Провинция Чинча, расположенная в сотне миль к югу от Лимы, была когда-то одной из самых населенных долин побережья. Сьеса де Леон сообщил, что к 1550 году ее население сократилось в пять раз. А Бартоломе де Вега писал, что к началу шестидесятых годов в Чинче проживало только 1000 человек. Через десять лет, по сообщениям, в Чинче осталось всего лишь 500 коренных жителей, а в Пачакамаке — всего 100. Сьеса писал и о многих других местах, где царил ужасающий упадок. Особенно это касалось долин рек Санта, Ика и Наска, а также в Парамонге, где, по его мнению, «совсем не осталось индейцев, чтобы пользоваться ее плодородием». А по словам Гарсиласо де ла Веги, население долин Лунауана и Уарку сократилось с 30 тысяч до 2 тысяч человек к 1600 году.

Некоторые наблюдатели сделали убийственные сравнения. Фернандо де Армельонес писал: «Мы не можем скрывать великий парадокс: варвар Уайна-Капак поддерживал такой великолепный порядок, что в стране царило спокойствие и все были накормлены, тогда как сейчас мы видим только бесконечную череду опустевших деревень, стоящих вдоль всех дорог королевства». Другой отчет включал в себя такую оценку: «Ясно, что раньше управление страной было лучше и полезнее, так как, когда правили Инки, численность населения постоянно росла».

Другие хронисты были встревожены той перспективой, которая ожидала Перу. Высокопоставленный иезуит Хосе де Акоста писал: «Многие считают, что то немногое индейское население, которое еще осталось, скоро исчезнет». А доминиканец Санто Томас обратился к королю с просьбой: «Если не будет отдан приказ прекратить неразбериху в управлении этой страной, ее коренное население вымрет; а когда с ним будет покончено, закончится и господство Вашего Величества над ней». Диего де Роблес также подчеркивал безотлагательность этой проблемы: «Если вымрет коренное население, стране конец. Я имею в виду ее богатство: ведь все золото и серебро, которое поступает в Испанию, добывается благодаря этим индейцам». И Родриго де Лоайса писал: «Я должен уведомить Ваше Католическое Величество, что несчастных индейцев истребляют и они вымирают. Половина из них уже исчезла, и всех остальных ждет такая же участь в течение восьми лет, если ситуацию не исправить».

Эти ужасающие примеры сокращения численности населения относились к тем районам Перу, которые в наибольшей степени подверглись испанской оккупации. Многие индейцы из прибрежных долин укрылись в горах, а в самой сьерре индейское население уменьшалось не так катастрофически. Испанские чиновники предпринимали попытки оценить, во сколько раз сократилось население в горных долинах вдоль дороги из Лимы в Вилькасуаман. Их оценки разнятся от 3,75 до 1,5 раза. Современные историки попытались подсчитать, каково было население империи инков во время конкисты. Джон Роу взял данные по пяти провинциям, в которых сохранились оценки количества населения для того времени, и на основе своего случайного выбора вывел средний коэффициент сокращения населения во всей стране в течение пятидесяти лет после завоевания Перу испанцами, который составил цифру 4. Джорджу Каблеру показалось, что население сократилось всего лишь вдвое — и все равно эта цифра оглушает. Самой точной оценкой численности населения Перу в конце XVI века является цифра около 1 800 000 человек. Если пользоваться критерием Джона Роу, то население Перу во время конкисты составило бы, таким образом, около 7 миллионов человек.

Что вызвало такое устрашающее сокращение численности населения? Наиболее очевидной причиной, вероятно, можно было бы назвать болезни, так как перуанцы, развиваясь в течение веков в изоляции, не имели иммунитета к европейским болезням. Любопытно, что источники того времени хранили молчание относительно какой бы то ни было эпидемии в течение первого десятилетия после завоевания. Вполне возможно, что причиной могла быть черная оспа, которая пришла с Карибского бассейна и распространилась по территории Перу как раз перед прибытием сюда Писарро. Но следующая эпидемия была зарегистрирована не раньше 1546 года, когда, по словам Эрреры, эпидемия, быть может, тифа или чумы «распространилась по всей территории Перу, и люди умирали от нее без счету». Современные исследования обнаружили, что в 1549 году «был большой мор и высокая смертность среди индейцев в районе Куско, во всей колья-суйю и других провинциях Перу». Мигель де Сегура свидетельствовал, что в самом Куско и вокруг него «умерло большое количество индейцев от болезни, которая, говорят, похожа на сенную лихорадку». В том же самом году в документах муниципальных властей Куско была зафиксирована эпизоотия, которая сократила поголовье лам и альпака. Следующая эпидемия, которая была отражена документально, случилась между 1585-м и 1591 годом в то время, когда численность населения начала стабилизироваться. Вице-король Вильяр писал, что болезнь, похожая «на оспу и корь… привела к смерти большое количество индейцев» в Кито, где смертность, по оценкам, составила 30 тысяч человек. Эпидемия пронеслась по побережью и вскоре охватила Лиму, где в местной больнице Санта-Анна регистрировалось в среднем по 15 смертей в день в течение многих месяцев подряд. Вымерла почти четверть населения города. Тысячи людей умерли также в Куско и Арекипе. Болезнь начиналась, как оспа и корь, с высокой температуры. Ее жертвы становились почти неузнаваемы из-за страшных гнойников. Перед смертью у них начинался бред и часто жестокий кашель или горло покрывалось язвами. Городской совет Уаманги постановил обрубить подвесной мост через реку Апуримак, пытаясь остановить распространение болезни, но эпидемия свирепствовала в течение пяти лет.

Поэтому болезни играли, конечно, важную роль, но не они были главной причиной резкого упадка в течение первых сорока лет испанского правления. Этот упадок явился результатом скорее глубокого культурного потрясения и беспорядочного администрирования. Со времени кончины Уайна-Капака народ Перу пережил целый ряд ошеломляющих катастроф. Их спокойное, четко организованное общество было подорвано рядом событий, происшедших в быстрой последовательности: сначала разразилась жестокая гражданская война; затем страна была завоевана чужеземцами совершенно другой расы и внешнего вида, что привело население в замешательство; следом были предприняты две мощные попытки оказать захватчикам сопротивление и, наконец, начались опустошительные гражданские войны между самими захватчиками.

В течение четверти века после начала войны между Уаскаром и Атауальпой в стране наступали только короткие затишья, когда перуанские армии не были в военном походе. Тысячи перуанцев погибли в боях, особенно в боях гражданской войны между Атауальпой и Уаскаром. По оценке Висенте де Вальверде, 20 тысяч человек было убито за тот год, когда произошло первое восстание Манко.

В такое неспокойное время многие коренные жители Перу были настолько деморализованы, что потеряли волю к жизни. Это и по сей день остается серьезной угрозой для первобытных народов, которые являются свидетелями разрушения их привычного образа жизни. Например, племена Мато Гроссо отдают богу душу, несмотря на усилия защитить их. В семидесятых годах XVI века была опрошена группа пожилых инков-чиновников, которые описали это трагическое состояние: «Индейцы, видя, что их лишают собственности и грабят… позволяют себе умереть; они не занимаются ничем, как это было во времена правления Инков». Это же моральное разложение привело к резкому упадку рождаемости. Это явление было ускорено благодаря передвижениям масс населения и подрыву системы браков, принятой у инков. Падение рождаемости, возможно, было самым важным из всех факторов, приведших к сокращению численности населения. Только немногие проницательные испанские чиновники, в том числе Андрес де Вега и Луис де Монсон, уловили всю важность этого.