В мирное время войско выставляло 1 конный полк с 32 офицерами, 668 нижними чинами и 708 лошадей, а в военное — три конных полка четырёхсотенного состава, с 45 офицерами, 1965 нижними чинами и 2106 лошадей. Кроме того, с 1906 г. в состав 3-й сотни лейб-гвардии Сводно-казачьего полка входил взвод семиреченских казаков.

Семиреченское казачье войско подчинялось Главному управлению казачьих войск, которое осуществляло руководство через командующего войсками Семиреченской области, который являлся одновременно наказным атаманом, и подчинялся сначала Туркестанскому, затем, с 1882 г. степному, а с 1899 г. снова туркестанскому генерал-губернатору{30}.

Для семиреченских казаков было характерно развитое самоуправление. Специальным положением 1870 г. вместо подчиненности населения военному губернатору и уездным начальникам вводилось почти полное самоуправление в станичных обществах. Важная роль отводилась главному органу самоуправления — сходу, на котором могли присутствовать и лица невойскового сословия, имевшие недвижимость в районе станиц, но они получали право голоса только в делах, их касающихся.

После того как в 1869 г. началась активная крестьянская колонизация края, между казаками и крестьянами началась пассивная конфронтация.

Семиреченские казаки активно участвовали в завоевании Средней Азии Российской империей. Первой крупной акцией, которую предприняло новое войско (вместе с сибирцами), стал Кульджинский поход 1871 г. Кульджа была вторым по величине городом Илийской провинции, располагаясь на выгодных торговых путях во внутренние районы Китая. В 1871–1881 гг. этот край находился под протекторатом России, а позже здесь обосновалось русское консульство, действовала школа военных переводчиков, отделение Русско-китайского банка. В самом городе было много русских магазинов, мельниц и даже небольшая больница.

В японской войне семиреченские казаки не участвовали, но были мобилизованы и подавляли мятеж в Туркестане.

Полки трёх очередей войска были мобилизованы для участия в Первой мировой войне. На январь 1917 г. из 6107 военнообязанных казаков на военной службе состояло 4167 человек. 1-й полк воевал в действующей армии. 2-й Семиреченский казачий полк нёс оккупационную службу в Персии и вернулся в Верный из Персии 31 января (13 февраля) 1918 г. Еще в пути, при движении через охваченные большевизмом районы, полк оказался распропагандированным большевиками и частично сдал оружие Самаркандскому Совету. 13 (26) февраля 1918 г. на Войсковом Круге, состоялись выборы Войскового атамана, и на этот пост был избран командир 2-го Семиреченского казачьего полка полковник Генерального штаба Александр Михайлович Ионов, а уже в ночь со 2 на 3 марта (нового стиля) в Верном произошло восстание большевиков с участием революционно настроенных казаков 2-го полка, в результате чего органы Временного правительства и Войсковой Круг были разогнаны. Некоторое время Войсковой Совет и Войсковое правительство еще пытались наладить отношения с образовавшимся после переворота Военно-революционным комитетом, тем более, что в марте у них появилась более надежная опора чем 2-й полк — из Действующей армии в Семиречье возвратились 1-й Семиреченский казачий генерала Колпаковского полк, Семиреченский взвод Лейб-Гвардии Сводно-Казачьего полка и 2-я Семиреченская отдельная казачья сотня. Но, почувствовав свою силу, Семиреченский ВРК арестовал Войскового атамана и распустил Войсковой Совет. Казаки-фронтовики, частично сдав оружие совдепу, разъехались по домам.

Впоследствии часть казаков во главе с генерал-майором Ионовым приняла участие в Гражданской войне на стороне белых.

В декабре 1918 г. с приказом освободить Семиречье от красных в область прибыл атаман Сибирских казаков Борис Анненков, получивший под командование второй Степной корпус. С этого же момента начинается его вражда с Александром Ионовым.

Весной-летом 1919 г. боевые действия затихли и велись в основном вокруг зоны Черкасской обороны. Несмотря на упорное сопротивление большевиков, в июле белые войска захватили большую часть территории, а также отразили ряд атак войск Северного фронта, нацеленных на прорыв и соединение с черкасскими защитниками. В свою очередь красным удалось отбить удары по своим флангам в районе Кольджата, Джаркента и Пржевальска. В октябре 1919 г. Колчак отозвал Ионова в Омск, заменив его генерал-майором, семиреченским казаком, Николаем Щербаковым, который сумел найти общий язык с Анненковым. Однако в конце 1919 г. белые потеряли Омск и Семипалатинск. Семиреченская армия оказалась отрезана от основных сил, а сам регион наводнили голодные, тифозные и обмороженные остатки оренбуржских войск. После того как 12.01.1920 г. большевики взяли Сергиопольскую станицу — самый северный опорный пункт семиреков, белая армия оказалась зажата в тиски с юга, запада и севера. На востоке, в тылу у них была китайская граница. Тем не менее, Борис Анненков принять решение закрепиться и удерживать позиции. Для этого имевшиеся части были переформированы и разделены на Северную (остатки Оренбургской армии), Центральную (возглавил сам Анненков) и Южную группы.

После прихода тепла возобновились боевые действия. К этому времени у казаков почти закончились боеприпасы и продовольствие. Реквизиции у местных приводили к волнениям и недовольству не только среди жителей, но и внутри армии. Когда стало ясно, что удержать фронт нельзя, Анненков передал приказ отходить к границе. Однако не все командующие его выполнили, многие предпочли капитулировать (практически вся Южная группа), сдаваясь вместе с остатками войск после получения гарантий безопасности и недопущения расправ. Отрядам Северной группы удалось преодолеть перевал Кара-Сарык, после чего они были интернированы. Последней Россию покинула Центральная группа Анненкова.

После разгрома белых, война в Семиречье, приняла партизанский характер. Непрекращающиеся реквизиции продовольствия и зачистка станиц вскоре привели к Верненскому мятежу.

Часть эмигрировавших казаков-семиреков отправилась дальше на Дальний Восток, другая — осела в Синьцзянском районе Китая. Вскоре оставшиеся казаки возобновили вооруженную борьбу с большевиками. Они совершали стремительные набеги на территорию России, громя и уничтожая небольшие отряды красных. Граница между Западным Китаем и Семиречьем стала напоминать линию фронта. В свою очередь, большевики проводили среди эмигрировавших казаков пропагандистские кампании за возвращение, неоднократно подкупали власти Синьцзяна, дабы получить разрешения на ввод в провинцию крупных карательных отрядов, совершающих рейды по казачьим поселениям. В 1921 г. во многих городах Синьцзяна появились торговые представительства РСФСР, а под их прикрытием страну наводнили агенты ЧК, начавшие охоту за руководителями белого движения. Недооценив работу советских спецслужб, погибли главные лидеры сопротивления: атаман Оренбургского казачества Александр Дутов и полковник П. И. Сидоров, был заманен в ловушку и вывезен в СССР на казнь Борис Владимирович Анненков. Семиреченский атаман Николай Щербаков, не дожидаясь прихода наемных убийц, двинул с небольшим отрядом на восток. Однако в пустыне Гоби он подхватил пятнистый тиф и умер в сентябре 1922 г. Казаки из его отряда дошли до Шанхая, где основали Семиреченскую казачью станицу.

Одним из немногих выживших предводителей Семиреченских казаков был атаман Александр Ионов. Эвакуировавшись из Владивостока, он оказался в Новой Зеландии, потом в Канаде и,