдаты.

Первоначально численность караульных команд была невелика, но со временем она возросла до состава роты, а к 1788 г. уже 5 рот. В свою очередь они были сведены в батальон, который и получил приведенное выше наименование (до этого караульные команды назывались Гатчинской командой, 1-м флотским гренадерским батальоном, Павловским и Каменноостровским гарнизонами).

В течение нескольких последующих лет батальон комплектовался чинами морских и адмиралтейских батальонов, которые, переходя на службу к цесаревичу, обрекались тем самым на ежедневные строевые занятия и муштру в прусском стиле. Гренадеры морских частей все более оказывались втянутыми в атмосферу гатчинских маневров и парадов, утрачивая навыки универсальных морских бойцов.

Тем не менее им пришлось оказаться в боевой обстановке, когда их присоединили к галерным батальонам во время русско-шведской кампании 1789 г. (см. с. 102).

Впоследствии часть этого батальона вошла в состав гвардейских Преображенского и Семеновского полков, а часть продолжала нести службу в Павловске и Гатчине. Уже при Александре I несколько его подразделений оказались в составе Гвардейского экипажа.

Изменения штата морской пехоты, произошедшие при Павле I, были отнюдь не последними в ее истории. При сменившем его на престоле Александре I военно-морская администрация вновь занялась переустройством флотских батальонов. Уже 7 апреля 1801 г. батальоны становятся номерными, тогда как раньше они назывались по именам своих командиров. В Балтийском флоте это 1-й батальон (майора Жегалова), 2-й (майора Салтыкова), 3-й (полковника Герценберха), 4-й (майора Горохова), 5-й (майора Еремеева), 6-й (майора Асеева), 7-й (майора Чаплина-первого), 8-й (майора Чаплина-второго), 9-й (майора Стрельникова). 3 черноморских батальона находились соответственно под командованием полковника Скиора, майора Боаселя и майора Бриммера.

До поры до времени морская пехота существовала в «павловском» виде, то есть в батальонном составе. И в очередной раз наличие вооруженной массы людей, приписанных к флоту, но живущих по пехотным уставам, вызвало неудовлетворение адмиралтейского руководства. Товарищем Морского министра адмиралом П. Чичаговым был подготовлен и 29 апреля 1803 г. представлен проект преобразования флотских батальонов в 4 полка.

В качестве обоснования реорганизации Чичагов ссылался на отсутствие единообразия в тактике и дисциплине, на необходимость координации действий батальонных командиров, на желание повысить «степень искусства в воинских движениях», необходимых во время высадки десанта. Кроме того, он указал, что командиры экипажей, к которым приписаны батальоны, не уделяют им должного внимания. В связи с этим предписывалось 12 батальонов преобразовать в 4 3-х батальонных полка (1 гренадерский и 2 мушкетерских по 4 роты в каждом). В мирное время полагалось в гренадерском полку 564 чел. рядовых, в мушкетерских— 1128 чел. В военное время прибавлялось 228 чел. (см. Приложение, табл. 5).

Каждый полк имел шефа, шефским же назывался гренадерский батальон. При полках существовали артиллерийские команды — на каждый по одной. При этом для действий десанта на суше предписывалось использовать орудия калибром не более 3 фунтов. С учетом того, что посадка на суда должна была проходить побатальонно, на все команды определялось 2 подпоручика, 2 бомбардира, 8 фурштатских унтер-офицеров и 8 артельщиков, чтобы при распределении орудий по батальонам можно было посылать при каждом отряде офицера и равное число нижних чинов. Старшим офицером артиллерийских команд назначался майор. Полковая артиллерия насчитывала 4 шестифунтовых пушки и 2 двенадцатифунтовых единорога. Мундирное, амуничное и денежное довольствие морским полкам полагалось такое же, как армейской пехоте.

Для совершенствования строевой подготовки полки, не ушедшие в морские походы, должны были летом по очереди выступать в лагеря.

Во время десантных операций флотские полки обеспечивались поддержкой армейской пехоты, а также корабельной артиллерией. При этом гребным судам отводилась роль пунктов боевого снабжения: они не должны были удаляться далеко от берега в ожидании возвращения десантных частей на борт.

Местом дислокации полков определялись: для 2 полков — Кронштадт, для 1 — Ревель и для 1 — черноморские порты.

Всеми полками должен был ведать инспектор строевой части.