Испанцы редко без причины убивали коренных жителей, не считая военных действий, но, тем не менее, на них лежит немалая доля ответственности за этот упадок. При инках долины в Андах и реки, протекающие по прибрежной пустыне, были распланированы так, чтобы приносить пользу населению страны. Испанцы, озабоченные своим личным обогащением и вовлеченные в бурные гражданские войны, пренебрегали общественными работами, которые существовали во время правления инков. Бесценным ирригационным каналам было позволено прийти в ветхость, сельскохозяйственные террасы, которые раньше взбирались ровными рядами по склонам Анд, осыпались и заросли сорняками, дороги и мосты, которые были построены для гонцов, покрылись рытвинами от копыт лошадей и колесного транспорта. Инки содержали огромные склады в качестве страховки на случай неурожая. Их содержимое было растащено и разграблено в начале конкисты, а обширные стада лам, которых разводили инки, были перебиты, разогнаны и так и не восполнены. Один чиновник писал: «Говорят, что [первые конкистадоры] убивали большое количество лам, чтобы просто съесть костный мозг, а остальное мясо пропадало». Гутьерес де Санта Клара описывал огромные стада, собранные в долине Хаухи президентом Гаской. Каждый солдат в его армии получал одну ламу каждые две недели, и «таким образом все продовольствие: овощи, ламы и альпаки, которые находились в той долине и районе, были полностью съедены».

Сьеса де Леон, чьи труды также относятся к середине XVI века, писал, что, «когда местные жители прятали свои стада, испанцы пытали их при помощи шнуров до тех пор, пока они не выдавали их местонахождение. Они угоняли большие стада в Лиму и продавали их там чуть ли не за гроши. Когда несчастные жители приходили просить справедливости у маркиза [Писарро], он прогонял их, говоря, что они лгут. И так они ходили по горам, жалуясь на плохое с ними обращение». Такое жестокое разграбление неизбежно вело к голоду в отдельных районах. Паскуаль де Андагойя, пытавшийся приплыть в Перу даже раньше Писарро, в июле 1539 года написал императору отчет. В нем говорилось, что шайки испанских мародеров бродят по Перу, пользуясь неразберихой, которая наступила после смерти Альмагро. «Но что еще хуже, происходит полное уничтожение индейцев. Кто-то — один из чиновников Вашего Величества — сказал мне здесь, что вовсе не в бою за ту или иную сторону погибло 50 тысяч душ в Куско. С крестом в руках они умоляли дать им пищу ради всего святого; когда же им ничего не дали, они бросили крест на землю. Один человек в Куско собрал с индейцев 200 тысяч фанега кукурузы и продавал ее на местном рынке. Солдаты и горожане забрали у индейцев всю одежду и пищу и продавали их на площади по таким низким ценам, что овцу можно было купить за половину веса. Они убивали столько лам, сколько хотели, всего-навсего для того, чтобы получить сало для свечей… У индейцев не осталось семян для посева, а раз у них нет скота и они никогда не смогут обзавестись им, нет сомнения в том, что они умрут от голода».

Хотя с юридической точки зрения индейцы были свободными людьми, их заставляли чрезвычайно много работать, платить непомерные налоги, и при этом им недоплачивали. При инках они жили в патриархальном обществе, не зная денег, личной собственности и грамоты. Они были не способны понять, что теперь власти рассматривают их как свободных людей, от которых ожидают, что они начнут зарабатывать деньги, конкурировать и в случае необходимости отстаивать свои права согласно испанским законам. Все, что они знали, состояло в том, что их страна завоевана и поделена на части между завоевателями. После того как восстания под руководством Инки Манко потерпели поражение, коренные жители страны пассивно приняли свой жребий. Диего де Роблес жаловался, что «индейцы этой страны по своей природе очень зависимые, робкие люди, которые побоятся жаловаться на оскорбления, получаемые ими от своих энкомендеро».

Очень многие хронисты описывали трудности индейцев с глубоким состраданием. Франсиско де Моралес, францисканский архиепископ Перу, сообщал королю: «Оскорбления и несправедливости, которые испанцы причинили и продолжают причинять несчастным покорным индейцам, невозможно перечесть. Все с самого начала — ущемление их прав. У них отобрали свободу; люди знатного происхождения потеряли свои титулы, власть и все формы отправления правосудия; [испанцы] отобрали у них пастбища и много прекрасных земель и налагают на них чрезмерные подати». По словам судьи Франсиско Фалькона, «все они, вообще говоря, платят непомерные подати — значительно большие, чем они в состоянии заплатить или чем стоят их поместья… Они никогда не давали словесного или молчаливого согласия на такие подати» и ничего не получали взамен. С этим перекликается мнение Валтасара Рамиреса: «Подати и налоги, которые они платят, „…“ они выдерживают с огромным трудом. У них не остается ничего для себя… для воспитания детей, на случай болезни или „на черный день“, как это бывает у нас, испанцев. Они живут в нищете, у них отсутствуют предметы первой необходимости, они никогда не успевают рассчитаться с долгами или остатками податей. Видно, что они очень быстро вымирают и истребляются». Бартоломе де Вега начал свой выдающийся «Мемориал 1562 года» так: «Эксплуатация индейцев Перу начинается, во-первых, с определения размера податей, которые, по утверждению энкомендерос, им повелел уплатить его величество король… Они заставляют индейцев платить непомерные подати в виде натуральных продуктов. И эти подати с некоторых угодий просто невозможно заплатить. Из-за этого индейцы убегают в необжитые края и бродят, потерянные, вдали от своих родных краев».

Эрнандо де Сантильян, чиновник, присланный из Испании в Аудиенсию Лимы, оставил душераздирающий отчет о нищете индейцев. «Даже если их зерно и другие продукты погибли от мороза или высохли и испортились, они вынуждены платить свой оброк полностью. Им не остается ничего из того, что они могут произвести. Они живут в самых бедных и жалких жилищах, в каких только могут жить люди на земле. Пока они здоровы, они полностью заняты только работой для уплаты оброка. Даже когда они заболевают, они не получают отсрочки, и немногие выздоравливают после своей первой болезни, какой бы легкой она ни была, из-за ужасающих условий, в которых они живут. Они спят на земле, „…“ а рацион их питания составляет кукуруза, чили и овощи: они никогда не едят мяса и тому подобного, за исключением рыбы, если они живут на побережье. Единственную обстановку их жилищ составляют кувшины, горшки, веретена, ткацкие станки и другие приспособления для работы. Ночью они спят в одежде, в которой ходят днем. Им редко когда удается одеть своих детей: большинство из них ходят голыми… Они глубоко придавлены своей нищетой и непосильной работой. „…“ И они стали верить, что должны работать на испанцев, пока они, их сыновья и потомки живы, не имея никаких радостей в жизни. От этого они приходят в отчаяние; ведь они просят для себя всего лишь хлеба насущного и не могут получить даже этого… На земле нет народа, работающего столь же усердно, такого непритязательного и благонравного».

К концу восстания под руководством Гонсало Писарро страна пришла в совершеннейший хаос. Не существовало критериев для измерения количества продукции, которую должно было давать каждое поместье или каждый отдельный индеец. Франсиско Писарро роздал своим конкистадорам огромные участки земли, и они выжимали из вверенных им индейцев столько, сколько могли. «При христианах стало действовать одно правило: использовать и эксплуатировать индейцев в зависимости от степени алчности каждого энкомендеро». Все признавали, что первым шагом к смягчению такой ситуации должно стать справедливое налогообложение, основанное на учете количества населения и плодородности каждого земельного участка. В июле 1536 года король уже отдавал приказ Писарро и Вальверде осуществить этот шаг, но этому помешало восстание Манко. Вака де Кастро получил такое же указание в июне 1540 года, но началось восстание Альмагро-младшего. Это повеление еще раз прозвучало в 34-й главе «Новых законов» в 1542 году и в письме от 14 августа 1543 года к вицекоролю Бласко Нуньесу Вела; но тут поднял мятеж Гонсало Писарро. Когда Педро де ла Гаска восстановил контроль над Перу, он провел полную и тщательную ревизию всех энкомьенд: разделил на части самые крупные, отнял земли у мятежников и наградил ими своих сподвижников. Гаска уединился с архиепископом Лимским Херонимо де Лоайсой в тамбо Уайнарима, расположенном на высоком берегу реки Апуримак. Они продолжили выделение земельных наделов, о которых биограф Гаски Хуан Кальвете де Эстрелья хвастливо писал, что они дают в год 1 041 000 песо ренты — почти столько же, сколько стоило золото из выкупа Атауальпы. После сезона дождей в 1549 году Гаска отправил 72 инспекторов, чтобы они попытались определить величину налога, который должны платить индейцы различных репартимьенто (энкомьенд). «Он надеялся, что это станет спасением для индейцев: посредством этой меры страну можно было бы привести к порядку и справедливости, и указы, которые никто не отменял, стали бы выполняться».