В Мойском монастыре, готовясь к постригу, Василий Смирнов провел 15 лет. 25 мая 1879 года он по собственному прошению был принят в Казанскую епархию и переведен в Седмиозерную Богородицкую пустынь, размещавшуюся в 17 верстах от Казани. Седмиозерной она называлась из-за семи озер, расположенных рядом и со временем слившихся в одно. История пустыни восходила к 1615 году, когда великоустюжский схимонах Евфимий поселился в дикой, необжитой местности, где время от времени появлялись только язычники-черемисы. Вскоре пример Евфимия привлек еще нескольких монахов и послушников, и в 1627 году был официально открыт монастырь. В его Смоленском соборе хранилась чудотворная икона Смоленской Седмиозерной Божьей Матери, принесенная схимонахом Евфимием; в 1654 году она чудесным образом спасла Казань и окружающий ее край от моровой язвы, а в 1771-м — от чумы (сейчас эта икона находится в Петропавловском соборе Казани). В 1816 году в обители было учреждено монашеское общежитие, образцом для которого послужил устав Саровской пустыни. Постоянно там находились только 20 монашествующих.

11 июля 1881 года в этой небольшой пустыни 38-летний Василий Смирнов принял монашеский постриг под именем Антония. Как и положено, он принял обеты целомудрия, нестяжательства и послушания и облачился в монашеское одеяние: клобук, черную рясу с кожаным поясом и сапоги. 20 ноября того же года он был рукоположен в иеродиаконы (монах в сане диакона), 12 ноября 1882 года — в иеромонахи (монах в сане священника). 10 марта 1883 года стал ризничим пустыни.

В сентябре 1883 года отец Антоний был перемещен в Казанский Иоанно-Предтеченский монастырь — одну из древнейших обителей Казанского края, открытую в 1594 году указом царя Федора Иоанновича. Монастырь возвышался напротив Казанского кремля, над Волгой, из его окон были видны подгорная часть Казани и Услонские горы. Отец Антоний был назначен казначеем монастыря, одновременно он состоял духовником при Казанской духовной академии и женском Казанском Богородицком монастыре. За усердное выполнение своих обязанностей 12 февраля 1885 года отец Антоний был награжден набедренником.

В Казани иеромонаху Антонию было суждено провести немного времени. 27 октября 1887 года согласно решению церковных властей он был переведен из Казанской епархии в Астраханскую, в Астраханский Иоанно-Предтеченский монастырь. Эта обитель была основана в 1688 году и к концу XIX столетия была совсем невелика — не считая игумена, в ней находились восемь монахов и пять послушников. Именно этому маленькому тихому монастырю было суждено стать пристанищем отца Антония надолго — в Астрахани провел он более пятнадцати лет. 15 мая 1897 года за усердную службу ему было преподано благословение Священного синода.

26 мая 1903 года отец Антоний переселился в Высокогорскую Успенско-Николаевскую Чуркинскую пустынь. Основанная как подворье Астраханского Троицкого монастыря, с 1762 года пустынь была отдельной обителью, знаменитой не только в Астраханской губернии, но и во всей России в первую очередь благодаря ее настоятелям — архимандритам Евгению и Паисию. В Чуркинской обители отец Антоний провел три года. 16 сентября 1906 года он был переведен в Бугульминский Александро-Невский монастырь. Можно предположить, что этот перевод обрадовал иеромонаха — ведь небольшой город Бугульма размещался в родной ему Самарской губернии.

Из всех обителей, в которых ему довелось нести служение Господу, Бугульминская была самой молодой — этот монастырь был основан в апреле 1867 года на землях, пожертвованных местными крестьянами. Обитель возвышалась у подножия лесистых гор, у слияния рек Липовки и Сулы. На ее территории было восемь зданий — четыре каменных корпуса с кельями, трапезная, кухня, просфорня, мастерские, странноприимный дом. Имелись также скотный двор, кирпичная кузница, а в двух верстах, на хуторе деревни Никольской, — пасека и мельница. В монастыре было два храма — деревянный во имя Рождества Пресвятой Богородицы, освященный в августе 1867 года, и каменный во имя Святой Троицы, освященный в сентябре 1893-го. Монахами и местными жителями особо почиталась чудотворная икона Божьей Матери «Достойно есть», привезенная в 1870 году со Святой горы Афон. Эта икона сохранилась и сейчас находится в бугульминском храме Святого Георгия Победоносца.

Годы, наполненные трудом и молитвой, летели незаметно. В Александро-Невской обители отец Антоний встретил свое 65-летие. В сохранившихся ведомостях этого монастыря коротко отмечено: «Иеромонах Антоний (Смирнов), очень хорошего поведения».

1909 год стал переломным для пожилого монаха — отец Антоний был призван на пятилетнее служение на флоте. Надо сказать, что этой чести удостаивались только самые достойные священнослужители. Традиция иметь священника на каждом боевом корабле восходила еще к Морскому уставу 1720 года, где говорилось: «В корабельном флоте на каждом корабле иметь по одному иеромонаху». В течение XVIII—XIX веков на флоте служили именно иеромонахи, но к 1914 году их число сократилось до семи человек (одним из которых был отец Антоний). В марте 1721 года в «Инструкции флотским иеромонахам» были сформулированы обязанности корабельных священников. К началу XX века эти требования не изменились, и все 973 флотских священнослужителя России были обязаны строго их придерживаться.

Так, согласно Морскому уставу, корабельный священник должен был ежедневно совершать молитвы и богослужения в походной церкви (с 1853 года они существовали на каждом боевом корабле, а незадолго до начала Первой мировой войны оснащались по проекту, утвержденному в 1897-м). Если же флотский священник без уважительных причин не совершал службы, то, как следует из пункта 14-го главы 1-й Морского устава, его должны были наказать материально — «за первое отбытие 1 рубль, за другое вдвое, а за третий пропуск отослан быть к начальному священнику во флоте для наказания». Кроме того, священник на корабле был «должен посещать и утешать больных и иметь попечение, дабы без причастия кто не умер», проверять сделанные врачом записи о том, какие лекарства были назначены больным, а о тяжелобольных лично докладывать капитану корабля. По боевому расписанию священник определялся в помощь к врачу и должен был находиться в его каюте, оборудованной под операционную (чтобы священник мог исполнять обязанности медбрата, он проходил на флоте десятидневные курсы). На некоторых кораблях священник при необходимости исполнял и обязанности подносчика снарядов в орудийном расчете.

В быту корабельный иеромонах должен был подавать пример христианской жизни другим. Если же священник вел себя на корабле неподобающим образом, его ждал духовный суд, который определял для него меру наказания — вплоть до лишения сана. Кроме того, в обязанности священника входило обучение матросов грамоте, забота о состоянии корабельной библиотеки, извещение родственников об обстоятельствах смерти умершего или погибшего матроса и организация материальной помощи осиротевшим семьям моряков.

Конечно, на русских боевых кораблях начала XX века служили матросы не только православного вероисповедания. Согласно данным всеобщей переписи населения, в 1897 году в Российской империи проживали 87 123 604 православных, 13 906 072 магометанина, 11 506 809 католиков, 5 215 805 иудеев, 3 762 756 протестантов. Примерно таковы же были пропорции служивших в армии и на флоте. В общении с представителями иных вер корабельный священник был обязан быть деликатным, избегать всяческих религиозных диспутов и следить, чтобы в библиотеке корабля не было книг и брошюр, содержащих резкие выражения в адрес католичества, протестантизма, иудаизма и магометанства.