Алонсо Титу Атаучи, которого Пома де Аяла обвинил в соучастии в убийстве Сайри-Тупака, был амбициозным молодым человеком, который стремился сделать такую же карьеру, как и Паулью. Он был внуком Уайна-Капака и сыном полководца, который был убит по приказу Атауальпы вместе с Уаскаром в Андамарке. Таким образом, его родословная была такая же или даже еще лучше, чем у сыновей Паулью, а Сармьенто де Гамбоа назвал его единственным оставшимся в живых членом айлью его дяди Уаскара. Алонсо Титу Атаучи был двадцать один год, когда поднял восстание Франсиско Эрнандес Хирон, и он возглавил отряд из 4 тысяч индейских воинов, которых привел на помощь королевской армии. Он заявил, что помог нанести поражение Хирону в Пукаре в октябре 1554 года, и стал искать королевской милости. Король решил, что нашелся еще один Паулью. В октябре 1555 года он наградил Титу Атаучи звучным, передаваемым по наследству титулом главного алькальда четырех суйю. Дону Алонсо стало позволено носить королевский головной убор «маскапайча», всегда иметь при себе жезл судьи, окружать свой дом цепями в знак неприкосновенности и иметь свой герб.

В шестидесятые годы XVI века Куско был нецивилизованным городом, и Инка Карлос позволил себе якшаться с его жителями, известными своей дурной репутацией. В результате браков между конкистадорами и индианками на свет появилось поколение деятельных, энергичных полукровок. Они были соучениками Гарсиласо де ла Веги, который навсегда покинул Перу в 1560 году и часто с ностальгией вспоминал о школьных годах, проведенных вместе с ними. Теперь эти полукровки возмужали. Они гордились своим происхождением как по отцовской, так и по материнской линии и подвигами своих отцов.

Законы Испании подвергали дискриминации метисов, лишая их некоторых прав, которыми обладали европейцы, но при этом запрещали им жить в сельской местности с чистокровными индейцами. В 1549 году Карл V издал указ, согласно которому метисы не могли занимать посты в государственных, муниципальных или общественных организациях, а также им не позволялось заставлять индейцев служить себе. Их даже лишили привилегии носить оружие. В указе, запрещающем им это, содержалась жалобная нотка: «Многие из них умеют обращаться с аркебузой лучше, чем испанцы». Иногда метисам не разрешалось становиться священниками. Такая дискриминация породила возмущение среди гордых метисов Куско. Креолы, рожденные в Америке испанцы, также испытывали горечь при виде того, как лучшие должности и энкомьенды отдаются авантюристам с большими связями на далекой родине; их приток в Перу не иссякал. Тяжелые чувства вызывал в них также распутный граф де Ньева, раздающий награды своим фаворитам. Ньева в свою очередь написал королю, что смешанные браки между европейцами и местным населением следует запретить, «потому что уже и так очень много метисов и мулатов, и у них такие дурные наклонности, что из-за такого их количества уже нужно опасаться беспорядков и нанесения ущерба».

Беспорядки, которых так боялся Ньева, не заставили себя долго ждать. В 1562 году возник план несостоявшегося восстания, в результате которого власть в Перу перешла бы к четырем консулам, как в Древнем Риме. В начале 1566 года возникло опасение, что восстание может поднять коррехидор Куско Диего Лопес де Суньига, поэтому его спешно заменили на Херонимо Костилью. Но самый серьезный заговор, вынашиваемый метисами, созрел к концу 1566 года. В гуще его находились два брата, Ариас и Кристобаль Мальдонадо: как раз только что был расстроен их план женить Кристобаля на Беатрис Кларе Койе. С ними заодно был их двоюродный брат Хуан Ариас Мальдонадо, сын Диего Мальдонадо эль Рико, владельца Андауайласа, самой богатой энкомьенды в Перу. Другой метис, Педро дель Барко, сын конкистадора с таким же именем, приказал своим индейцам в Муйне изготовить 150 футов артиллерийского фитиля. А в это время Хуан Мальдонадо собрал в Куско 40 аркебуз.

Многие встречи заговорщиков проходили во дворце Инки Карлоса Колькампате. Велись хвастливые разговоры о том, что метисы, которые называли себя «монтаньесес», перебьют испанцев и завоюют себе большие земельные владения. Хуан Мальдонадо, Инка Карлос, Педро дель Барко и их последователи должны были убить коррехидора Куско. Другие должны были поднять мятеж в Арекипе и Уаманге. Согласно плану Ариас и Кристобаль Мальдонадо заколют своего врага, президента Лопе Гарсию де Кастро, которому их представит Мельчор де Брисуэла, всеми уважаемый главный констебль города Лимы. Инка Дон Карлос «должен был призвать индейцев восстать и захватить запасы продовольствия», а после захвата испанских городов заговорщики попросили бы Титу Куси оказать им поддержку.

11 января 1567 года один из заговорщиков, Хуан де Ньето, рассказал о заговоре на исповеди Хуану де Виверо, настоятелю монастыря августинцев, человеку, который в следующем году будет крестить Титу Куси в Вилькабамбе. Виверо решил, что он должен нарушить тайну исповеди и предупредить коррехидора Костилью о том, что затевается заговор. Коррехидор немедленно отправил Атилано де Анайя, который на тот момент был опекуном Беатрис Клары Койи, чтобы предупредить Кастро в Лиме. Анайя был в пути всего восемь дней. Кастро без проволочек арестовал Ариаса и Кристобаля Мальдонадо, о которых до него уже дошли порочащие слухи. Он также арестовал констебля Брисуэлу в тот момент, когда он освобождал из заключения братьев Мальдонадо. Тем временем в Куско заговорщики были раскрыты, и большинство из них были арестованы к 18 января. Хуан Ариас Мальдонадо и семеро других метисов под усиленным конвоем были отправлены в Лиму. Братьев Мальдонадо и констебля Брисуэлу выслали в Испанию, а их поместья были конфискованы торжествующим Кастро. Инка Карлос едва избежал ссылки, к которой приговорили его друзей-заговорщиков. Коррехидор Херонимо Костилья возбудил против него судебный процесс, но иск был передан президенту Кастро. Тот в свою очередь передал его выше, в Аудиенсию Чаркаса, где он и остался, зафиксированный в документах, как дамоклов меч над головой Карлоса.

Несмотря на эту угрозу, Карлос продолжал наслаждаться роскошью в Куско. Он был в процессе дачи показаний, когда новый вице-король Франсиско де Толедо с триумфом вступил в Куско в 1571 году. Это был первый вице-король, который посетил этот город. Секретарь Толедо Антонио Баутиста де Саласар описал сцену, привычную для колониального режима. «Огромная толпа туземцев спустилась по склону холма и предстала перед зрителями. Инки вышли вперед, за ними стояли представители провинций четырех суйю, каждая со своим флагом; флаги были самых разнообразных цветов. Почти у всех индейцев были золотые или серебряные диски или пластины на груди, украшенные большим количеством перьев. Они все стояли лицом к солнцу, и я не могу найти сравнения, чтобы описать, насколько великолепно они выглядели. Когда представители каждой суйю или племени представали перед вицекоролем, они отвешивали в своей манере поклон и совершали „моча“ и произносили короткую приветственную речь. Затем каждое племя выходило танцевать свой танец, и эти пляски, хоть они и были второстепенными зрелищами в главной церемонии, заслуживают внимания и упоминания. Затем они стали разыгрывать между собой батальные сценки — гуасабарас, или пуэльяс.

Спустя несколько месяцев после прибытия Толедо жена Карлоса, наконец, родила сына после многих лет брака. Вице-король оказал Карлосу особую честь, став крестным отцом младенцу, которого нарекли Мельчором Карлосом в честь одного из трех королей, потому что крестины состоялись в день Богоявления в 1572 году. В результате этого Толедо стал Карлосу кумом — такое родство и по сей день считается в Латинской Америке очень близким. Церемония крещения проходила в церкви Сан-Кристобаль, в Колькампате, и на ней присутствовал весь цвет индейской знати. И снова «были празднества, веселье, фейерверки, танцы и много новомодных и дорогих забав, которые они великолепно умели устраивать в Куско в те дни».