В 1884 году он был назначен инспектором Казанской духовной академии, где его заметил К.П.Победоносцев, переместив инспектором сначала в Московскую, а затем Санкт-Петербургскую духовную академию. В 1887 году он был хиротонисан во епископа Выборгского, викария Санкт-Петербургской епархии. В 1892 году возведен в сан архиепископа и назначен на новооткрытую Выборгско-Финляндскую кафедру и тогда же стал членом Синода. С 1893 по 1898 годы возглавлял образованную в связи со стремлением старокатоликов к соединению с православием Синодальную комиссию по старокатолическому вопросу. Архиепископ Антоний стал первым русским иерархом, посетившим Англию, где представлял Святейший Синод на торжествах по случаю празднования 60-летнего юбилея королевы Виктории, имея также поручение наладить сношения с Церковью Англии. Миссия была им успешно выполнена, и владыка вернулся обладателем почетных степеней доктора богословия и права Оксфордского и Кембриджского университетов. 25 декабря 1898 года Антоний Вадковский был назначен митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским, архимандритом Свято-Троицкой Александро-Невской лавры и пожалован белым клобуком и крестом из драгоценных камней. С 9 июня 1900 года по смерти митрополита Киевского Иоанникия (Руднева) стал первенствующим членом Синода.

Митрополит Антоний в церковных и околоцерковных кругах слыл либералом. Он некоторое время покровительствовал священникам-толстовцам Георгию Гапону и Григорию Петрову, а вот с Иоанном Кронштадтским у него сложились весьма непростые отношения, особенно с того момента, когда отец Иоанн торжественно освятил хоругви «Союза русского народа», которые митрополит Антоний освящать отказался: он был категорическим противником сращения Церкви и государственной власти.

Невозможно представить, чтобы он искренне хотел отлучения Толстого. Но именно он оказался в этой истории крайним. В феврале 1901 года, всего за две недели до публикации «Определения», он пишет Победоносцеву: «Теперь в Синоде все пришли к мысли о необходимости обнародования в “Церковных Ведомостях” синодального суждения о графе Толстом. Надо бы поскорее это сделать. Хорошо было бы напечатать в хорошо составленной редакции синодальное суждение о Толстом в номере “Церковных Ведомостей” будущей субботы, 17 марта, накануне Недели Православия. Это не будет уже суд над мертвым, как говорят о секретном распоряжении (речь идет о письме Иоанникия. – П.Б.), и не обвинение без выслушания оправдания, а “предостережение” живому…»

В этом письме буквально каждая строка нуждается в комментарии. По существу, митрополит Антоний уже получил в наследство от предшественника готовое отлучение Толстого. Но – вынесенное секретно. К тому же отлучение было произнесено над больным стариком и в ожидании его скорой смерти. Возможно, именно этот момент, имеющий сомнительную нравственную сторону, митрополита Антония как раз и не устраивал. Он поспешил сделать тайное явным: открыть наконец перед всем русским обществом, в том числе и всеми священниками, то, что медленно и подспудно вызревало в недрах Синода, заметим, без прямого участия самого Антония Вадковского. Нельзя не обратить внимания и на выражение «в хорошо составленной редакции». Дело в том, что первая редакция отлучения Толстого уже была, и это было письмо Иоанникия епископам. В этом письме объявлялись те самые враждебные Церкви религиозные взгляды Толстого, которые были приведены и в «Определении». Достаточно сравнить его текст с соответствующим местом из письма Иоанникия: «Единого Бога в трех лицах он не признает, второе лицо Святой Троицы – Сына Божия – называет просто человеком, кощунственно относится к тайне воплощения Бога Слова, искажает священный текст Евангелия, Святую Церковь порицает, называя Ее человеческим установлением, церковную иерархию отрицает и глумится над Святыми Таинствами и обрядами святой Православной Церкви», – чтобы увидеть, что ничего принципиально нового в этом плане в «Определении» не было. Но, видимо, митрополита Антония не устраивала заключительная часть письма Иоанникия, где «проблема с Толстым» сводилась не к его жизни, а только к его смерти: «Посему совершение панихиды или заупокойной литургии по графе Льве Толстом, в случае его смерти без покаяния и примирения с церковью, несомненно смутит совесть верных чад Святой Церкви и вызовет соблазн, который должен быть предупрежден».

Любопытно, что это было именно то, против чего, если верить Скворцову, выступал Победоносцев, полагая, что «смуту» породят не панихиды по Толстому, а наоборот, отказы их служить. Весьма вероятно, что точки зрения государственника Победоносцева и ревнителя церковных устоев Иоанникия в этом вопросе кардинально разошлись, и митрополит Антоний в этой ситуации оказался заложником «недоразумения», возникшего между государством и наиболее радикальной частью церковной иерархии.

Так или иначе, поступок Антония Вадковского не может не вызывать уважения. Он был единственным человеком, кто взял на себя ответственность за решение этого затянувшегося вопроса и осмелился предать гласности то, что происходило в Синоде тайно и за закрытыми дверями. Но самое главное, он поспешил вывести этот вопрос из неприятного контекста заочного «суда над мертвым». Если бы Толстой действительно тогда умер, секретное письмо осталось бы единственным церковным документом, который бы навеки зафиксировал последнее слово Церкви о Толстом: не отпевать, не молиться!

Нельзя не обратить внимание на последнюю фразу «Определения», составленного под редакцией Антония: «Посему, свидетельствуя об отпадении его от Церкви, вместе и молимся, да подаст ему Господь покаяние и разум истины. Молим ти ся милосердный Господи, не хотяй смерти грешных, услыши и помилуй, и обрати его ко святой Твоей Церкви. Аминь».

Реакция Победоносцева на письмо Антония была достаточно неожиданной. Обер-прокурор собственноручно написал весьма жесткий проект отлучения Толстого от Церкви, который фактически равнялся анафеме. Этот проект и был тщательно отредактирован священниками во главе с Антонием. Из него не только убрали термин «отлучение», заменив его «отпадением», но придали всему документу совершенно иной, если можно так выразиться, эмоциональный характер. Церковь не просто констатировала, а скорбела об отпадении от нее ее члена, великого русского писателя, и объявляла, что она молится за его душу в надежде на раскаяние и возвращение. Митрополит Антоний сделал решительно всё возможное, чтобы перевести этот вопрос в ситуацию «прерванного общения». Это был очень важный момент, который, увы, не смогли оценить ни общество, ни сам Толстой. И это – обидно!

Тем не менее все равно остается тайной, почему именно митрополит Антоний (Вадковский) стал инициатором отлучения. В.М.Скворцов загадочно намекал, что на него оказывали давление «рясоносцы», называя Антония (Храповицкого) (что весьма странно!), Сергия (Страгородского) (будущий патриарх, вынужденный признать советскую власть во главе со Сталиным), Иннокентия (Беляева), Антонина (Грановского) и Михаила (Семенова) – первого биографа Иоанна Кронштадтского. Какую-то роль сыграл и молодой священник из Москвы отец Иосиф (Фудель), издатель и биограф К.Н.Леонтьева, который обратился с вопросом к Скворцову, можно ли петь «Со святыми упокой» в случае смерти Толстого? «Моя иерейская совесть смущается…» – писал он, выражая сомнение не только свое, но и всей московской партии религиозных интеллектуалов, сгруппировавшихся вокруг писателя и философа Константина Леонтьева незадолго до его смерти в 1891 году в Троице-Сергиеве Посаде. За год до смерти, когда Леонтьев жил в Оптиной пустыни, с ним встречался Толстой. Между ними состоялся резкий (со стороны Леонтьева) разговор. «Вы безнадежны», – сказал Леонтьев. «А вы, напротив, очень надежны», – сказал Толстой.