Самозванца доставили в Москву, где началось следствие. Нужно сказать, Екатерина II подозревала, что за спиной Пугачева стоят высокопоставленные лица из знати, недовольной ею, Екатериной. Однако тщательное расследование на сей счет, которое провел начальник Тайной экспедиции – тогдашнего политического сыска С. И. Шешковский, не дало нужного императрице результата. Стало ясно, что не высокопоставленные покровители воодушевляли Пугачева, а народ, пошедший за ним в надежде на лучшую участь. Екатерина не была жестока и не хотела прославиться в Европе как кровавый палач. Она настаивала на возможно более мягком приговоре зачинщикам бунта, а в отношении рядовых участников считала, что нужно ограничиваться телесными наказаниями и возвратом на прежнее место жительства. Суд над Емельяном Пугачевым и его сообщниками назывался «Полным собранием» и заседал два дня (30—31 декабря 1774 года). В состав «Собрания» входили сенаторы, члены Синода, «первых 3-х классов особ и президентов коллегий, находящиеся в… Москве». Этому Собранию предстояло в Тайной экспедиции заслушать доклад следователей генералов кн. Волконского и Павла Потемкина и затем «учинить в силу государственных законов определение и решительную сентенцию».

Допрос Пугачева перед судом был ограничен шестью составленными заранее вопросами. Их перед тем, как ввести преступника в зал, зачитал судьям сам генерал-прокурор А. А. Вяземский. Целью этого допроса была не организация судебного расследования, не уяснение каких-то неясных моментов дела, а только стремление власти убедить всех, что перед ними – тот самый Пугачев, простой казак, беглый колодник и самозванец, и что на следствии он показал всю правду, а теперь раскаивается в совершенных им преступлениях.

«1. Ты ли Зимовейской станицы беглой донской казак Емелька Иванов сын Пугачев?; 2. Ты ли, по побегу с Дону, шатаясь по разным местам, был на Яике и сначала подговаривал яицких казаков к побегу на Кубань, потом назвал себя покойным государем Петром Федоровичем?» и т. д. После утверждения судом этих вопросов ввели Пугачева, который, как записано в журнале судебного заседания, упав на колени, на помянутыя вопросы, читанные ему господином генерал-прокурором и кавалером, во всем признался, объявя, что сверх показанного в допросах ничего объявить не имеет, сказав, наконец: «Каюсь Богу, всемилостивейшей государыне и всему роду христианскому».

На этом судебное расследование крупнейшего в истории России XVIII века мятежа, приведшего к гибели десятков тысяч людей, закончилось. Судьи сели писать приговор.

Пугачев на цепи.

Императрица Екатерина II, тщательно контролируя подготовку процесса, дозируя информацию для судей, вместе с тем, дала суду определенную свободу действий, что привело к возникновению дискуссии среди судей. Она коснулась меры наказания преступника и поставила Вяземского в довольно трудное положение. Как известно, русское дворянство было потрясено пугачевщиной, обеспокоено последствиями бунта, опасалось за сохранение крепостного права, а поэтому требовало примерной жестокой казни бунтовщиков. У Екатерины II в конце 1774 года были все юридические основания и силы казнить тысячи мятежников, как это в свое время сделал Петр I, уничтожив фактически всех участников стрелецкого бунта 1698 года и выслав из Москвы тысячи их родственников. И тем не менее Екатерина II не пошла на такую демонстративную жестокость. Она дорожила общественным мнением Европы. «Европа подумает, – писала она относительно жестоких казней Якову Сиверсу в декабре 1773 года, – что мы еще живем во временах Иоанна Васильевича». И хотя в охваченных бунтом губерниях – правда, без особой огласки – с пугачевцами расправлялись весьма сурово, устраивать в столице средневековую казнь с колесованием и четвертованием императрица не хотела. Конечно, дело было не только в нежелании Екатерины казнями огорчать Европу. Она считала, что жестокость вообще не приносит пользы и мира обществу, и нужно ограничиться минимумом насилия. В переписке с Вяземским императрица наметила «контуры» будущего приговора: «При экзекуциях чтоб никакого мучительства отнюдь не было и чтоб не более трех или четырех человек», то есть речь шла о более гуманных казнях, да и то только для нескольких человек. Еще не зная о вынесенном в Кремле решении, она писала 1 января 1775 года московскому генерал-губернатору М. Н. Волконскому: «Пожалуй, помогайте всем внушить умеренность как в числе, так и в казни преступников. Не должно быть лихим для того, что с варварами дело имеем». Между тем судьи, высшие сановники и все дворянство исходили из иного принципа: «Чтоб другим неповадно было». В случае, если суд пойдет на ужесточение наказания, А. А. Вяземский предполагал прибегнуть к «модерацию», то есть к затяжке с вынесением приговора. И все же судьи поступили по-своему: вместо предполагаемых Екатериной 3–4 приговоренных к смерти суд назвал шестерых, при этом Пугачева и Перфильева суд обрек на четвертование. Екатерине пришлось одобрить «Решительную сентенцию» без изменений. И все-таки Вяземский сумел выполнить негласный указ императрицы о смягчении наказания. Во время казни приговоренных он обманул суд и публику, собравшуюся на месте казни на Болоте. По его тайному приказу палач четвертовал Пугачева «неправильно». Для продления мучений нужно было отсекать преступнику поочередно руки и ноги, а потом голову. Он же якобы «ошибся» – вначале отсек голову, а потом руки и ноги. Автором этой «гуманной» ошибки была императрица.

Пугачев и его ближайшие сообщники 10 января 1775 года были казнены в Москве, остальные были сосланы. Пугачевщина произвела сильнейшее впечатление на русское общество. Ожесточение народного бунта с его казнями, грабежами и убийствами, загаженными и ограбленными церквями, разоренными помещичьими усадьбами долго помнили в стране.